澎湖地區因為地勢平坦，所以全年的
降雨量非常少，平均年
雨量只有一八〇公厘左右，是全台灣省
降雨量最少的地方，澎湖人也因此飽受缺水之苦。
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菜園里得天獨厚的擁有一片飽含水份的土地，使得里民缺水情事比其他鄉里減緩許多，而且水質甘美，所以一直是軍方的水源保護區。
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在
菜園里，除了各式水井（灌溉井、飲用井、私人井、古井）外，水源還包涵了三條大水溝，一條在現在的
師部（
雙湖園）附近流到
漁塭。一條是從
將軍廟前的水井旁流向大海。第三條則是從
菜園里的入口沿著往
東安宮廟旁的馬路流向大海。這三條大水溝的水都是自然形成的，雖然通常只是用來洗滌而非飲用，但是水質一樣清澈見底。
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廟旁的馬路原本是一條溝渠，平常是用來步行之用，下雨過後則是「人水同流」，這種情形大概維持到
日據時代，為了方便行走才把馬路慢慢的填高起來，免去涉水的不便。現在這條水渠雖然上面已修成馬路，但是路面下仍然保持通暢，並沒有掩埋掉。
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將軍廟前的水井旁的那條溝渠順著地勢經過社區再流入大海，到了
民國81年左右用水泥加蓋（但是也沒有掩埋），避免水質污染以及下雨帶來的擾人蛙群。由於溝水不斷的沖激，在石敢當附近形成一個大窟窿，當時大家都暱稱那個地方爲「大窟腳溝」，水窟旁有突起的石頭做天然的洗衣板，每天早晨六、七點一過，家庭主婦們忙完早餐就會到這裡聚集清洗衣物，三、五成群的東南西北的閒話家常，好不熱鬧。如果剛下過雨，水流會變的比較深，在下游的地方就會看到媽媽拉著自家的孩子在那裏洗澡。在當時水源珍貴，所以孩子們比較少洗澡，大多是擦拭一番就算洗澡。男孩子好動所以身上難免會堆積一些塵垢，又沒有香皂等清潔用品，只用一塊類似石頭或是
絲瓜布之類的刷子在孩子身上猛力搓揉。一到洗澡時就是「哀號遍野」，，每個孩子都視洗澡爲畏途，但是也留下許多童年有趣的記憶。
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在
師部附近的大溝，流出來的水是軍區使用的飲用水，水質特別清澈甘美，常有人在半夜時候不畏辛勞的來排隊取用，動作太慢還會碰上無水可提的情形，而且因爲接近軍區還要非常注意自身的安全。
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菜園里所以名為
菜園，顧名思意的知道種了相當多的
農作物，菜圃自然很多，因此灌用水是非常重要的。每戶種植的面積都很廣闊，所以時間、體力都不允許從遠處挑水來澆灌，爲了克服用水問題，幾乎每塊田地都有一個「
畚箕井」，「
畚箕井」外觀類似匏瓜所以又名「匏（木戲）井」，這類水井都不深，井內有階梯直達井底。如果遇到下雨，伸手就可以舀到水，不然就要擔著水桶走到井底舀水。在田裡也可以看到大小不一的桶子，都是爲了承接雨水用的，因爲在沒有自來水的年代裡，每一滴水都是珍貴的。匏樴井隨著經濟的發達以及馬達使用的普及，在60年代就開始慢慢被淘汰了，到目前已經完全看不到它的蹤跡了。
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菜園，從
日據時代就是海軍
水源地，日軍獨具慧眼的看出
菜園富涵豐富的水源，當時海軍是日軍的戰鬥主力，日本政府對他們的照顧也相當周全，不惜大興土木的在
獅山上建立
蓄水池。當時
蓄水池的水是抽取「
港仔川」的水，輸送到
蓄水池，經過過濾再送到海軍軍區使用。日軍在
菜園雖然有建設，但是也有破壞，有些破壞還是不可復原的。
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社里內的大小水井，經過訪察發現約有28口，其中包括不少私人井。這些井的開控時間大部份都是在
民國40年左右。因爲當時農民申請開挖灌溉井，不論是新開挖或者是把原來的井挖深都可以申請補助，只是補助的金額有所不同。
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菜園里內有七口所謂的古井（大約有百年左右的歷史），開挖的年代最早的遠在明、清時代。這些古井包括：
將軍廟旁、石敢當前面的廢耕田內、飛彈營旁邊、
東安宮廟後（41號房子東邊）、三房井、
菜宅內、八角井。這些水井都是供應里民的飲用水，由於
菜園含有充份的水源，因此這些古井的深度都不深。在自來水還沒有普及以前，里內的大人、小孩都有擔水的經驗，打水是有技巧的，如何把水桶每次都裝滿，才能省時又省力，打水技巧不佳在當時可是會被人取笑的。古井的出水量雖然不多，卻也從來沒有乾涸過，據當地里民表示這些井內都有一個「泉洞」，如果水量變少就表示「泉洞」被堵塞，只要爬到井底把洞孔清理一番，水源自然就會源源流出。其中水質最為甘美的應屬
東安宮後面以及
將軍廟旁邊的古井，這兩口古井的水到目前都還在使用，最值得一提的是：
東安宮每年都會舉辦取甘露水的活動，取水的地點需要經過神明指示，雖然選取的古井常有變更，但都是這兩口古井在輪流，由此可見其水質的純淨甘甜的程度。
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除了古井以外還有大約21口私井，都是在
民國40年左右陸續開挖的。開挖水井並不是一項簡單的工作，首先要勘察地形尋找水源（都在地勢比較低的地方），否則費了很多功夫，好不容易才挖好的井卻沒有水，這可是很嘔人的。（在3號和4號民宅中間就有一口不出水的水井）。找到適當的地點，清理掉範圍內的風化石（俗稱磐），再以十字鎬向下挖掘，等挖到石塊的地層要改用特製的工具來挖（工具是以鋼筋製成，一頭打成扁平狀、另一頭則成尖狀，專門用來挖掘石地），一直挖到見水才停止。剛開始流出的水都很混濁，所以都讓左右鄰居拿去澆菜，如果沒有人來提取，主人就要自己清理，把水舀出來倒掉直到水變清澈為止。整個鑿井的過程大約費時一個月左右，水井的深度一般都在3米左右，最深的也不過在6米。
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這些井大部份都是私人井，有的用來飲用、有的用來灌溉，在眾多的私井中有兩口最具特色：一個是在50號（黃降納先生）的房子旁邊，另外一個則在43號（黃清活先生）的房子旁邊。這兩口水井水源都不虞匱乏，但是不能飲用，因為水質很鹹，鹹到難以入口，里民稱這兩口井爲「鹹井仔」。除了這兩口井以外，靠近海邊的井水也都會略帶些鹹味。有鹹井當然也就有水質特別好的井水，除了
將軍廟和
東安宮廟旁的兩口井之外。還有一個頗富盛名的「
鴉片井」（
鴉片井地位置在現在的
師部裡面）。據說這口井的水可以拿來製豆腐和抽鴉片，一般拿來製作豆腐和抽鴉片的水質要特別好（就是所謂的軟水）。
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水井一直是
菜園賴以爲生的水源，里民對井除了依賴之外，還多了一份感謝的心，直到了
民國60年左右開始舖設管線供應自来水以後，水井才慢慢的功成身退。到現在水井的功用除了灌溉和洗滌外，已經不太受重視了，但是老一輩的長者對於水井總是保有深厚的情感，因為水井是蘊育他們成長的重要源頭，在這裡發生的種種記憶，仍是他們津津樂道的。
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菜園里得天獨厚的擁有充分的水源，澎湖其他地方就沒有這麼幸運了，所有的水源都要仰賴水庫供應。
馬公市的水源包括：
興仁水庫、
成功水庫、
東衛水庫還有
赤崁地下水庫和
海水淡化廠。其中的
興仁水庫，雖然名爲
興仁水庫，其實整個用地都在
菜園里境內，位於「
江（港）仔川」，也就是
雙湖園的南端，
興仁里雙港仔的外側，蓄水總容量約爲六十八萬立方公尺。
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文字引用｜菜園社區誌（1999）
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