永曆28年（1674） ， 三藩之亂起， 鄭經率軍西征。至
永曆34年（1680），清軍集中兵力，驅逐鄭軍在福建沿海占領的據點，
海壇、崇武、海澄、廈門、金門等地，均被清軍占領，鄭軍再度退守臺澎；鄭經則於2月29日（3月29日）抵達澎湖，停留數日再往臺灣。鄭經自大陸失敗之後，澎湖並無大軍駐防，僅由董騰、林陞等人輪流防禦。
永曆35年（1681）初，鄭經去世，馮錫範與劉國軒發動政變，擁立鄭克塽。鄭氏內部政情不安，另在清廷遷界令的影響下，物資與財源更顯困難。同年，福建總督姚啟聖，推舉施琅為福建水師提督總兵官。
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率兵攻澎的施琅，出身鄭氏部將，對於澎湖在戰略上的地位有其見解。施琅以澎湖為戰略之關鍵，一旦占有澎湖，即可選擇進一步軍事或是政治上的招撫，對於清廷動員龐大人物力的征臺戰爭，具有緩衝的作用。早在
永曆31年（1667）施琅的〈邊患宜靖疏〉，對於澎湖即有如下之分析：
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蓋澎湖為臺灣四達之咽喉，外衛之藩屏，先取澎湖，勝勢已居其半。是役也，當勦撫並用。舟師進發，若據澎島以扼其吭，大兵壓近，賊膽必寒，遣員先宣朝廷德意。如大勢窮，革心歸命，抑黨羽離叛，望風趨附，則善為渡過安插，可不勞而定。倘執迷不悔，甘自殄絕，乃提師進發，次第攻克，端可鼓收全局矣。
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澎湖四季之風向、潮流等自然環境因素，為清鄭雙方所知悉，偵察敵方所具有的人物力及其戰略，即顯得特別重要。施琅於
永曆35年（1681）冬，曾奏疏以隔年3、4月，乘已減弱之北風攻澎。而該年，鄭氏也已偵知清廷的行動，而有增援澎湖船隻之情形。由於施琅僅為水師提督，與姚啟聖在指揮調度上，意見有所不同，卻難以發揮。
永曆36年3月（
1682年4月），施琅以〈密陳專征疏〉，希望能直接指揮攻臺事宜。同時，施琅再思考攻澎時機，認為春夏之季多為東北風，攻澎艦隊過
西嶼頭，鄭軍布艦於內
外塹與娘
媽宮之間，則清軍將頂著東北風與鄭軍交戰，於風向上大為不利。並強調水道用兵，依賴的是風信潮流，不似陸路可以任意驅使。施琅在「臣日夜磨心熟籌，莫如就夏至南風成信，連旬盛發，從
銅山開駕，順風坐浪，船得聯齊行，兵無暈眩之患，深有得於天時、地利、人和之全備。逆賊縱有狡謀，斯時反居下風下流，賊進不得戰，退步能守。」清廷未同意，仍希望姚、施兩人應協謀合慮。不過，日後施琅攻澎，即是依此構想執行。
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永曆36年5月5日（
1682年6月10日），姚啟聖與施琅率艦隊抵達
銅山，等待攻澎。由於姚啟聖堅持要乘北風攻澎，施琅於6月4日（7月8日），派出23艘
趕繒船前往澎湖偵察。偵察船隊由古雷州開船，5日（9日）未時（下午3-5時）抵達
貓嶼，是夜泊於
花嶼。6日（10日）黎明，經
虎井嶼過獅頭嶼，見鄭軍船艦泊於娘
媽宮。鄭軍見清軍偵察，派出20餘艘
趕繒船追趕，由
西嶼頭出洋，另有
八罩島鄭軍船艦10餘艘由南面而來。偵察船隊恐寡不敵眾，於未時（下午3-5時）返回。
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同年6月28日，施琅接獲通報，駐澎湖鄭軍柳勝、林斗，搭乘杉板頭船向清軍投誠。據其供稱，澎湖有新舊船、鳥船、趕繒、雙帆艍船等共約120艘。鄭軍約4千多人，其家眷約2千人，另有無眷屬的依附民眾。鄭軍軍心已有所動搖，私下流傳，清軍如到澎湖，鄭軍將隨即瓦解；另有軍官密謀，趁出娘
媽宮出海操練時，駕船叛逃，因密謀被察覺，導致9人被殺。此外，鄭軍因探知清軍已撤出
銅山，局勢稍緩，故又調2千餘人回臺耕種，只留4千多人駐防澎湖，劉國軒也回到臺灣。
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10月（
1682年11月），康熙皇帝令「施琅相機自行進剿」，賦予施琅專征之權，以解決出兵時間問題。115施琅於11月初（12月）率艦隊來到興化的平海，並擬由此出發，順風直抵澎湖。此時，清軍之陣容，官兵合計2萬1千多人，船艦有大鳥船70艘、
趕繒船103艘、雙帆艍船65艘，合計238艘。116施琅在平海操演艦隊，以等待風候適宜。12月（
1683年1月）下旬，施琅兩次開駕欲往澎湖，都因風向改變而作罷。
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至
永曆37年1月（
1683年2月）初，有鄭軍澎湖守將劉秉忠，自澎湖攜眷82人，駕1艘雙帆艍船叛逃廈門。據其供稱，再次證實澎湖鄭軍在得知清軍撤出
銅山後，已減少防禦兵力，且人心思危。而劉國軒在回臺後，將澎湖交由林陞、江欽、陳諒等人扼守。然而，對此情勢，姚啟聖與施琅卻又有不同的見解。姚啟聖認為鄭軍無法長期備戰，如派
趕繒船60艘，封鎖澎湖，鄭軍自然困疲，剿撫皆宜。施琅則認為，水師齊聚操練，應一鼓作氣，不應觀望鬆懈。臺灣及澎湖則陸續有兵、民投誠清廷，1月底，有總理李瑞與士兵21人，奪取民船一艘，逃離澎湖；3月中旬，又有民人許六、吳阿三，攜眷19人，以漁船逃離澎湖。
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清鄭雙方除了軍事上的準備之外，政治談判並未中斷。先是
永曆36年5月（
1682年6月），姚啟聖派革職副將黃朝用寫信給劉國軒。至8月，劉國軒派黃學、蔡猷雄面見姚啟聖，希望能照琉球、高麗之例，稱臣納貢，而無須削髮，清廷也不派兵駐守。然清廷認為鄭氏均來自大陸內地，豈能比照外國，無法接受鄭氏條件。120姚啟聖再派黃朝用隨黃學回臺，以瞭解鄭氏談和之用意。隔年，劉國軒再派黃學、林珩赴大陸，然因雙方已積極備戰，談判並無結果。
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永曆37年4、5月（
1683年5、6月；
康熙22年）間，劉國軒已得知，施琅將乘南風攻擊澎湖，更加確定澎湖將為戰場，乃在澎湖積極備戰。以水師鎮林亮督修，將洋船改為戰船，文武官員的私船，盡其所能地整修，以調集澎湖。大小砲船、鳥船、
趕繒船、洋船、雙帆艍船，合計200餘艘。在臺灣精選善戰不懼死者，抽調民丁為兵，調集2萬多人。官兵眷屬聚於紅毛、赤嵌城，以期官兵能堅定作戰，無叛逃之虞。劉國軒由臺灣親自統率來澎，駐紮於媽祖宮，搭乘快哨船巡視澎湖各嶼，以安排澎湖的軍事部屬。在砲座的布置上，計有娘
媽宮嶼頭上下增築砲城2座、
風櫃尾砲城1座、四角山砲城1座、雞籠山砲城1座、東西嵵1列砲臺4座、
西嶼內
外塹1列砲臺4座、
牛心灣山頭頂砲臺1座，其形勢以扼住
馬公港，以防大船進入。其他沿岸，如小船可以登陸者，則建造短牆，設置腰銃，長達20餘里；
八罩、水按（垵）澳等地，有礁石沙線、四面受風，均不布防。
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在指揮上，以劉國軒為正總督，節制水陸諸軍，並以征北將軍曾瑞、定北將軍王順2人為其副總督。以援勦左鎮陳諒為右先鋒鎮，各嶼陸路諸師歸其提調。以右武衛林陞為水師總提調，左虎衛江欽副之。宣毅左鎮邱煇、援勦後鎮陳
啟明2人為先鋒。
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6月14日（7月8日）辰時（上午9-11時），清艦隊由
銅山出發，駛往澎湖。施琅為觀察作戰時各船艦的進退，以明分賞罰，要求大小戰船均在風帆上書寫領船軍官姓名。15日（9日）申時（下午5-7時），抵達
貓嶼、
花嶼，鄭軍巡哨船隻數十隻，見清軍艦隊來到即往澎湖撤離。因時值天晚，清軍艦隊泊於
八罩水垵澳，派官員乘小哨船到將軍、
南大嶼等島嶼，安撫島上居民。16日（10日）早晨，清艦隊往澎湖進攻，而鄭軍船艦已列隊迎戰。施琅派出先鋒出擊，先為7艘鳥船衝入鄭軍船隊，將鄭軍砲船2艘、
趕繒船6艘，船上人員斬殺；另由5艘鳥船，以砲火攻擊，擊沈鄭軍鳥船1艘、
趕繒船2艘。由於時值南潮，前鋒數艘船被潮流推進鄭軍砲城附近，鄭軍船艦發動包圍。施琅為救前鋒船艦，以其座艦衝入，救出數艘船。此次接戰，施琅眼睛被銃擊傷，而指揮鄭軍水師的林陞，則受重傷被載往臺灣；鄭軍戰死、溺斃約2千餘人。由於，作戰至此時天色將晚，施琅收隊泊於
西嶼頭洋面過夜。
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17日（11日）早，施琅集結艦隊於
八罩水垵澳，查明功過以賞罰官兵。隔天，進占
虎井、
桶盤嶼。19日（13日），施琅乘小
趕繒船至澎湖內
外塹、
嵵內，以觀察作戰形勢。20、21日（15、16日），採取「老弱驕兵」之計，以趕繒、雙帆艍船分兩批，佯裝攻擊內
外塹、
嵵內，以轉移鄭軍戰力。
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經數日停戰，至22日（17日），施琅再命清軍全面進攻。清軍艦隊分為中、東、西三路。中路為大鳥船56艘，再分為8股，每股7艘，施琅坐鎮其中1股，以娘
媽宮為目標；東路以趕繒、雙帆艍船50艘為一股，由
嵵內直入
雞籠嶼、四角山，以作為奇兵夾攻之用；西路同以趕繒、雙帆艍船50艘為一股，從
內塹進入
牛心灣，作為疑兵牽制之用；此外，中路另有80餘艘作為後援之用。交戰時間由辰時至申時（上午9時至下午7時），雙方以火砲相互射擊，砲彈如雨下，硝煙蔽天。清軍以火桶、火罐（左側為石部），焚燬鄭軍大砲船18艘、擊沈8艘，焚燬大鳥船36艘、
趕繒船67艘、洋船改戰船5艘；另外，乘著風勢以火船燒毀鳥船1艘、
趕繒船2艘。鄭軍見形勢不利，自行以火藥炸沈、焚燬者，計有砲船9艘、鳥船13艘；或棄船跳水逃生，所遺留者，計有鳥船2艘、
趕繒船8艘、雙帆艍船25艘。另有鄭軍小砲船3艘、小鳥船2艘、
趕繒船11艘、雙帆艍船15艘，往北由
吼門逃脫；劉國軒在得知戰敗後，亦由
吼門逃離。因時值黃昏，清軍未再追擊，戰役至此結束。
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此次戰役，鄭軍征北將軍曾瑞、定北將軍王順、左虎衛江勝、宣毅左鎮邱煇、援勦後鎮陳
啟明等軍官均戰死，共47人；低階職務者，約300多人死亡；士兵船員被殺、自焚、跳水溺斃者，達1萬2千多人。投降者，高低階文武官員165人、士兵4，853人。清軍方面，死亡者329人，傷者1千8百多人，多是遭鄭軍火砲攻擊所致。所擄獲之武器，如紅衣大砲12門，每門重達4、5千斤；鉎銕大砲2門，每門重達7千多斤。
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在戰後的善後方面，因清軍被砲擊損壞之船艦甚多，施琅命較小且受損較輕之船隻，載送被砲擊傷之官兵回廈門調養；船隻在廈門修理後，再載送柴米、火藥、弓矢返回澎湖。嚴重毀損之鳥船，則泊於澎湖，等待福建方面將修理所需之物料運來。由於鄭氏仍在臺灣，施琅同時在澎湖布防，以做征臺之準備。128同年閏6月4日（
1683年7月27日），施琅發布「曉諭澎湖安民告示」，全文如下：
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太子少保提督福建水師總兵官右都督伯施，為曉諭事：照得澎湖各島，地屬荒區，民實窮苦；兼之逆賊蹂躪多年。今幸大師蕩平，此日王土、王民，悉隸版圖，宜加軫卹，以培生機，合就示諭。為此示仰該地方居民人等知悉：爾等既脫邪氛，咸登樂土，各宜安意生業，耕漁是事。本提督憫念疲瘵之餘，當為蠲三年徭稅差役，遂其培養也。特示！
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閏6月8日（
1683年7月31日），鄭克塽與劉國軒，派禮官鄭平英、賓客司林惟榮等人，至澎湖向施琅遞交降表。鄭氏希望仍留居臺灣，為施琅所拒絕。由於已取得軍事之優勢，施琅立場強硬，要求如有誠意，真正掌大權的劉國軒與馮錫範，應親自到澎湖請降，將人民土地歸入大清版圖，官兵遵制削髮，隨清廷安置於大陸。鄭氏至此已知無轉寰餘地，派馮錫珪、工官陳夢煒、劉國軒胞弟劉國昌、馮錫範胞弟馮錫韓等人，於7月15日（9月5日）抵澎，遞送降書，願接受施琅所述之條件。施琅先派人至臺灣，查看官兵是否髮，以確認有投降之意；鄭克塽則派人遞送官員印信、簿冊給施琅。8月11日（10月1日），施琅命令澎湖留守3千人、船30餘艘，其餘則由其率領離開澎湖，航向臺灣。兩天後，施琅來到鹿耳門，鄭克塽派小船接引清軍入港，劉國軒、馮錫範等文武官員列隊迎接，鄭氏立足臺澎之局面至此告終。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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