明治27年（清
光緒19年，西元
1894年），日本帝國與滿清帝國因為朝鮮問題引發戰爭。翌年，日本政府在馬關與清國代表進行戰後協商，當條約尚未定案前，日本大本營已於該年3月派遣比志島混成支隊進行攻佔澎湖的行動。在歷經3日的戰爭後，清國軍隊於3月25日撤離
澎湖本島，日軍正式佔領澎湖，至此進入澎湖的「
日治時期」，當時臺灣還仍為清國的領土。在日軍占領
媽宮城後，26日即利用舊鎮署為廳舍，成立「澎湖列島行政廳」來將該地納入日本帝國的管轄，由預備役海軍少將田中綱常擔任該廳之行政長官，並受聯合艦隊司令長官的指揮，對澎湖的佔領地進行軍事管制。行政長官負責民事與刑事的裁判和警察事務，下設有事務官、翻譯官、書記及憲兵等若干名，並執行該廳臨時的行政事務，包含追查流竄的清兵、維護治安、維持一般日常生活需求與調查各聚落戶口等相關工作。5月21日公布總督府條例，該條例中規定地方行政區劃以縣及支廳為主，在總督府以下設縣及支廳後，全臺行政區劃便重新修正。6月，將臺灣及澎湖劃分為三縣一島廳，澎湖列島行政廳於7月8日辦理交接，翌日，行政廳改制為澎湖島廳，由宮內盛高擔任島司，澎湖進入民政管轄的階段，澎湖在清代原有的13澳皆歸島廳直轄。台灣總督府於8月時，又重新調整轄內的行政區劃，將全臺分為一縣二民政支部一島廳，不過澎湖的行政區劃名稱仍為「澎湖島廳」。
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明治29年（1896）3月，總督府認為臺灣情勢已漸穩定，遂在4月1日重新恢復民政，將地方行政區劃重新調整為臺北、臺中、臺南三縣及澎湖島廳，每縣並下設支廳。但澎湖則是在10月依據廳令甲第4號的命令，於島廳之下設置澳務署。
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媽宮澳務署於10月17日開署，而大山、
西嶼、頂山3個澳務署，分別在翌年的1月11日、15日、18日，依據訓令乙第1號、第2號、第3號的命令開署。
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明治30年（1897）5月，總督府將臺澎地區劃分為臺北、新竹、臺中、嘉義、臺南、鳳山等六縣，及宜蘭、臺東、澎湖等三廳。6月，在各縣廳之下設置辨務署，同時總督府頒佈府令第30號，在辨務署的轄區之下增設街、庄或社，以此制度為地方基層行政組織，並設置街、庄或社長以協助地方官員處理轄區事務。因此廢除原有的澳務署，改設
媽宮（城）、
隘門（原大山）、
大赤崁（原頂山）、
小池角（原
西嶼）、網垵（原
八罩）等辨務署。7月14日，以告示甲第5號頒佈
媽宮、
隘門、
大赤崁、
小池角等4個辨務署開署，26日頒佈網垵辨務署開署。
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之後，又鑑於警察署管轄區與辨務署管轄區的統一，因此將原本由
隘門辨務署管轄的
蒔裡澳，改歸由
媽宮辨務署來管轄。11月4日，以廳令第9號規定
媽宮、
小池角、
大赤崁、
隘門等辨務署轄內的街鄉長管轄區域，其中
隘門辨務署下轄區域，包含
鼎灣澳的
港底鄉、
東石鄉、
沙港鄉、
土地公前鄉、
港仔尾鄉、
潭邊鄉、
西寮鄉、
中寮鄉、
鼎灣鄉等9鄉，
南寮澳的
南寮鄉、
菓葉鄉、
北寮鄉、
湖東鄉、
湖西鄉（今湖西村）、
青螺鄉、
白猿坑鄉、
紅羅罩鄉等8鄉，以及
林投澳的
隘門鄉、
烏崁鄉、
雙頭掛鄉、
西溪鄉、
太武鄉、
大城北鄉、
林投鄉、
尖山鄉、
良文港鄉等9鄉。20日，以廳令第10號規定網垵辨務署轄內鄉長管轄區域。
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明治31年（1898）時，總督府重新調整全臺的行政區劃，從原先的六縣三廳改為三縣三廳，在這次行政組織的調整中，澎湖地區仍然維持廳制不變。7月，裁撤原先的5個辨務署，改以出張所為其下轄的行政組織，原先的
媽宮辨務署改為由澎湖廳直轄，並在
隘門、
大赤崁、
小池角及網垵共設四個出張所。同年12月，以府令第114號規定，原先直轄的
媽宮地區，重新設置
媽宮出張所，
隘門出張所則改稱為
湖西出張所，翌年2月14日，
湖西的廳舍修繕工事完成，由
鼎灣澳搬遷到
湖西鄉。
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7月時，依照澎湖廳事務的情況，而將轄下的
湖西出張所廢止，其管轄區域併入
媽宮出張所。
明治32年12月23日廳令第10號，頒佈街鄉長管轄區域改正，並於
明治33年3月1日起開始實施。
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明治34年（1901）11月，總督兒玉源太郎重新調整地方行政區域，將之前的縣及其下轄的辨務署、出張所予以廢除，全臺改設為20個行政廳，各廳下又轄不等的支廳。當時澎湖廳的行政空間並未改變，下轄的
大赤崁、
小池角及網垵出張所則改為支廳，原先
媽宮出張所的轄區則改由澎湖廳直轄。
明治42年（1909）10月，佐久間左馬太總督再次調整地方行政制度，將20個廳在濃縮為12個廳，並按照各廳的區域大小、治理的難易輕重等原則，將各廳分為三個等級，當時的澎湖廳是被列為第三等廳，各支廳之下又有區，各區並設區長，藉此輔助廳長施政。澎湖地區仍然維持不變，一共管轄13區、1街79鄉。至
大正2年（1913）6月，將
大赤崁支廳裁撤，管轄區併入廳直轄；
大正4年（1915）2月時，再裁撤
小池角支廳併入廳直轄，至此時澎湖廳下僅剩網垵支廳和廳直轄而已。
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大正9年（1920）9月，臺灣總督田健治郎重新修訂地方行政區域，將原先的廳制改為臺北、新竹、臺中、臺南、高雄等州及臺東、花蓮港2個廳，此次新的地方制度中，廢除各支廳，在州以下則設置郡及市，郡之下又則街或庄。澎湖地區在此次的地方行政制度調整之中，從原先的直屬於總督府的第一級行政，轉而被降格為隸屬於高雄州的第二級行政，成為高雄州澎湖郡，其下設有
馬公街及
湖西庄、
白沙庄、
西嶼庄、
望安庄等4庄。同時調整街庄轄區及名稱，將原來
林投澳的
烏崁鄉與
雙頭掛鄉劃歸
馬公街管轄，除此之外
林投澳其他的鄉，以及
南寮澳和
鼎灣澳三者組成
湖西庄，而此一劃分延續至戰後澎湖的地方行政區劃。
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大正15年（1926）總督府有鑑於澎湖的行政機關與當時的
馬公要塞司令部關係密切，也為了因應澎湖的發展與當地民眾的要求，於是在該年7月，將原先隸屬於高雄州的澎湖郡提升其行政層級，再獨立成澎湖廳，下轄
馬公支廳及
望安支廳，街、庄的行政區劃則未變動。
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昭和19年（1944），最後一任澎湖廳知事
大田政作，將原先隸屬於
望安庄的
大嶼劃歸成新的行政區，增設
大嶼庄。使澎湖廳於日本宣布投降時，共轄有2支廳、1街及5庄。
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資訊引用｜《
湖西鄉志》
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