康熙23年（1684），清廷於臺灣設置臺灣府，下轄臺灣縣、鳳山縣、諸羅縣等3縣。澎湖屬臺灣縣轄下，設置巡檢司，以巡檢為澎湖最高階文官。澎湖在行政體系與軍事體系上，與臺灣緊密連結，尤其在港口的戍防上，早期是以澎湖與鹿耳門兩港口為軸線，即「澎湖乃臺灣之門戶，而鹿耳門又為臺灣之咽喉。」例如
康熙51年（1712），康熙皇帝即認為「朕思臺灣、澎湖之地關係甚大，
海壇、
南澳兩處不甚緊要。」因此，相較於行政體系，澎湖的軍事體系即顯得龐大，由直屬於臺灣鎮總兵的水師駐防。澎湖的水師分為左、右兩營，駐紮及防汛區域包含澎湖各主要澳嶼，由副將節制，總人數達2,000人。
雍正5年（1727），在福建總督高其倬的建議之下，清廷將澎湖的巡檢司裁撤，改設澎湖廳，其行政長官為糧捕海防通判。
光緒11年（1885）澎湖廳增設
八罩巡檢，除管理轄區治安外，亦擔負海難救護之責。
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鄭氏投降之後，清廷將鄭軍及其眷屬遷回大陸，澎湖的人口因此有所減少，如
大嶼「偽時居民稠密，今俱移在
八罩島」、
員背嶼（
員貝嶼）「偽時居民甚眾，今止零落一二家。」以現存清代臺灣最早的方志，即蔣毓英的《臺灣府志》所載，清廷領臺時，「澎湖民五百二十三；口偽額九百三十三，底定存冊五百四十六。」由於通常以繳稅之丁口來計算，實際人口應有數倍之多。明末清初的移民，其祖籍地以福建省泉州府同安縣金門為主，之後則有所擴大，包括泉州的南安、同安、安溪等縣，漳州的海澄、龍溪等縣，甚至有來自江西南昌的移民。實際的移民案例，諸如康熙中葉泉州府同安縣人紀琯入墾
馬公；泉州府同安縣人紀漢於雍正、
乾隆年間遷入現今的
興仁里從事拓墾，成為當地紀姓的開澎先祖；泉州府安溪縣人陳星輝於
雍正年間入墾
白沙鄉講美村；泉州府同安縣人
黃仁長於
雍正年間遷入
西嶼鄉定居。另有少數非福建籍的移民，如涂五郎、涂益皆兄弟從江西南昌入墾
白沙鄉。至
嘉慶年間，另有福建泉州南城外磁灶庄的吳姓，遷入
西嶼竹灣村，被稱為
竹灣吳氏。
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依據《
澎湖志略》所載，乾隆元年
（1736）澎湖共1,683戶、13,417人。163至
乾隆27年（1762），澎湖人口已增至2,752戶，成丁男婦11,938口，幼丁12,114口，合計24,052人。164意即清廷領臺之初如有2、3千人，則80年間，澎湖人口增加將近10倍。至
乾隆32年（1767）後，通澎十三澳，共人戶2,802戶，男女共25,843丁口。165至
道光8年（1828），編查保甲？戶冊，共8,974戶，男婦大小共59,128丁口；換言之，
乾隆32年至
道光8年（
1767-
1828）的61年間，人口增加1.29倍。166由於人口的增加已達到土地負載的上限，當時對於自然資源的利用已無法使人口再增加，使人口成長甚為緩慢。至
光緒19年（1893），人口雖增至67,541人，然65年間人口卻僅增加0.14倍。
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由於澎湖地狹民稠，田地不足耕種，在經濟的壓力下，居民向外謀生、遷移的情形甚為普遍。早在清代初期與中葉，即有澎湖人利用風季不能出海作業的時間，前往恆春一帶燒木炭或種植甘藷，等收成後再載回澎湖。部分人於來往數年之後，舉家遷移屏東定居，此乃造成早期澎湖人大量移住屏東的原因。清代中葉之後，澎湖人向外移出的目的地，轉換成當時在臺灣本島最為繁華的臺南，以經商或苦力為業。至清末，澎湖的人口壓力更大，《
澎湖廳志》即描述：「前者土薄為患，今則地力經營已盡，遂有人滿之患；其不能不外出謀生者，時勢則然也。」；「澎民之赴臺謀生者，年以千百計⋯⋯地狹民稠，田不足耕，榖不給於養，不得不尋親覓友，以圖餬口。」澎湖已從大陸的人口移入地轉變為人口移出地，而澎湖的移出地即是臺灣本島。
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清代澎湖的農業，就糧食作物而言，有水稻、
小米、
高粱、麥、
地瓜等作物，然因自然環境的限制，水稻栽種不多，如雨水不足，就只能轉植雜糧；而
地瓜易於栽種，在糧食作物中甚為重要，因此《
澎湖廳志》特將
地瓜列入「五穀」之內。172因農作物生產有限，使漁業極為重要，可列為澎湖物產之首位，普遍以半漁半農方式營生。因漁船僅能依靠風力、人力，捕魚以澎湖列島週邊為範圍，以現今的標準來看，屬沿岸漁業的型態。另外，
潮間帶的採集與捕魚亦具有在地的特色，例如堆疊「
石滬」依靠海水的漲退潮來捕魚，或是海菜、貝類的採集等等。
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澎湖以海與臺灣、大陸相隔，與外界的貿易甚為重要，商業發展甚早，如
康熙24年（1685）的蔣毓英《臺灣府志》云：「澎湖、廈門原無設渡，僅附搭商船往來」。另據
雍正年間（
1723-
1736）的《
澎湖志略》云：「澎湖四面環海，非舟莫濟，商船二十八隻，杉舨頭一百二十八隻；鉅者貿易於遠方，小者逐末於近地，利亦溥哉。」就貿易的物品而言，進口糖、布帛、杉木、磚瓦、油酒、香燭、乾果、紙筆等等日常用品；輸出則以魚乾、鹹魚、蝦乾等魚製品，以及
花生、
花生油。此外，澎湖亦有行郊，稱為「
臺廈郊」，簡稱「澎郊」，由廈郊金長順、臺郊金利順組成，創立年代可追溯至康熙、
雍正年間。其貿易範圍，對大陸以廈門為主，並擴及福建的同安、泉州、漳州；對臺灣則以臺南為主，旁及高雄、東港、鹿港、北港；廣東則有
南澳。
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貿易的興盛促使
媽宮市街的興起，
康熙49年（1710）陳文達的《臺灣縣志》即有述及「澎湖
媽宮街」。176依據
乾隆26年（1771）胡建偉《
澎湖紀略》所述，
媽宮已形成「七街一市」的規模，七街為倉前街、左營街、
大井街、右營直街、右營橫街、渡頭街、海邊街，一市即漁市。各街的店鋪俱全，諸如：酒米舖、鮮果舖、藥材舖、打鐵舖、雜貨舖、醬菜舖、油燭舖、綢緞舖、麵餅舖等等。
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教育方面，乾隆中葉以前，澎湖僅有社學、私塾，未設學校，文教設施仍未健全；學子如要赴臺科考，往來費時，且需旅費支應，導致學子裹足不前。
乾隆31年（1766），澎湖通判
胡建偉倡建書院，翌年落成，以澎湖盛產的
文石為名，稱為「
文石書院」。此後，澎湖文風得以提振，科考亦有所成。終清一代，澎湖有1進士（
蔡廷蘭）、4舉人（
辛齊光、
蔡廷蘭、
鄭步蟾、
郭鶚翔）。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
知識建檔｜2017-10-31。知識更新｜2018-11-08
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