澎湖首次戰略轉變「防閩」
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1664至
1681年（
永曆18／康熙3至
永曆35／康熙20）是鄭經治理臺灣階段，首先他把東都改稱東寧，並撤銷縣的層級，改稱為天興州、萬年州。此外還添設南、北路與澎湖安撫司各一，分掌墾務。不過
1661年（順治18）清廷開始實施遷界，
1664年（康熙3）鄭經退守臺灣，鄭氏對大陸的貿易悉數中斷。
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所謂「遷界」，濫觴於
1653年（順治10）給事中王命岳（
1608-
1667）上「靖海」二疏，內容提到為了打擊鄭氏，除了嚴禁沿海之人，接濟米穀給鄭氏之外，還包括禁止油、麻、釘鐵、火柴、松楸（樹酯），此為清初學習
明代海禁最早的記錄。可是清廷雖嚴防沿海百姓與鄭氏接觸，但防不勝防。
1656年（順治13）戶科給事中王益朋，上疏建議將沿海百姓命令搬移內地，這是清初最早「內徙」沿海人民的記錄。然王益朋的疏言，牽涉範圍過廣，清廷沒有立刻准行。直到同年原鄭氏降將黃梧，提出「平海五策」，其中二款─內徙沿海人民、寸板不許下水杜其接濟，清廷才開始深思此策略。由於黃梧是鄭成功的舊部，所以他提出的建言極具參考價值，清廷立刻命令兵部尚書蘇納海
（？-1666）南下勘查。
1659年（順治16）鄭成功北伐南京大敗而歸，
1661年（順治18）鄭成功率師東渡臺灣，故清廷認為時機已經成熟，遂開始實施遷界。
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遷界實施的地區。當時沿海除了關外、直隸之外，山東、江蘇、浙江、福建、廣東5省沿海全屬遷界範圍。不過「內徙」海岸線的距離，各省、各地很不相同。有謂內徙2至3里（清代1里0.576公里／1.152至1.728公里），或3至5里（1.728至2.88公里），也有謂內徙30至40里（17.28至23.04公里）。大抵山東、江蘇距離臺灣較遠，明鄭船隻不易到達，內徙距離較短。可是浙江、福建、廣東距離臺灣較近，內徙距離就很長。179遷界的慘狀可以從《臺灣鄭氏始末》觀之，內容云：「盡驅沿海居民入內地，築牆為界；縱軍事大淫掠，殺人山積，海水殷然。」
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鄭經為了要突破清廷的封鎖，必須要以走私貿易加以因應。當時有三種方式：其一，在廣東省潮州府潮陽縣達濠港。該港被當地豪強邱煇盤踞，他暗中接受鄭經策封「義武鎮」頭銜，專門從事走私、偷渡的任務。其勢力之大，清朝駐防當地的文、武官員不敢聞問。重要的是達濠在
南澳島附近，此地早有一條航線，直接從
南澳開航至澎湖。因此澎湖從以往臺、閩中繼站，也可以做為臺、粵中繼站。其二，利用葡萄牙殖民的澳門進行轉運也是一個方法。不過
1665年（康熙4）清廷才「恩准」澳門免遷，當時從澳門出發航線有4條，一為澳門—馬尼拉航線、二為澳門—帝汶航線、三為澳門—印度支那航線、四為澳門—爪哇航線。
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其三暗自走私突破封鎖，更是鄭經出奇不意的策略。當時的走私口岸有二─江蘇省長江出海口的沙洲崇明島，以及浙江省外海舟山羣島的普陀山。184崇明島本身就是江蘇海商突破遷界下海的泊地，鄭氏只不過利用此一形勢創造走私機會。可是普陀山就需要注意，根據英屬東印東公司報告披露，
1670年（
永曆24）鄭經密送許多人至普陀島居住（私商或間諜），此地可能已經脫離清廷控制。
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鄭經已經把所有軍隊撤往臺灣，澎湖就變成抵禦閩粵清軍與荷軍前哨。從明末萬曆以來，澎湖的戰略地理是「閩澎」架構，目的為福建海防東陲。積極面來看有「防臺」意味，特別是征剿窩藏在臺灣海盜。可是到了鄭經時期，澎湖被鄭氏控制，它的戰略架構變成「澎臺」，成為臺灣海防西陲。荷蘭與清軍相當了解澎湖重要性，分別在這個群島做出不等情報蒐集。
1664年1月1日荷軍指揮官BalthasarBort率艦隊來到澎湖，曾與鄭氏駐軍有過小衝突，並且焚燒媽祖宮，13日離開澎湖前往安平外海。最重要的是Bort繪出當時駐澎鄭軍的部署。
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事實上鄭氏臺澎軍事部署還有一張地圖—
1665年（
永曆19／康熙4）《臺灣軍備圖》。本圖由來根據考證，應與
1665年10月（
康熙4年9月）鄭氏駐防澎湖2位將領—都督朱瑛、總兵張朝洪率領麾下25艘戰船降清有關。當時浙江總督趙廷臣
（？-1669）、浙江提督哈拉庫，詢問朱瑛等臺灣屯駐官兵情形，以及更改城鎮名稱等事，朱瑛等「逐一陳告」外，趙廷臣並著「朱瑛繪圖觀之」。爾後趙廷臣、哈拉庫把地圖連同題本送往北京，得到的批示為「著兵部知道、留圖朕覽」。朱瑛原本駐守澎湖，因此
澎湖群島在他的繪圖中，就出現7處地方—八斗（
八罩島／澎湖縣
望安鄉）、將軍帽（
將軍澳嶼／
望安鄉將軍村）、崎山（
大嶼／
七美鄉東湖村大崎）、甘吉（
東吉嶼／
望安鄉東吉村）、澎湖山（
馬公本島）、
虎井（虎井嶼 虎井里）（
虎井嶼／
馬公市虎井里）、凹裡（
桶盤嶼／
馬公市桶盤里）。不過再根據新的研究成果顯示，本圖雖是
1665年（康熙4）繪製，但地圖內容呈現鄭氏軍隊部署為
1664年（康熙3）。重點是本圖除了漢文繪圖原圖，送至北京也重繪並翻譯成滿文版地圖。地圖中呈現「軍備」完全是以臺灣本島為主，因此鄭經麾下軍隊組成3個來源即是關鍵。
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其一，接收父親鄭成功軍隊。鄭成功的軍隊有三大編制—五軍戎政與五軍戎務、親軍系統、非親軍系統。五軍戎務與五軍戎政方面，
1655年（
永曆9）始在浙江舟山群島設立五軍戎政，隔年在金門、廈門設立五軍戎務。不管是「戎政」還是「戎務」，都是當地駐防最高將領，以下分設前、中、後、左、右提督，任務專職守備，較少出調至外地作戰。
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親軍系統方面，
1647年（永曆元）鄭成功最早在
南澳招兵時，先成立親丁鎮。
1652（
永曆6）漳州府城之戰，親丁鎮全軍覆沒，該部即廢編。
1654年（
永曆8）鄭成功擴大親軍編制，又成立左右武衛、左右虎衛4鎮。
1656年（
永曆10）成立戎旗鎮。另外親軍也統轄一些較為特殊的部隊，如使用火炮的神威營，使用火槍的神機營，攻城戰的火攻營，騎兵組成的驍翊營、隨征營。
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非親軍系統方面，仍以鎮為單位。各鎮設鎮將1人，下轄旗鼓、領兵、坐營等參謀人員若干人。191雖然他們不是「嫡系」部隊，但編制龐大，員額人數最多。如果以
1662年（
永曆16）鄭成功去世前後為例，當時各部名稱可考有先鋒鎮、前鋒鎮、中衝鎮、中權鎮、左衝鎮、右衝鎮、後衝鎮、宣毅鎮、援剿鎮、殿兵鎮、游兵鎮、英兵鎮、正兵鎮、奇兵鎮、信武鎮。
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其二，鄭經在臺灣新改的編制。親軍系統上，鄭經模仿明崇禎時代的京師勇衛營，新成立侍衛鎮、勇衛鎮，位階高於先前的左右武衛、左右虎衛四鎮。值得一提的是從鄭成功來臺灣以後，鄭氏的部隊一直有外國人組成的「傭兵」。他們名為「護衛鎮」，成員都是收編荷蘭人的黑奴，而且全部操作火鎗。不過自
1664年（
永曆18）鄭經退守臺灣後，大部分鄭氏的軍隊都投入屯墾的工作。除了留下黑人組成的護衛鎮，駐守安平城內；左、右先鋒駐守安平城外；勇衛、侍衛、左武衛、左虎衛、右虎衛五鎮駐守承天府。
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其三，鄭經參加三藩之亂在閩粵的編制。鄭經在福建一時的勝利，使得兵源快速增加，故麾下有再整編的必要。首先在漳、泉二府新募之兵，都編入新成立的戎旗一、二、三、四、五鎮。漳、泉、潮三府原清軍或耿精忠的降部，則編入已經撤除許久的左、右、前三提督，以及二十八宿編制的亢宿鎮、尾宿鎮、女宿鎮、奎宿鎮、氏宿鎮、井宿鎮、牛宿鎮，加上五行系統的火武鎮、金武鎮、土武鎮、木武鎮，最後是五常系統的信武鎮、仁武鎮。
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鄭氏在澎湖的駐軍，最早是
1661年4月（
永曆15年3月）鄭成功東征臺灣，當時他命令武衛周全斌、何義、陳蟒、提督馬信、鎮將楊富、蕭拱宸、黃昭、吳豪等做首程先行，令守澎湖，遊擊洪暄擔任引港。之後各船齊到澎湖，鄭成功紮營內嶼（
媽宮澳），並分將守之曰「此臺灣門戶是矣」。195
1664年（康熙3）鄭經從
銅山島退回臺灣後，採納洪旭建議於澎湖姥祖宮（媽祖宮）左右分營立壘，中置炮臺，命令薛進思、戴捷、林陞守禦，4個月輪防一次。
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鄭經在臺灣整軍經武數年，清廷在長江以南統治局面遇到極大變化，這就是平西王吳三桂（
1612-
1678）、靖南王耿精忠、平南王尚之信（
1636-
1680）發動的戰爭，史稱「三藩之亂」。這場戰火長達8年─1673至
1680（康熙12至20），導因於清廷撤藩而起。戰場擴及清帝國半壁江山，包括：雲南、貴州、四川、廣西、廣東、湖北、湖南、福建、浙江、江西省。戰局發展清廷先敗後勝，而扭轉戰況的關鍵是清軍固守湖北、江西兩省戰略要地。
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1673年8月
（康熙12）耿精忠密差黃鏞前來臺灣，密謀共同出兵反清。鄭經聞訊即在同年11月親往澎湖整頓舟師，準備進發福建。不過12月吳三桂起兵雲南，清廷急欲安撫耿精忠，暫停先前撤藩的命令。耿精忠見狀，遂按兵不動，鄭經獲悉後，亦在同月返回臺灣。然而吳三桂與耿精忠依然密信往來，故
1674年4月
（康熙13）耿精忠在福建福州舉兵叛清，並自稱「總統兵馬上將軍」。
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1674年4月
（康熙13）鄭經應耿精忠之邀，從臺灣親自率兵途經澎湖至廈門。此行有侍衛馮錫範、左武衛薛進忠、右武衛劉國軒、兵官陳繩武、吏官洪磊陪同。至於臺灣內部政務，全交由東寧留守總制陳永華負責。
1676年3月
（康熙15）尚之信趁其父病卒，也舉兵叛清，並被吳三桂封為「輔德公」，所謂三藩之亂形勢遂成。然而之後戰事鄭經先勝後敗。
1677年（康熙16）清軍先攻閩西，再從海岸進攻漳泉。鄭經從漳州府城倉皇逃出，抵達海澄時也不願意堅守，直接坐船前往廈門。同年4月鄭氏在福建的敗兵全部逃往廈門，先前在閩所得土地，可謂一夕全部失陷。不過清廷實施遷界已逾十年，沿海根本沒有戰船可供使用，鄭氏部隊還能侷限於各小島、小港負隅奮戰。
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然而從大局來看，戰況逐漸對清廷有利。尤其江南為財富之區，沒有被戰火波及，使得長期消耗戰中，清廷較佔上風。再者，
1677年4月
（康熙16）尚之信也降清，只剩下吳三桂在內陸獨自苦戰。
1678年4月
（康熙17）吳三桂在湖南衡州稱帝，建國號為周，改元為「昭武」。可是同年9月，吳三桂病死於衡州，其孫吳世璠
（？-1681）接帝位，改元「洪化」，「大周」的命運如風中殘燭。
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1679至
1681年（康熙18至20）是鄭經抗清的終期。此時清廷改調江南提督楊捷（
1616-
1690）為福建陸路提督。此外，清廷又開始嚴行遷界的政策。不過考慮到窮苦之人一旦遷徙，必捨棄田舍難以維生。所以將一年的地丁、錢糧、差徭、雜項盡行豁除。清軍水師也在此時重新整頓，首要攻擊目標就是舟山羣島。然舟山失陷後，閩北的屏障僅剩
海壇島。值得注意是清軍水師為何能在短時間復振？原來重用在湖南洞廷湖大破吳三桂水師的萬正色（
1637-
1691），並調此人為福建水師提督。鄭經的部隊僅剩劉國軒在漳州戰場苦撐。
1679年11月
（康熙18）劉國軒以萬餘人，對抗清軍十餘萬之師。由於鄭軍善用火炮，每次轟擊，無不披靡。清軍奪氣，兵不敢出陣。加上劉國軒善用間諜，清軍情形纖悉必知，故清軍仍無法越雷池一步。福建總督姚啟聖（
1624-
1683）認為對付劉國軒只能智取，所以興建「修來館」，招降鄭氏官兵懸以重賞。鄭氏文武官兵降者，一日有數百人之多。但是鄭軍缺乏糧餉，故劉國軒並不禁止麾下前去領賞。因此造就鄭氏部隊中，員弁與兵丁長髮與薙髮的奇怪現象。也因為如此，劉國軒的兵額不因乏餉而短少。
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1680年2月
（康熙19）福建水師提督萬正色率師出福州閩安鎮，大舉進襲
海壇島。雖然鄭氏
海壇守將林陞調撥戰船30艘反擊，但
海壇還是被清軍順利攻克。林陞遂率戰船60艘，退據泉州外港臭塗灣。隔月萬正色再南下追入泉州，並配合陸師攻勢，把鄭氏部隊一舉趕出泉州。此時姚啟聖密書鄭經的親信施亥，想以他做內應生擒鄭經。不料劉國軒及早發覺，通報鄭經先擒斬之。可是這起事件，已讓鄭經膽顫心驚。時值清軍準備進攻金、廈，鄭經旋倉皇奔離，逃往澎湖。在英屬東印度公司記錄中，對鄭氏在廈門的失敗有生動的描述。事實上
1678年（康熙17）劉國軒攻克海澄的成功，讓英國人又抱著一絲希望。但隔年清廷厲行遷界，又讓他們對沿海貿易毫無商機。
1680年3月
（康熙19）鄭經在廈門慘敗前，英國人認為鄭軍還是有抵抗的力量，只是鄭軍內部分派對立，加上少數將領背信、怯懦，才會大局一變不可收拾。
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澎湖在三藩之亂中扮演角色，就是鄭氏軍隊後勤供應處所。
1674年4月
（康熙13）鄭經決定出兵福建，一開始軍餉都是從臺灣送往，澎湖位於臺閩航道中繼，必定是轉運或停歇處所。之後鄭軍連克漳泉，兵將日多、轉運不繼，直接在閩就地徵餉。不過三藩之亂後期，鄭氏戰況不利，所佔漳、泉、潮、惠土地大多失去，就地徵餉肯定會有問題。於是從臺灣途經澎湖運送物資，必定又是重要後勤工作。也因此
1679（康熙18）福建陸路提督楊捷向朝廷密陳平海事宜，就提到可以選任習海之將統率舟師，一軍直取廈門攻其腹心，一軍趨據澎湖「斷其歸路」。然而當時清軍水師還沒有辦法「斷其歸路」，使得鄭部雖新敗於漳泉，還可以把澎湖做為前哨用來騷擾福建沿海。
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1680年12月
（康熙19）福建陸路提督楊捷在檄文中提到，劉國軒又率令戰船80、90隻灣泊澎湖，計畫趁歲末隆冬再次侵擾福建沿海。楊捷提醒沿海守將，勿讓鄭氏與「無賴奸棍」合流，還需做到早晚勤慎瞭望加緊防備，遇有緊急協力夾擊。然而鄭經敗退回臺灣後，喪失志氣並開始寄情於酒色，不理政務。他在洲仔尾（臺南市永康區）建造庭園為居，移諸嬖幸於內，再與文武官將圍射酣樂。
1681年3月
（康熙20）鄭經病逝。此時清廷還沒有時間理會鄭氏的動態，因為大軍正深入雲南與大周政權做最後決戰。
1681年11月
（康熙20）攻入昆明城，吳世璠出降三藩之亂遂平。臺灣在鄭經死後陷入奪權震盪，政變後鄭克塽被擁立。
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文字引用｜增修澎湖縣志（軍事志）
知識建檔｜2026-07-30
