小門一名由來與地形地貌有關，從土地公廟向西北望去，現在漁駐所東邊有條水泥路，此路正好位於兩座小山丘之間，狀似一扇門（另有一說法，門，並非代表我們所知的門，而指的是水道，例：
吼門、鹿耳門），從前小門橋未通，現在漁駐所前通路亦未開，由
漁翁島之間往來小門出入均需由小路走上山丘，繞過一圈後才得進村，此處儼然成為村中門戶，故名。
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本村居民以許姓者為多，據《重修臺灣省通志卷三住民志姓氏篇》記載，澎湖許姓先民遷至西嶼者有三，一為許摯夫，於
萬曆9年（1581）由金門遷至澎湖，定居於湖西菓葉，稱為
菓葉許氏，後裔分布
菓葉村外，另繁衍至
龍門村、
許家村、⋯、西嶼鄉、⋯等地。另一支為許文璋，於
崇禎2年（1629）由金門遷至西嶼定居。另一支為許香，於永曆中期亦由金門遷移定居西嶼。據清代文獻記載，本村形成聚落當在清領晚期。
日治時期本村一直隸屬於
竹篙灣，日治後期亦然。
大正9年（1920）街庄改制，街庄下設大、小字，其時
竹篙灣改設大字，小門亦附屬其下設小字。戰後初期仍併於
竹篙灣社內，稱為
竹灣村。自實施地方自治後，本村乃自
竹灣村獨立設村，稱為
小門村迄今。本村位於
漁翁島西北角，為一個獨立的小海島，退潮時和
漁翁島之間可步行通過，亦稱
小門嶼。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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