澎湖的牡蠣養殖始於清
光緒7年（1881），由當時的澎湖協副將蘇吉良引進廈門的蠣種，在
媽宮城迎薰門外種蠣，可是成績乏善可陳。
民國43年（1954），
馬公鎮公所從台南安平購進種苗1,000支，在
井垵海灘以「插篊式」（插竿）試養，經過1年的試驗，成績不錯，但是並沒有引起漁民的養殖興趣。123
民國55年（1966）及59年
（1970）也都有試養，只是規模都不大。
民國60年（1971），鹿港水試分所撥贈本縣牡蠣苗10萬粒，由
馬公工作站在
井垵、
菜園海域試驗4個月之後，蚵殼平均長度已達4公分，成績相當不錯。
民國62年（1973）又獲得農復會的補助，在
井垵、
城前、
潭邊、
瓦硐海灘試驗插篊式養殖15公頃，雖然因為海螞蝗（東方食蚵扁蟲）侵食蚵肉，成果不如預期，但是已經逐漸建立起漁民的養殖興趣及信心。
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民國63年（1974）再擴大試養規模，在
許家、
菜園、
瓦硐設置牡蠣養殖示範區30公頃，從事簡易「垂下式」（棚架式）養殖，一共建立了養殖棚架60棚，掛苗8萬串。翌年又在
菜園、
許家、
竹灣試驗深水延繩式養殖20組，養殖成績良好。而高雄永記塑膠公司在
前寮海域試驗的深水延繩式牡蠣養殖500串，也獲得很好的成績，才4、5個月就可採收，引起地方上熱烈迴響。
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民國65年（1976）推行加速農村建設計劃，共有32個蚵農申請政府貸款補助，在
西衛、
大倉、
五德、
竹灣淺海從事深水延繩式養殖。翌年區漁會再核撥貸款760萬元，協助38戶蚵農投入這項新興的養殖事業。這種深水延繩式養殖的成本低，耐用年限高，而且牡蠣終日沈浸水中進食，成長迅速，剝肉率高，相當適合在澎湖的海域發展。
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養殖牡蠣的海上作業相當吃重，
民國71年（1982）五德的養殖戶許天雄委託
湖西鄉菓葉村明昶鐵工廠研發出機械吊臂（起蚵機），架在舢舨上起落蚵架，既省時又省力，一部起蚵機可以抵得過6名男工。後來經過2年的改良，在
民國74年（1985）由農發會補助推廣，使養殖牡蠣進入機械化時代。同年，縣政府又輔導區漁會辦理養殖牡蠣共同運銷，防止商販壟斷市場價格，並且舉辦牡蠣機械剝殼處理觀摩會，鼓勵各養殖業者研究改進牡蠣人工剝殼方式，減少工資支出。翌年澎湖水試分所試驗牡蠣剝殼自動化，在當年6月交付裡一位養殖業者一組牡蠣自動剝殼機試用，後來因為遭受到韋恩颱風損壞而中止。
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民國75年（1986），全縣主要有
澎南海區（以
菜園、
鐵線、
五德為主）、
大倉灣海區（以
西衛、
中屯、
城前、
通梁為主）、
西嶼東岸海區（
赤馬碼頭以北至
橫礁碼頭一帶）及
赤馬內垵海區（
內垵北港及
赤馬間內灣）等4個養殖區在推廣深水式的牡蠣養殖。養殖方法除了
城前及
菜園有少部分使用平掛式及竹筏延繩式之外，絕大部分都採用浮筒延繩式養殖，養殖面積約達560公頃，以每12個浮筒為一組計算，總計約在2,200組左右。養殖的牡蠣都以鮮蚵肉或帶殼蚵運銷臺灣本島，經營情況尚稱良好。於是決定從
民國76年（1987）起推廣。
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澎湖養殖的牡蠣，最初在本地雇工剝殼，以鮮蚵肉運銷臺灣，由於產量不多，價格穩定。後來養殖面積擴大，產量增加，漁村人力有限，全部剝殼運銷緩不濟急，就改為帶殼運銷。但是卻因此而被蚵販壟斷價格，養殖業者每年約短收1,500萬元，本地的剝殼副業工資也損失了1,500萬元。到
民國79年（1990）區漁會才又開始辦理生鮮帶殼牡蠣共同運銷臺灣，來平衡市場供需，減少管銷費用。
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民國75年，臺灣發生綠牡蠣事件，消費者聞蚵色變，牡蠣價格一夕崩盤。澎湖也遭到池魚之殃，產地價格從每公斤120元暴跌到40元還乏人問津，而且韋恩颱風又襲毀了往返
龍門港與雲林箔子寮的澎湖區漁會「澎漁1號」運銷船，使得共同運銷工作因而終止。
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根據縣政府的估算，使用深水延繩式養殖牡蠣，每組浮筒成本只要8萬元，全年可以收穫兩季，年收益約20萬元，一組浮筒可以使用5年，總收益約100萬元，本小利厚。而且本縣天然環境得天獨厚，沒有工業污染，養殖牡蠣的品質冠於全台。同樣是帶殼牡蠣，臺灣養殖的零售價每公斤18元，澎湖的卻能賣到40元，因此，投入養殖牡蠣的漁民越來越多。
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但是深水養殖牡蠣，從
民國61年（1972）試養牡蠣開始，便陸續傳出有扁蟲侵食牡蠣。140
民國68年（1979）8月災情趨於嚴重，
菜園一帶海域，每一串牡蠣平均附著25隻扁蟲，養殖的牡蠣損失53%；
民國74年（1985），扁蟲為害更加猖獗，6月間在
大菓葉海域的試養牡蠣，每一串附著的扁蟲數超過100隻，損失高達90%。
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民國74年，水試所澎湖分所邀集國內廿餘位專家學者，來澎湖共商研討防治方法，根據臺大教授林曜松的研究，扁蟲對於滲透壓的調節能力很弱，浸泡在淡水中約30分鐘就會死亡，因此建議漁民偶爾將牡蠣吊上岸來浸泡淡水後曬太陽，以消滅附著在殼上的扁蟲及其他生物。這個方法雖然能殺死扁蟲，但是必須將養殖架上的牡蠣串逐條吊起來處理再放養，相當費時費工，而且有效期只有短短的2個月，因此扁蟲為害一直無法徹底根治。
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除了蟲害之外，澎湖的牡蠣養殖期間也越來越長，增加養殖成本。60年代推廣初期，牡蠣只要養殖半年就可以採收，肥滿度也都達到標準。但是因為養殖的密度越來越高，海域食物不足，養殖期逐漸延長，到了70年代已經需要1年才能採收上市，因此澎湖牡蠣養殖業日漸走下坡。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷五）｜物產志》
知識建檔｜2021-12-20。知識更新｜2023-12-26
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