福建至北
宋時，人口快速增加，導致漁品消費量大，鹽產業逐漸發達，但土地的貧瘠，以及海岸曲折，港灣甚多，促成漁業之擴展。澎湖地處台灣海峽寒、暖流交會之地，海洋資源豐富且迴游魚類較多，自然吸引閩人前來捕魚，漁夫循著海流追逐魚群，往往成為發現新航路和遷徙移動的動因。由於澎湖在地理位置上與福建有相對關係，在經濟壓力下開拓新的
漁場與航路，當
漁場拓展到澎湖西側海域時，澎湖因地近
漁場，自然吸引福建沿海居民時常前往，烏魚即是一例，並利用島嶼上的土地而發展成後來的定居。然而自然環境的不利農耕，因此漁民在漁季之時，慬能形成短暫性的移居澎湖，目的在於既可延長作業期間，遇颱風也可暫棲。
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朱室南遷時，不少人民避難到海上，而澎湖由距閩甚近，所以逃到此地必然不少。從時人周必大〈汪大猷神道碑〉中可見，當時澎湖的住民生活，在漁季來時就捕魚，非漁季時期則開墾農地種植栗、麥、麻等穀物，或者放牧牲畜來貼補日常生活。就陳學伊〈諭西夷記〉中的記載，顯示當時澎湖已有不少人居住，因此有「聞之彭湖在
宋時編戶甚蕃」之語，也顯示國家權力在民間力量之後也到達此地，才會將澎湖居民納為「編戶」，使其成為中國的版圖，南宋理宗時的《諸蕃志》更明白的記載著，「泉有海島曰澎湖，隸晉江縣」的字句。
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從時人的記載顯示，當時澎湖住民的生活初期是受到國家選擇性的保護，從乾道7年毗舍邪的侵擾則可資證。樓鑰〈敷文閣學士宣奉大夫致仕贈特進汪公行狀〉的記載顯示，由於「毗舍邪」族剽掠澎湖，故汪大猷遂有遣將「造屋二百間」駐守澎湖以防侵擾。從今人的研究成果顯示，當時澎湖並無太多有價值的物資，因此毗舍邪只能強行收割
農作物而已；至於之所以要來澎湖，乃是因為在南
宋時澎湖已是毗舍耶航行福建的中繼站，如果他們想走對航線而不會偏差，則須以澎湖為指標，呈現該地在航線上的重要性；也因此國家在基於安全考量下，軍事力量開始進入此地，成為目前可知的「大陸封建政府第一次在台、澎地區正式駐軍」。但因澎湖僅在夏季雨水較多時，地表低窪之處有短暫性的流水，一到冬期則告枯竭，因此軍民飲水甚為困難，加上冬季的強風影響，所以軍隊的巡防採取「春夏遣成，秋暮始歸」的方式來成防，代表了國家雖然在此地成防，但受限於該地的環境，使得做法上採取選擇性的防守方式。之後汪大猷鑒於「勞費不貲」，而在澎湖駐兵成防，可能駐紮約200名的士兵，來免除南風成澎之困擾，顯示汪已經認識到成防澎湖對於防守福建沿海的重要性，達到鞏固福建沿海一帶的安全。
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自13世紀以來，澎湖在東亞交通的地位也顯漸重，從《島夷誌略》所描述的泉人移民澎湖，與今人在澎湖所發現的朱、元陶器等證據，都顯示當時常有中國與外國商人到此或經過此地，所以才會有上述的「工商興販，以樂其利」之語。從曹永和的研究中可知，當時民間商人與漁民的活動，在台灣海峽也大有進展。當時的澎湖應該有可觀的居住人民與貿易，加上元世祖幾次的出兵日本都失敗，飄散的船艦極有可能飄流到澎湖避風，
元朝政府鑒於該地作為大陸文化進入海洋文化的跳板與軍事的最前線，將其納入行政體系的控管中，至元18年（1281）在澎湖設置巡檢司來管理該地，以加強國家力量對此區域的控制能力。
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由於當時的瑠求（台灣）並未納入
元朝的版圖，就《島夷誌略》的記載，此地為「海外諸國，蓋由此始」。因此在至元29年3月（1292年4月），派遣吳志斗等人「招諭瑠求」，當時期望先由澎湖前往招諭，招論不行才動武，結果因內部意見分歧而無成；之後大德元年（1297），又從福建行省平章政事高興之請，再次招撫，結果也是小規模的軍事行動而已。但從兩次事件的過程中，都突顯出澎湖軍事性格的重要性，當時澎湖乃是
元朝最外圍的行政區，所以該地此時變成大陸文化進入海洋文化的跳板，並且具有軍事前線的地位。另外，當時澎湖海域船隻往來漸次頻繁，應該也是澎湖設官的考量之一。
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朱元璋建立
明朝政權後，承襲
元代的舊制，於洪武2年（1369）
在澎湖設立巡檢司，設有百人以下的兵力。洪武20年（1387）因居民不法、抗官以及怕與倭寇勾結等因素，而廢司墟地，放棄了該地的主權。墟澎政策的廢司撤兵，代表著國家的控制力從當地的脫離，任由民間私人力量與外國勢力的各自發展，成為國防安全上的一大漏洞。海盗、倭寇與逃避徭役之人都來這裡，「繼而不逞者潛聚其中；倭奴往來停泊，取水亦必經此」，可見墟澎政策極為失當，並不能達到效果，加上無汛兵防守，進而導致外國勢力的介入，造成國家海防上的危機，因此顧祖禹認為「此三山（澎湖、海壇、南澳）者，誠天設之險，可棄而資敵歟」。
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嘉靖42年（1563），
明朝軍隊在俞大猷的率領下，對於竄據澎湖的林道乾武裝集團發動征討，結果林氏逃至臺灣，當時俞人猷鑑於臺灣「港道紆迴、水淺舟膠，不敢偪迫」，因此「留偏師駐澎島，時哨鹿耳門外，徐俟其弊」，直到林道乾離開臺灣才撒師。據蔣毓英《臺灣府志》的記述，當時俞大猷為安頓偏師而築
暗澳（東文里 西文里）城。事件之後的對應措施據《金門志》記載，在嘉靖、萬曆年間，金門「每汛撥二捕船於澎，以偵賊出發」，又「明季設水澎標，分金門兵哨汛澎湖，駐防
瓦硐港銃城」。雖然
明朝恢復了澎湖的防成，但這二隻分哨性質的船隻僅只是偵察的消極性防守，仍然沒有將軍隊駐紮於此的積極性作為，究其因則乃如俞大猷在隆慶6年（1572）所言，「澎湖海上無人之境，又閩之兵船亦其素懼，以此逆知其必不來此二地也」，當時閩海的國士防禦重點仍放在
銅山、浯嶼等地，澎湖因無人之境故不重視，真正使澎湖再駐防軍隊，則因「倭寇」入寇而致。
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明代文獻上倭寇入侵澎湖的紀錄有兩次，第一次據《明史》記載，廣東巨寇曾一本、黃朝太等，「無不引倭為助」，
萬曆8年（1580），「犯浙江韭山及福建澎湖、東湧」等處。第二次則是《皇明世法錄》言
萬曆45年（1617），「倭流劫大金所，餘船突犯泊此；遷延至十餘日，始徙去。漁察中人云：每倭足跡所到，舉網輒多得魚；亦時從漁民索酒，持杯向笑，摩手若骨慶」。這兩次雖然都是短暫停留後就離去，但長期倭寇與海賊的問題，使得中國朝野之間開始討論是否在澎湖設防，因為在當時的環境上，如果澎湖被佔領，則將導致三項後果，其一在軍事上，因地近東南沿海，所以敵人可將澎湖當作集結之地對中國進攻，使國家飽受威脅，如進犯不利，還可以此地作為休憩整兵之地，來決定再進攻或者結束；其二在貿易上，由於澎湖被佔後，朝廷採取禁止通商貿易的回應作法，將導致漳、泉兩州的稅收銳減，進而影響到軍隊兵餉的來源；其三在漁業上，也會造成夫無法捕魚，影響人民生計的嚴重問題，所以時人大致以贊成後者居多。
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至於
明朝政府正式採取積極的回應方式，即派遣軍隊成防澎湖，則始於
萬曆20年（1592）。據黃承玄〈條議海防事宜疏〉的記載，該年由於豐臣秀吉出兵朝鮮，並有進犯雞籠之勢，因此朝鮮人韓應寅密報「平酋作難，有謀犯雞籠、淡水之耗」，朝野經過上述的共識後，認為澎湖由於地近雞籠，考量其戰略地位的重要性，因此「當事者始建議成之」，並且決定一改過去分哨巡守的作法，改為「鎮以二遊、列以四十艘、屯以千六百餘兵」，以1,600人的兵力及40艘船的軍備，正式駐紮於澎湖。至於駐紮的情狀，據何喬遠《閩書》所述：
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北起北山，南盡八澳。北山、
龍門港、
丁字門、
西嶼頭，倭要路也，曰最衝。
娘宮前上澳曰次衝。春汛以
清明前十日為期，駐三個月；冬汛以霜降前十日為期，駐二個月。浯銅二寨，分兵為聲援。汛畢，衝要地各有兵船哨守命，曰小防。
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從上可知，當時澎湖的國土防衛體系中，防禦圈是從今日的
白沙鄉到
望安鄉，兵源則由浯嶼、
銅山二寨派兵前來，防衛重點首在
本鄉的
龍門港地區，及
白沙、
西嶼丁字門、
西嶼頭等地，皆在倭人往來航道之要津；又因只能順著
季風來澎，故依其時間點而將汛期分為春、冬二汛。此次軍事佈防的整體建構，顯示朝廷在觀念上已考量到澎湖在國土防衛中的重要性，然而就現實面來看，此次僅是短暫性的駐防，之後因雞籠未受攻擊而將駐守官兵撤走。
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萬曆45年（1617）倭人突入
本鄉的
龍門港地區，雖然僅是短暫的停留後即撤去，但因「倭入犯
龍門港，遂有長成之令，兼增衝鋒遊兵」，卻導致
明朝政府下定決心，採取終年防守澎湖的政策。倭寇的入侵，再次引起
明朝政府在國防安全上的警覺與認知，打算採取終年防守與增兵的方式來處理此地危機，在原有的兵力外，軍事部門又增加了一隊澎湖衝鋒遊的兵力，恢復以兩遊兵力防衛澎湖。但好景不長，此次改革並沒延續多久且效果也不甚理想，此可從南居益在
天啟5年（1625）的奏疏中得到印證，由於該奏章是條陳澎湖被紅夷佔據之事的善後事宜，因此最晚可以看見
天啟2年時的澎湖防務，據文中的陳述可知，在短暫的5年後，澎湖兩遊的兵力僅剩下「額設舊兵共九百三十五名」而已，又因憚於涉險，衍生出「三汛徒寄空名，官兵何曾到島，信地鞠為茂草，寇盜任其憑陵」的情形發生，且從議增餉一項中所謂「每兵月餉九錢。春冬兩汛，到彭防守，每月加給行糧三錢。今議長成彭湖，不許收汛，回來內地」的情形，可見所謂的終年成防執行並不久，甚至於可能未曾執行過，但其重要性卻是無可取代。
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16世紀時，歐洲資本主義國家皆以海外貿易為國家發展的首要目標，藉由取得亞洲的香料、絲綢等物資，並經手轉販至歐洲來獲取麗大的利潤，當時為確保中國貿易市場的穩定，因此各國努力在中國附近建立起貿易基地。荷蘭人在成立荷屬東印度公司之後，更加積極的開拓東方貿易市場，伴隨澳門與馬尼拉成為葡、西兩國的據點之後，荷蘭人尋找一個可以與中國直接建立貿易關係，並且能打擊或阻止葡、西人與中國貿易的地方，對於荷蘭人就極為重要。該公司在初期的發展上，「貿易事業經常由軍事力量來掩護，隨著公司貿易的擴展，必須維持更組織化的戰略體制，而其在航路的要衝設置中繼站、商館，是有作為戰略上據點的意義」。基於此特色，所以依據史書的記載，荷蘭人在
明朝時有二次軍事佔領澎湖的紀錄，一次為
萬曆32年（1604）由韋麻郎（Wijbrant van Waerwijck）率領，一次則是
天啟2年（1622）由雷爾生（Cornelis Reyersen）率領。
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南居益在荷蘭人離澎之後，鑑於澎湖在軍事戰略地位上的重要性，故參考福建官員與各界輿論的意見，於
天啟五年（1625）向明廷條陳澎湖善後事宜十款，此為時人對於明末外敵入侵的一次總結討論與回應，對澎湖不論在建置、成防等方面都有新的氣象，並提升澎湖的軍事地位。關於海防上的對應，主要以增兵、築城、築銃臺三者為主，在成防兵力上增設1,169名陸軍，增加一倍的編制人員，由游擊率領，指揮二個把總，聽南路副將節制，其中左翼把總統轄624名陸軍，駐紮在
媽宮與
暗澳（東文里 西文里），並分汛
本鄉的
太武、
龍門港及
馬公的
案山等地。在澎湖防禦部署上以
媽宮、
暗澳（東文里 西文里）這塊凹地為主要的防禦重點，以其對角的
風櫃尾為次要重地，所以在這些地方置重兵並且築城堡、砲臺，以防衛
馬公灣。
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總結
明代防禦對象與軍備對抗的演變，從海賊到「倭寇」到外夷，這些對象給國家所感覺的威脅越來越重，因此反應也越來越大。最初的海賊僅是騷擾而已且派兵就可以撫平，不致構成太大威脅，其次「倭寇」就導致生命安全與東南擾亂，但採禁地內守政策就可以使其衰退，因為他是每年有時間限制，只要過了春冬汛的時間就沒事了，但荷蘭採取的是佔地為主的政策，因此整年都會造成國家安全的威脅，並且觸碰到國士不容侵犯的原則。另外，海盜與「倭寇」的武器多為刀劍等冷兵器，和
明朝官軍相同，因此在人數優勢上是
明朝官軍可以應付的；
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但荷蘭的武器則是如沈有容《仗劍錄》所記載的「船大如城，銃大合圍，彈子重二十餘斤，一施放，山海皆震」的火器為主，這樣的軍備自然使明軍有所畏懼，因為雙方武力的比較為
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「彼舟如山，我舟如垃，大炮一放霆擊十里，將如之何」，雖然從天啟朝開始就有引進紅夷炮對付北方女真族，但福建地區仍是以冷兵器為主，軍備上明顯無法與使用火器的紅夷相比，故其對於閩粵所造成的威脅為最大。防禦對象的轉變也帶動了對於防守重點的改變，因此在最初防禦海賊與「倭寇」時，防守的重點在
丁字門、
龍門港、
西嶼頭等往來航行之要津，
媽宮與
嵵裡僅為次衝。但至荷蘭人時，由於船隻吃水較深，因此
馬公港成為首選之地，
風櫃尾也成為荷蘭駐地築城的位置，所以防禦重點就轉為以
馬公港的周圍為中心了，因此
天啟4年後南居益所建構的防禦體系就以
媽宮為首要之地，這明顯是因應對象轉變的威脅而改變防禦點。然當時為應付北方敵人，在明未亡時，澎湖已進入無政府狀態，此一局面後為鄭成功打破。
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永曆15年鄭成功決定由金門料羅灣率師到臺灣，因荷蘭主城熱蘭遮城在今台南，所以決定在2月由料羅出發，取道澎湖而至鹿耳門。到達澎湖，部隊分駐澎湖各島，成功本人駐禁裡，等候風向以直下鹿耳門。在候風期間，其巡視澎湖並表示，如果以後得到臺灣，將以澎湖為其門戶與保障。從黃梧叛變時，清閩浙總督李率泰只令洪天祐與黃元益守
銅山，而不再強進，乃是怕成功由澎湖奪取福州，因此推論在澎湖應有兵力。另外，從取得臺灣過程中，可見澎湖處於台廈往來航道且為中繼站，當時成功仍以台南為中心，其勢力並不過臺灣中部，因此就其防禦來論，並無不守澎湖之道理，因此其對澎湖軍事地位的認定，是採取中繼補給站的功能。
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鄭經統治澎湖時間最久，因此其與澎湖軍事關係最為密切，此時的澎湖軍事地位主要是建立於四次戰爭中，並以
康熙三年為澎湖軍事地位的轉換點。一是鄭經以澎湖為基地打敗鄭襲，取得領導權，鄭成功過世後，鄭襲即以其親信蔡應清、曹從龍、張驥等人，密謀打算取代鄭經的領導者地位。時鄭經駐守廈門與李率泰和耿繼茂對抗，在取得默契後，鄭經從廈門回來停泊於
娘媽宮，後巡視澎湖，並派周全斌駐守
西嶼頭。此後以此地為根據點與鄭襲對抗，後奪回領導權。
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二為隔年金、廈等處被清兵所破，且
盧若騰死於澎湖，因此在洪旭的建議下來到澎湖祭盧。之後又一次的巡視澎湖，確定澎湖為前哨站的地位。時鄭氏僅剩台、澎兩地，因此接受供旭的觀點，認為澎湖是臺灣的門戶，上可通浙江、遼東、日本，下可達廣東、交阯等處，應嚴加防守。而在
娘媽宮設立營壘，並設砲臺，派薛進思、戴捷、林陞三人，每四個月輪調一次。
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三是
康熙4年傳施琅將攻臺、澎，鄭經在收到消息後，派顏望忠守備澎湖，並令洪旭抽調各鎮屯田者十分之三，及勇衛侍衛各半旅，總數約一萬多人，及大火貢船二十隻、烏船、
趕繒船各十艘到澎湖成防。顏到澎後修復
娘媽宮的砲臺準備迎擊。後因施琅大軍被風吹散，而告結束，將兵調回臺灣。隔年澎湖撒兵只留一鎮。
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四為
康熙12年（1673）三藩叛清，耿精忠想聯合鄭經出兵中原，鄭經答應聲援耿精思，並召兵修船，停泊於澎湖以等候耿精忠，結果耿變卦而終。綜觀鄭經時期的澎湖重要性在於其做為臺灣門戶的前哨站，所以鄭經對於澎湖的防守是採有事則防，無事則歸。大軍駐防澎湖皆是在軍事衝突一起時，為防台南受到直接攻擊而派兵，但平時並無常駐性的駐防。究其緣由乃在於澎湖無法實行屯田制，以及調撥兵員至澎湖也會影響臺灣成防。
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伴隨大航海時代的來臨，西方各國在17世紀初期，經由東西兩方航路進入東亞海域，荷屬東印度公司前後兩次入侵並軍事佔領澎湖的紀錄，雖然先後被沈有容及南居益給驅逐，但澎湖的軍事重要性又再次的突顯出來，明廷以增兵與築城的方式來守備澎湖，以減少國家來自東南海域的壓力。
明鄭時期澎湖更是反清復明的前哨站，
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文字引用｜湖西鄉志（上冊）
知識建檔｜2026-05-30。知識更新｜2026-09-17
