明朝時期

嘉靖之季，賊首曾一本、林鳳據巢穴。萬歷元年，總兵俞大猷逐倭寇嘗至其地。二十年，朝鮮告倭且入犯，議者謂不宜坐棄澎湖；於是設把總一員，以十六舟戍之，隸於南路參將及泉南游擊，令與浯、銅二寨時相策應....

明隸泉州府晉江縣。按曹學佺泉州府志勝：澎湖嶼，自郡東臺海門，舟行三日始至；屹立海中，環島三十六如排衙（由明季至今，居民漸多，開闢日廣，已六十二島澳矣）。居民以苫茅為廬舍，推年大者為長，以畋漁為業.....