澎湖南海
玄武岩自然保留區全名為：澎湖南海
玄武岩自然保留區（
東吉嶼、
西吉嶼、
頭巾嶼、鐵砧），主要保護對象為
玄武岩地景。在
2008年由
澎湖縣政府依照文化資產保存法第79條及「自然地景指定及廢止辦法」規定指定，由[97.09.23府授農保字第09735010992號函]公告劃設。澎湖南海
玄武岩自然保留區，為首度由縣政府申請提報之自然保留區，深具意義。
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經營管理與相關研究
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經營管理方面，澎湖南海
玄武岩自然保留區的執掌者為
澎湖縣政府農漁局生態保育科，相關管制事項有四，包含一般管制事項、特別管制事項、承載量管制以及其他管制事項，一般管制事項係指「自然保留區禁止改變或破壞其原有自然狀態。為維護自然保留區之原有自然狀態，非經主管機關許可，不得任意進入其區域範圍」，特別管制事項容許其他利用，分別為：1）每年11月至翌年3月紫菜生長期間，漁民得登岸採收紫菜，但不得違反本保留區保護利用管制事項；2）島上居民耕作、放牧牛羊及漁獵在不破壞自然地貌的前提，得允許施作；3）特許外來民眾在
西吉嶼、
東吉嶼保留區內規劃動線上行走。島上居民及擁有土地、地上物所有權人可自由進出；4）保留區內既有設施、建築物、道路及其它公共設施，得以修繕、維護。至於承載量管制則係指「保留區僅供學術研究或教育目的、宣導提出申請進入，
頭巾嶼、鐵砧每日以30人為限，
東吉嶼、
西吉嶼每日以100人為限」。其他管制事項為「其他依野生動物保育法、文化資產保存法及漁業法等之規定事項」。
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整體而言，由於此自然保留區實為阻擋核廢料進駐所劃設，故實際經營管理著力較少，僅以離島建設基金為經費來源，雇員巡守維護，相形之下，反倒是宣示非核家園的意味較為濃厚。深究其實，乃因四個島嶼位處澎湖南海邊陲，而農漁局生態保育科總轄數個自然保護區（分別為澎湖
玄武岩自然保留區、澎湖南海
玄武岩自然保留區、澎湖縣
貓嶼海鳥保護區、澎湖縣
望安島綠蠵龜產卵棲地保護區），人力資源堪屬匱乏，常因鞭長莫及而顯得有心無力。至於週遭海域雖非保留區範疇，惟迭有漁民非法電、毒、炸魚，亦有大陸漁民越界等情事，此為其主要隱憂。
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截至目前，針對澎湖南海
玄武岩自然保留區的相關研究僅有數篇，較屬闕如，例如《
澎南四島及澎湖保護區經營探討管理分析》一文，主要係探討欲成立的
南方四島海洋國家公園，針對澎湖各個現存保護區包含自然保留區，僅止於表面描述，並未深究。另文則進行空缺分析（GapAnalysis）研究，並指出此保留區的數項空缺，包含指標物種空缺、環境保育空缺、經營管理空缺、海防危機空缺。至於針對此保留區進行檢討的研究計畫則指出其壓力威脅所在，計有12項，涵括：1）核廢料掩埋預定地的土地開發壓力與放射線汙染威脅；2）位置遙遠，交通往來時間長，經營管理與執法鞭長莫及；3）羊群對
東吉嶼、
西吉嶼的生物衝擊；4）違法捕魚（電魚、毒魚、炸魚）在部分地區頻仍；5）中國漁船入侵海域，捕捉動物資源（不當漁法、過漁、珊瑚等）；6）海洋垃圾與廢棄物量多，汙染海岸及
潮間帶；7）遊憩壓力為釣客及部分旅遊業者帶團上島至保留區內活動；8）針對保育目標「具有代表性生態體系」的具體內容尚且資料不足；9）南海四島海域的棘冠海星大爆發；10）經營管理人力不足；11）現場工作人員不足；12）行政管理工具未健全。除前述外，由於此保留區尚未擬具保育計畫書，故整體經營管理未臻健全。
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資訊來源｜
望安鄉志
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