天啟3年12月20日（
1624年2月8日），王夢熊率艦隊四、五十艘，抵達澎湖洋面。82明軍登陸
鎮海港（今
白沙鄉鎮海村），並構築一石造營寨，即
鎮海營。
天啟4年1月2日（2月20日），雷爾生發信向巴達維亞城總督卡本特要求增兵援助，並認為澎湖的資源不佳，又要花費大量軍費，對於繼續占有澎湖表示懷疑。總督決定派出宋克（Martinus Sonck）接替雷爾生的任務，宋克於5月7日（6月22日）出發前往澎湖，隨同出發的還有出使巴城的陳士瑛、黃合興。卡本特低估明軍陣容，在荷方能集結足夠的兵力之前，希望宋克採取拖延戰術，要堅持先開貿易再談撤離澎湖問題。
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明軍登陸之後，即以
鎮海營為據點數次出擊荷蘭人，使其退守
風櫃尾。南居益再派援軍，由都司顧思忠統領至
鎮海港會合。荷蘭人退守城堡，一時無法使其屈服，南居益為避免師老財匱之虞，會同漳泉兩道督發第三次的援軍，
天啟4年5月7日（
1624年6月22日），副將俞咨皋、游擊劉應龍抵達澎湖。5月28日（7月13日），巡海道孫國禎、游擊劉應龍、彭湖把總洪際元、洪應斗，駕船至娘
媽宮前，勘查荷蘭城堡之地勢，發現
風櫃三面臨海一面為陸地，荷人於陸地掘斷深溝，海上則舟艦列守，決定採取「宜先攻舟後攻城，舟不可泊，城必不能守」之戰略。6月15日（7月29日），誓師進攻。荷蘭人唯恐所俘虜的中國人成為內應，乃將俘虜盡數釋放。陸路方面，王夢熊直趨
中墩（
白沙鄉中屯村）紮營，南居益令火砲登陸接應，使王夢熊能以火砲轟擊荷城。海路方面，把總洪際元等人將兵船集結於
鎮海港營地前方海域，候風與陸路同時進擊。
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6月20日（8月3日），宋克抵達澎湖，發現明軍陣容超乎其預估，估計高達一萬人，戰船、火船約有兩百艘，而荷方卻只有不到一千人。85宋克已認知中國對於收回澎湖之決心，他信告巴城總督，城堡將無法抵擋攻擊，荷艦也無法避免火船的包圍。86至7月2日（8月15日），荷人遣使至
鎮海營交涉，孫國禎、劉應龍要求荷人盡速撤離還地，態度堅決，已無協調之餘地。3日（16日），明軍逼近荷城，並改由三路推進。
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7月4日（8月17日），中國海商李旦來到澎湖，告訴荷人願居中斡旋。荷人告訴李旦，如中國能答應與荷蘭貿易，並禁止與其敵國貿易，就願意撤出澎湖。李旦認為要中國與荷蘭互市，應該可行，但要中國放棄其他地方的貿易，以當前兵戎相見的情勢恐難成功。荷人為使談判能成，即不再堅持此點。5日（18日），澎湖評議會決定退出澎湖，其考量原因包括：兵力不足以防禦；占有澎湖已成為無法在中國貿易的主因；澎湖缺乏天然資源，臺灣土地肥沃，淡水供應充足；如撤出澎湖後，中國失信不互市，仍可再攻占澎湖。
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不過，荷方想在撤出前得到中方有關互市的承諾，9日（22日）由李旦前往與俞咨皋交涉，傳達荷人的意向並詢問其權責。李旦於中午自廈門帶回總兵謝隆儀給荷方的信，信中表示前往澎湖的官員，擁有明廷完全的授權，荷方與其簽訂的協議中方將會承認。10日（23日），澎湖明軍告訴荷人，如拆城放棄澎湖，不再侵犯中國沿海，即可以開啟貿易。11日（24日），雙方達成協議，荷人必須於20天內拆毀城堡，離開澎湖到臺灣，中國則派商船到臺灣與荷蘭互市。13日（26日），荷蘭人開始拆城，並將庫存糧食搬運上船。不過，荷人並未拆盡，城堡東門樓的高文律舊有居所仍然保留。等到28日（9月10日），王夢熊抵達之後，才完全拆除。同為當日，即
天啟4年7月28日（
1624年9月10日），荷人全部撤出澎湖，以13艘船航向臺灣。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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