（一）地理與海流
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1.地形與底質
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澎湖群島外圍海域10-20公尺等深線的分布形狀大致隨海岸線曲折，東北部沿岸島嶼眾多、淺灘範圍遼闊，部分區域低潮時都裸露水面，海域的深度變化比較大，所以20公尺等深線向外形成比較大的彎曲。內灣則大部分海域水深都在15公尺以內，海底泥沙淤積，坡度非常平緩；
西嶼西方海域10公尺等深線平均離岸約5公里，20公尺等深線平均離岸10公里、50公尺等深線約離岸20-30公里；
馬公南方海域多坡度平滑的淺海，一般水深都在50公尺以下，外圍島嶼礁石林立，50公尺等深線也非常曲折。
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群島沿岸及內灣附近海底的底質分布因地勢不同而異，由於強勁的潮流與洋流的影響，東岸大部是岩礁及珊瑚礁；北岸大部分是比較粗粒的砂質沉積物和礫石堆積及貝介、珊瑚殘骸；西岸附近的海域
玄武岩的分布比較多；南岸
龍門到
鎖港之間，潮流比較小，海底以較細的沙質為主，
山水到
風櫃之間則礁石與珊瑚礁雜陳分布。
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內灣的沉積物分布則相當單純，幾乎全部都是細砂和泥質沉積物，但是沙與泥的比值與分布，和水流的緩急有密切的關係，
四角嶼到
牛心灣之間及
跨海大橋下，水流比較急，泥質不易沉澱，前者海底完全是顆粒比較大的砂質沉積，後者則礁石裸露。
馬公到
西嶼之間含沙量約30%、
大倉灣附近含沙量約60%、
澎南北岸海域含沙量約70%，都是沙泥混合底質。
澎南南岸海域則由於水比較淺，潮流也小，大多是泥質的沉積，泥質約佔80%。
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2.海流與潮汐
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澎湖群島附近的海流主要是受到中國沿岸流、黑潮支流及南中國海
季風流的影響。中國沿岸流發源於黃海北部，沿著中國東海岸南下，對澎
湖西面海域的影響比較大，由於有大量的河水注入，海水鹽分比較低。冬季受到
東北季風的影響而增強，水溫遠較黑潮為低；夏季則由於西南
季風的作用而轉弱，水溫大約和黑潮相當。
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來自於菲律賓海的黑潮，主流沿臺灣東岸北上，支流一部分經巴士海峽進入南中國海，形成逆時針方向的海流，另一部分沿臺灣西岸北上，經澎湖海域，再北上與主流匯合。黑潮支流的溫度和鹽度都比較高，冬季有
東北季風的壓迫，進入臺灣海峽西岸北上的只有一小部分；夏季則由於西南
季風的增強，大部分都流入臺灣海峽。
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夏季西南
季風盛行時，南中國海
季風流也隨著進入臺灣海峽，流向東北。這時候這個海流挾帶有大量的雨水和河水，鹽分很低。到了冬季，則因為澎湖附近有黑潮支流及中國沿岸流所形成的逆時針方向的海流，所以南中國海
季風流的影響很小。
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海流的季節變化會影響仔魚的漂流方向及散布範圍，而海流水溫的不同也會影響成魚的分布。澎湖位於臺灣海峽的東南部，沿海的環境受到黑潮和中國沿岸流的季節性變化的影響很大，在冷暖海流的交下，使得澎湖海域產生了大量的浮游生物，而出現在澎湖海域的魚種，也構成了一個和在臺灣北部或南部沿海都不盡相同的特有魚類群聚。夏季黑潮支流帶來以熱帶太平洋及印度洋為主要棲息地的魚種；冬季由於中國沿海流的影響，澎湖群島的北部也會出現原棲息於中國北方沿海及南日本、韓國一帶的魚種。
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澎湖群島附近的潮流為南北向，北流（漲潮）自乾潮後0.5小時開始，到滿潮後0.5小時停止；南流（退潮）自滿潮後0.5小時開始，到乾潮後0.5小時停止。每天都有兩次南北往復性的潮汐，以
馬公港為例平均滿潮間隙約為11時30分，潮高約在2.2-2.7公尺之間（
吉貝附近大潮時潮高可能到達3.5公尺）。澎湖內灣的潮汐現象及海流的流向，則受到灣外潮流、灣內地形及中正、永安兩橋橋下水位周日變化的影響。漲潮時海水由
風櫃和
西嶼小頭角之間的入口流入後向北流，部分轉彎流入
測天島、
菜園和
嵵裡所包圍的
澎南內灣。主流則向北流到
大倉島附近後，會合
中正橋及
永安橋下流入的海流，再往
跨海大橋橋下流出。但是在
中正橋及
永安橋下海水乾涸，尚未進水之前，灣內的海流流經
大倉島東方時，有部分會流到
中正橋及
永安橋前，等到橋下進水到一定強度時，才轉向會同
大倉島西側的主流由
跨海大橋橋下流出去。退潮時海水由
跨海大橋下向內流，部分經過
大倉島從
中正橋、永安二橋橋下流出去，主流則經
風櫃與
小頭角之間流出。
馬公漁港和
澎南內灣的海水也是向外流，但是在中正、
永安橋橋下乾涸時，部分海流會由
大倉北部、東部及南部和主流會合而南流，所以
大倉灣附近的流向及流速隨著時間周日有比較多的變化，因而有表、底層流向及流速比較不一致的現象。
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綜合來說，大潮時潮位週期與潮流週期相差約3小時，也就是說潮位下降到一半時（仍在下降中），潮流已經轉向了。即使在大潮時期，一次潮水的時間（大潮約6小時）也無法將灣內的海水完全更新，只有
西嶼東岸區域每天可以做大部分的置換。而在小潮時，海流最慢時平均流速只有10cm/sec，即使經過一整天也無法置換。在內灣的退潮期間，潮水主流剛好經過
西嶼東岸，有新加入的海水適時的補充了海水的營養鹽，而改善了基礎生產力。
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在流速方面，澎湖內灣南北兩個出入孔道都比較強，
跨海大橋下約1.0-6.6節（51.4-339.5cm/sec），
馬公與
小頭角之間約0.3-1.6節間，
中正橋及
永安橋下在滿潮時最大流速約在5-6節之間，其他海域一般都在0.3-2.4節之間）（15.4-123.4cm/sec）。
澎湖本島外圍沿岸海域的
外垵燈塔及
龍門裡正角外緣的流速也相當高，每當起風時就見白浪滔天，推測應在3節以上，其他離岸1,000公尺以內的海域，則大都在1節左右。
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（二）水文與生態
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1.水溫與營養鹽
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（1）
澎湖本島沿岸
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水溫在6-8月超過30℃，1、2月水溫低於20℃（圖3-5）。鹽度範圍在33-37之間，冬季的鹽度比其他季節高出約1以上，PH值十分定，一般在7.8-8.1之間，季節的變化不大。營養鹽方面，硝酸鹽約在3-100ppb之間，有顯著的季節變化。
馬公市、
湖西鄉一帶沿岸以11月的含量最高，而
白沙、
西嶼兩鄉則在5月達到高（20ppb）。亞硝酸鹽的含量在1-22ppb之間，季節上的差異很顯著。矽酸鹽的含量都很低，最高僅6.7ppb而已，有6個月的濃度在1.0ppb以下，大致上在4至6月比較高。磷酸鹽的含量約0.6-3.9ppm，主要範圍1.0-2.0ppm，季節變異不大。
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（2）澎湖的內灣海域
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全年水溫平均在18.33-27.31℃之間，除了冬季（12、1、2月）之外，表層水溫都高於底層水溫，表、底層水溫差約在±0.7℃左右。全年最高溫在6至7月，最低溫在1至2月（低於20℃），水溫在11月份開始顯著下降，到翌年3月才回升，鹽度範圍在33.78-35.88之間，大部分介於34.20-34.86，季節性的變化值並不明顯，表層水與底層水的變動差值也很小，約在±0.5之間。
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在營養鹽的含量方面，硝酸鹽含量在0-46.8ppb之間，一般約為0-20ppb，表、底水層之間的含量差值在夏季（5至8月）變化比較大，底層水有比表層水稍高的傾向，其他季節的差值比較小。亞硝酸鹽的含量則在0-11.8ppb之間，大部分介於2-6ppb之間，季節性的差異不大，但是8月份有較高值，表、底水層含量的差異也很顯著。磷酸鹽含量在0-17.64ppb之間，主要範圍在0到3ppb之間。而矽酸鹽含量則在0-2.85ppb，表底水層與季節上的差異都很小。
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（3）
澎湖本島外圍沿岸海域
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全年最低溫的月份是1月，平均約16.4±0.5℃，最高溫為8月份，平均約26.8±0.7℃，各海域的區域性差異並不顯著，除了2月份之外，其餘各月份都在±0.7℃以下。而
西嶼及
澎南海域可能是比較避風的關係，在冬季1、2月份時比
白沙及
湖西海域平均水溫來得高。海域鹽度最高是12月份的35.46±0.02，最低是8月份的33.73±0.09，其餘的月份都介在34.12±0.09到34.65±0.36之間，各地的差異值都很小。PH值全年都在於8.022±0.016到8.290±0.018之間，其中以11月份最高、5月份最低，區域性及季節性差異都不大。13在營養鹽方面，硝酸鹽含量在6、7月各海域都比較高，分別是21.5±5.0及15.8±4.1ppb，其餘的月份都很低，約在9.5ppb以下，一年之中以4月份的含量最低約為0.5±0.3ppb，各海域的區域性及季節性的變異都非常顯著。亞硝酸鹽的含量全年都在1.8±0.4到7.3±1.7ppb之間，以2月份最高，9月份最低，除了2月及8月之外，區域性的差值都很小。各海域磷酸鹽的月平均含量都在2ppb以下，含量以6、8月比較高，3、4月最低，只有0.32ppb左右，區域性的差異以6月份
西嶼海域的差異最大。矽酸鹽的含量也低，各海域的平均值都在1.2ppm以下，季節性及區域性差異並不明顯。
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綜合來說，澎湖沿岸，無論是沿岸養殖場附近、內灣海域或外圍沿岸海域的水質都很清澈，鹽度偏高，主要營養鹽貧乏，特別是磷酸鹽含量非常少，磷酸鹽是海水中光合作用不可或缺的因子，所以澎湖海域的基礎生產力應該很有限。
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2.動物性浮游生物
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動物性浮游生物的生產是海洋生物中一種低階層的生產，不但是魚類、貝介類等生物的主要食物，也可以做為漁場優劣的參考依據。
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（1）澎湖內灣海域
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內灣海域的浮游生物全部個體數（Totalabundanceinds/100m3）以春（2、3、4、5月）、秋（8、9、10月）兩季為最多，分別是每100m3海水中，含有6,636、4,937、6,837、8,257、8,864、5,724及5,352隻，月平均值為4,730隻。全部生物量（Total Biomass（wetwt）g/100m3）則以8、9、5月及2月比較多，分別為每1,000m3海水中含有54.8、38.7、32.8及30.9g，月平均值為23.2g；8月份含量則不論生物量或個體量都高於其他月份。
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整個海域的浮游動物族群中，以橈腳類（Copepoda）所佔比例（30.29%）為最高，其次為魚卵（24.89%）、仔稚蝦（13.77%）及仔稚蟹（15.26%）。橈腳類在一年中的8、9、10月在南方出入水口處有比較高的含量，是2月份的族群優勢種。魚卵含量從1月份起，月平均個體數就顯著的增加，到5月份達到最高值，是3到6月的族群優勢種，可見1到6月是內灣海域魚類主要的產卵期。
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在區域性的分佈方面，1月份以
大倉島附近海域比較多，2月份有往南移的趨勢，3月份比較平均，4、5、6月又有南移的趨勢。如果就內灣的底質來看，這些魚卵很有可能是以
大倉島附近的淺灘潮間區為主要的產卵場。仔稚蝦、蟹則分別在7、8月及4、9月有比較高的月平均個體數，
大倉島北部從4到11月都有比較高的族群月含量比值，在內灣海域的食物鏈中負有很重要的地位。此外，還有少量的有尾類及毛頷類分布，其他的種類含量則很少。
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（2）
西嶼海域
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就浮游動物的全部個體數而言全年以1、2、3月比較高，分別為每1,000m3海水中含有158,415、109,131、84,866隻，10及11月最低，分別是167及213隻。全部生物量則以5月的含量35.77g/1,000m3最高其次是12月的27.81g/1,000m3，最低是10月份，只有5.73g/1,000m3。，這可能是因為5月份含有多量（占73.77%）的水母類的關係。
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就優勢種類的個體量的季節變化來看，主要優勢種是橈腳類，以1月份的158,191隻最高，其次是3月份及2月份的108,620及68,557隻，再其次是9月份的1,961隻，最低是10月份的26隻及11月份的45隻，可見橈腳類的含量以春初為最多、秋末最少。次優勢種類是毛頷類，個體數以2月份的16,082最高，月平均含量比值以10月份最高，有61.50%，其次是8月份的51.17%、7月份的33.25%及11月份的28.74%。有尾類含量以9月份最高，3月份最低，水母類則以5月份含量最高。比較具有經濟性的仔稚甲殼類，從10月起到翌年3月份的含量都很少，從4月份到9月份達到最高值。魚卵及稚幼魚則全年都有，前者以9月份，後者以3月份的數量比較高。
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就個體量季節出現的分布情形來說，9月份以
內垵北港外緣以北到
大池港外的含量比較高；10到12月份則以
小頭角南方到
外垵燈塔南方海域比較高；1月份除了
小門嶼東方海域之外，整個
西嶼沿岸都有很高的含量；2月份南方海域很少，北方海域的含量高，3月份則和2月份相反。
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（3）
白沙海域
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浮游動物個體量的季節性變化全年以3月份的116,542隻最高，9月份的6,486隻次之，11月份的47隻最低。總生物量則以5月份的21.52g/1000m3為最高（也是含有多量的水母），11月份的3.17g/1000m3最低。橈腳類的含量，除了3月有比較高的含量值，1月及4月有比較高的月含量比值，是族群的優勢種之外，其他的季節，一般含量都不高，大部分介於400隻以下。毛頷類在8月份有比較高的含量及比值，皮囊類在各季節的含量都很少，在7月份成為族群主要優勢種。有尾類在9月份也以比較高的含量（2,190隻），而成為族群優勢種；水母類則在5月份成為族群主要優勢種，現象非常特殊。仔稚蝦蟹在11月到翌年3月的含量很少，從4月份起到9月份達到高值。魚卵在3月份有很高的含量，仔稚魚也在3月份出現最多，4月次之，因此3、4月份應該是這個海域魚類的主要產卵及孵化季節。
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就區域性來說，9月份在
後寮碼頭外到
金嶼內側海域有比較高的含量，10月份起到翌年2月份各地的含量都很低，差值也不大。3月份則有相當高的含量，多分布於
金嶼以東到
員貝嶼之間的海域，其中以
赤崁碼頭外最高（有288,687隻/1000m3）。這時期該區域正是丁香魚漁汛的漁場，可能和食物鏈有相當的關聯性。
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（4）
湖西海域
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就全部個體數而言，全年以3月份含量最多為78,194隻/1000m3，10月份最低，只有43隻，總生物量則以9月份的29.76g/1,000m3最高，1月份的3.26g/1,000m3最低。橈腳類的含量以3月份最高，有41,669隻，其次是9月份的285隻，最少是10月份（只有1隻），季節性的變動差異相當大。毛頷類在7月份有比較高的含量（216隻），是族群優勢種；有尾類在9月份（362隻）及12月份（118隻）是族群優勢種；水母類在5月份也有比較高的含量（504隻），仔稚蝦、蟹則在9月份有比較高的含量。至於魚卵及仔稚魚方面，各月份都有很高的含量比值，而以3月份的產卵及孵育期含量最高，分別有35,987及397隻/1,000m3。區域間季節性個體數的分布，除了3月份在葉碼頭外緣到
裡正角之間海域有比較高的含量（分別為168,226隻及143,923隻）之外，其餘各季節各地區的含量都很低。
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值得特別注意的是，
菓葉碼頭外緣海域在3月份的橈腳類高達166,500隻，但是鄰近海域（相距約1公里）的含量相當低（在132隻以下），仔稚魚也有1,388尾（是各地之冠）。而鄰近的
裡正角海域，橈腳類的含量雖然只有16隻，但是魚卵數高達143,775個，可能是因為
裡正角附近暗礁林立，又向東延伸了約2公里，而且其南方海域水深約20-30公尺，北方只有約10-20公尺；由於地形的影響，使得每日兩次南北往復性的潮流，對海水產生上下的劇烈攪動，有如湧升流一般，因而成了魚類產卵及孵育的最佳場所。而鄰近的葉碼頭附近海域則是由於地形比較凹入，再加上漲潮時南方水勢的攪動帶來局部的營養鹽或陸上排水，使得附近海域的基礎生產力比較旺盛，所以橈腳類的含量比較豐富，而成為仔稚魚生長的優良場所。
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（5）
澎南海域
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全部個體數以11月份最高，3月份及1月份次之，分別含有43,761隻、26,864隻及21,091隻，總生物量則以4月份最高，含有56.96g/1,000m3，其中以仔稚魚的含量比較多，體型也比較大，2月份最低，只有4.42g。各族群季節性的變化，則是橈腳類在9、11、12、1、3、6月份都有很高的月含量比值，是最主要的優勢種。毛頷類在4、7、8月份是族群優勢種，有尾類則是10、5月的族群優勢種；仔稚蝦、蟹以4月份的含量比較高；而魚卵及仔稚魚則全年都有分布，但是以3月份及4月份的含量比較高。
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在區域間季節性個體數分布方面，9月份各地區的含量差值很小，而且只含有少量的仔稚魚及仔稚蟹；10月份則在
風櫃到
四角嶼之間海域有比較高的含量，但是以有尾類及毛頷類為主，11月份起則除了11月及3月在舊機場南方海域、1月份在
嵵裡到
風櫃之間海域有相當高的橈腳類含量之外，其他季節，各地區的個體數差異都不大。但是在整個
澎南海域，各季節中的仔稚魚含量，都比前述各海域多，尤其是
龍門港外及
林投公園外緣海域，在3月份及4月份分別有1,344隻及1,055隻/1,000m3，這兩個區都鄰近
裡正角，可見
裡正角海域在3、4月是一個重要的魚類產卵場。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷五）｜物產志》
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