花嶼之名稱，高拱乾的《臺灣府志》記載：「轉而南，則
花嶼也，草嶼也。（二嶼相連，澎山無草木，二嶼頗有，故以花、草名。）」可知其名為先民渡海來臺時，見澎湖諸島荒蕪，僅有
花嶼稍具綠意，因依相貌稱之。
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在十八世紀中末葉，澎湖共有75社，其中的
大嶼、
東吉嶼、
西吉嶼、
東嶼坪嶼、
西嶼坪嶼及
花嶼在當時屬禁地的六島，未有居民居住其中。故在清領晚期
林豪的《
澎湖廳志》中，才有
花嶼聚落的相關記載。由《
澎湖廳志》記載可知，即本村於
清領時期歸屬於
水垵澳，並以
花嶼為社名。
日治時期稱為
水垵澳花嶼鄉，隸屬網垵澳務署管轄，之後行政區域屢有變動。戰後
民國35年（1946）改稱為望安鄉
花嶼村迄今。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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花嶼村由王、陳、蔡、伍、劉、董、顏、張、李諸姓組成，以王、陳、伍繁衍較多，為主姓。其中，王、陳、蔡、伍、劉，由
水垵村，徙來；董、顏由
中社村，徙來；張姓由
八罩島（七美鄉），徙來；李姓係由中社，徙來。
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村落以宮口路為界，以東稱為「頭東」，以西稱為「頭西」；惟年輕輩，皆稱「頭東」為「東寮」，「頭西」為「西寮」。
日本時代、昭和時期，全村共有三合院古厝和樓仔厝92間；其中，伍姓24間，皆居於頭東；王姓20間，分居頭東10間、頭西10間；陳姓20間，亦分居頭東6間、頭西14間；蔡姓9間、劉姓8間、董姓8間、張姓1間，皆居於頭西；顏姓2間，頭東、頭西各1間。
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資訊來源｜望安鄉志
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