本村早在清領早期已有居民居住，蔣毓英撰著的《臺灣府志》與高拱乾纂修的《臺灣府志》均有提及，也可得知菓葉村是由於聚落西北側坡地，生長一大片俗稱菓葉樹的黃槿而得名。
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本村許姓先民據《澎湖縣志》記載：「
菓葉許姓：開澎始祖來自金門後浦鄉」並推測
許氏遷徙來澎湖，可能尚在天啟年以前；甚或明萬曆年澎湖第二期移住民中先驅者，即有
許姓參加。在《
澎湖紀略》中稱做菓葉社，屬
大山嶼「
奎璧澳」管轄。
日治時期明治30年（1897）則改稱為「菓葉鄉」，之後行政區域屢有變動。
民國63年（1974）開始推展社區發展工作，興建的過程極為辛苦，所幸在社區居民的努力協助與幫忙下，才使得村落完成現代化的建設工程。居民除了由菓葉漁港從事漁業作業外，也有從事農作物的種植，以資輔助收入，每一處的「
菜宅」都圍有防風牆以照顧農作物。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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菓葉村由
許姓、
陳姓、
呂姓、
盧姓、
蔡姓諸姓組成，以
許姓、
陳姓為主姓。聚落區分為
頂寮、下寮、
下窟仔三區域。
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資訊引用｜
湖西鄉志（社會篇）、蔡光庭老師
知識錯誤回報小菓葉仔澳：在湖東澳東，相距五里許。
一曰小果葉澳，在文良港之北。崖上多人居，捕魚小艇常聚泊焉。
一曰小果葉澳在文良港之北。崖上多人居，捕魚小艇常聚泊焉。
菓葉至媽宮旱路二十六里
一曰小菓葉澳【人煙頗密，小舟多聚泊焉】
果葉仔澳〈在龍門港北崖。旱程三里，魚艇多聚於此。〉
小果葉澳：在廳治西水程二十里。人煙頗密，小舟多聚泊焉。
奎壁澳：菓葉社（距廳治陸路二十三里）
奎壁澳：果葉社（陸路二十五里）
菓葉社大井：在本社關聖廟旁大路邊。井底有兩竇甚深，莫測所止。井深三仞，水不及五尺，味頗甘，旱不少減，雨不加多。嚴冬他井皆涸，鄉人共汲此井以炊，挹注不竭。
東北出廳城.....六里至菓葉社，即界大海。
