此地在
清領時期原屬
媽宮城即敘門外之海岸，
日治時期拆城牆填土築地構建水上警察官吏派出所廳舍，歷經三次修建後如現今模樣；當時附近有
郵便電信局、
大久保百貨、
大阪商船株式會社、往返海軍
馬公要港部船隻碼頭，形成當時
馬公重要的交通節點。台灣光復後成為警察宿舍，
民國95年（2006）修復後改置為「
媽宮警察地方文化館」和「
馬公商港旅遊服務中心」。
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日治
明治28年（1895）日本初領臺灣，臺灣總督府於澎湖設置水上警察署，負責水上警務取締；翌年警察署下設有水上警察分署於
媽宮城南町，
明治31年（1898）改為「水上警察官吏派出所」。不同年代的執勤人員在2-7名之間，執掌工作包含警備、警邏及船舶臨檢；該所還擁有一艘小蒸汽發動的汽船，可以在港區進行巡邏及海上臨檢的工作。管轄區域為
馬公港及澎湖列島一周、
媽宮街內的
小案山、
虎井嶼、
桶盤嶼等地。
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昭和12年（1937）管轄
馬公市南區部分的「
馬公南警察官吏派出所」，俗稱「南署」（今
啟明派出所）與水上派出所同廳舍辦公，派出所在二樓、水上派出所於一樓；此時另有管北區部分俗稱「北署」（今光明派出所）的「
馬公北警察官吏派出所」位於
埔仔尾（今
玉山銀行澎湖分行處）。
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民國37年（1948）3月
馬公警察所改為分局，水上警察官吏派出所改為港口分駐所。
民國56年（1967）港口分駐所裁撤，員警併入
啟明派出所編制。
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水上警察官吏派出所，設於當時
馬公港區第二棧橋（海軍碼頭）西北側，可分為三次不同外觀的建築物。第一代面積較小，是明治33
（1900）首建；7年後於原址前方進行小規模填海工程，重建後其設施更為完整，為第二代建物，有2層的圓柱形觀樓以便觀測船隻出入
馬公港；因建築物的木構體不敵蟻害及氣候潮濕且緊鄰海邊，鹽害、漏雨嚴重，乃於
昭和3年（1928）規劃改建，並於
昭和5年（1930）完成，此為第三代建築物。
昭和6年（1931）4月24日由廳長大竹勇發表「式辭」、
馬公街長
三浦光次發表「祝詞」後正式啟用，外觀如現今模樣。二次戰後，水上派出所成為警察局的警務宿舍，
1970年前後，該處週遭成為
南甲漁民出海捕魚後的交易場所，同時也是漁民眷屬等待漁船返航或休憩的空間。
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建築形式
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第一代的廳舍建地僅6坪而已，面寬5.45公尺、深3.64公尺、高2.7公尺，格局單純方正無隔間，可能面向東方，外觀上和本地傳統民居類似。
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第二代廳舍整體建築由位在西側一棟「四坡頂和洋折衷」建築及其東南側二層樓高的望樓所構成；望樓為圓形平面，有圓拱形屋頂，入口設於東南面，牆開長條型窗戶，具有明顯的洋式風格。
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第三代廳舍整體建築由六角形平面、二層樓高的建築與西、北兩翼所組成，即今之模樣。三角窗一樓主入口處為辦公與對外聯繫的事務室，二樓的辦公廳舍曾由「南署」所使用，西翼為警察宿舍，望樓之屋頂形式與第二代有所差異。
民國40年代有4戶警察家庭居住於此，整個空間機能已由派出所的辦公室、值日室與住宿等多元化空間轉變為單純的住宿空間，目前土地面積有406㎡。
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西側有一防空洞，印證
日治時期澎湖遭受美機轟炸的情況，當
昭和15年（1940）7月1日澎湖曾舉行第一次防空演習，次年2月下令
馬公街各機關都要構築防空洞。當美、日兩國在太平洋各地爭戰時，
馬公市民紛紛「疏開」到鄉下地區以避免砲火波及。澎湖地區的防空洞建築方式大致為半地下化構築，先由地表往下挖掘1公尺的深度，再以磚塊、石頭和混凝土等材料來建構避難空間，也設有2個以上的出入口及通風口，並在上方覆蓋土堆種植草木做為掩護。因防空洞普遍興建，澎湖居民得以藉此庇護，躲避轟炸或掃射。
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資訊來源｜澎湖縣文化資產手冊
知識建檔｜2017-03-06。知識更新｜2024-01-18
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