明治27年（
光緒20年，1894），大清帝國與大日本帝國因為朝鮮問題引發戰爭。翌年4月，日本政府在下關（中國稱為馬關）與清國代表進行戰後協商，然在條約尚未定案前，日本大本營早在3月23日時，已先要求「南方派遣艦隊」進行攻佔澎湖的行動。歷經3日戰爭後，清國軍隊於25日完全撤離澎湖，全澎為日軍「比志島混成枝隊」所佔領，從此澎湖進入「
日本時代」，當時的臺灣仍為清國之領土，下列茲就日本統治
望安地區時期的行政區劃敘述於後。
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（一）澎湖列島行政廳直轄時期
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日軍佔領
媽宮城後，依據日本大本營訓令在澎湖頒佈〈占領地行政條規〉，設置占領地臨時行政事務所，稱為「澎湖列島行政廳」。3月26日，日軍利用清朝澎湖鎮總兵官署為行政廳之廳舍，並將澎湖納入大日本帝國的管轄區，由預備役海軍少將田中綱常擔任該廳之行政長官，隸屬聯合艦隊司令長官之指揮，對澎湖佔領地進行軍政的治理，當時日人對澎湖地區最基層的治理單位仍稱為「社」，
望安地區各聚落亦維持清代澳社自治的原則，由各社的
鄉老自行管理。《馬關條約》簽署後，首任臺灣總督樺山資紀於5月21日頒行〈臺灣總督府假條例〉（臺灣總督府暫行條列），在總督府轄內分設數縣，各縣再管轄若干支廳，以此作為全臺行政區劃的初期基本規劃。
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（二）澎湖島廳直轄時期
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明治28年（1895）6月28日，臺灣總督府頒佈〈臨時政府地方機關組織規程〉，參考清代舊制的行政區劃，將原來的臺北、臺灣、臺南三府改制為縣，縣內分設支廳，至於澎湖則單獨設置「澎湖島廳」。澎湖列島行政廳官吏則於7月8日與澎湖島廳辦理交接，由宮內盛高擔任首任島司，並於翌日正式開廳後，澎湖才進入民政管轄的階段。8月24日，臺灣總督府鑑於無法在短期內弭平臺灣反抗軍，遂決定重新調整轄內行政區劃，以實行軍政統治，雖分設臺北縣、臺灣民政支部、臺南民政支部，然澎湖地區仍稱澎湖島廳。至於基層的地方行政管理，日人仍延續清代原有13澳之區分法，將各聚落附屬於各澳之下，不過此時「澳」已屬於虛級化層級，澎湖島廳亦稱各聚落為「鄉」，由澎湖島廳直接管轄，故今所見島廳設立以後之官方文書，在書寫上皆稱為「某某澳某某鄉」。
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（三）
八罩務署時期
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明治29年（1896）3月31日，因全臺大致底定，臺灣總督府遂頒佈〈臺灣總督府條例暨民政局官制〉，恢復民政體制，重新調整地方行政區劃，分為臺北、臺中、臺南三縣，每縣分設支廳，澎湖地區仍獨立設置澎湖島廳而未變動，僅於翌年5月，以第152號將島廳名稱改為「澎湖廳」。45至於島廳轄內的各澳社仍由島廳直轄，直至10月8日頒佈廳令甲第4號的命令，才於島廳之下設置5個澳務署，並於該月17日成立
媽宮澳務署。46至於大山、
西嶼、頂山等各澳務署，則分別在
明治30年（1897）的元月11日、15日、18日，依據訓令乙第1號、訓令乙第2號、訓令乙第3號等命令正式成立行政機構。管轄本鄉與
七美鄉的
八罩澳務署，雖有行政區之設置，然因各離島遠離廳治，海面風波甚激導致渡海困難，常數十天而無法航行，雖有編制卻始終未設立機構，僅能從島廳派遣由廳屬職員、警部、公醫、翻譯、巡查等所組成的巡視員來管理。聚落的行政管理上，從
明治29年底的戶口調查所見，當時
望安地區的聚落分為：
網垵澳網垵、
網垵澳山寮、
網垵澳后寮、
網垵澳西埔、
水垵澳東寮、
水垵澳西寮、
東嶼坪、
西嶼坪、
東吉、
西吉、
花宅、將軍、
花嶼澳
花嶼。從中可知，日本政府主要仍以承襲清代澳社的劃分，並對某些「鄉」內更細分為更小聚落。
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（四）網垵辨務署時期
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明治30年（1897），為求有效壓制當時在臺灣極為活躍的抗日民眾，臺灣總督府遂有縮小行政區之議。6月10日總督府頒佈府令第20號，再度修改地方行政區域，增設新竹、嘉義、鳳山等縣及宜蘭廳和臺東廳，共計為六縣三廳，澎湖地區則未調整，仍單獨設置為「澎湖廳」。同日，臺灣總督府以府令第21號規定於各縣轄內設置辨務署。同月27日，頒佈府令第30號，在辨務署的轄區之下增設街、庄或社等地方基層行政組織，澎湖廳則沿用「鄉」此一聚落行政單位，並設置街鄉長來協助辨務署官員處理轄區事務。因此澎湖廳廢除原有的澳務署，改設
媽宮、
隘門（原大山）、
大赤崁（原頂山）、
小池角（原
西嶼）、網垵（原
八罩）等辨務署。7月26日，以告示甲第8號頒佈網垵辨務署於該日正式設立，該辨務署行政區管轄範圍，依舊包含
八罩列島的
網垵澳與
水垵澳。11月20日，澎湖廳以廳令第10號規定辨務署轄內的街鄉長管轄區域，網垵辨務署共轄6鄉，包含
網垵澳的網垵鄉（含原網垵、
東嶼坪、
西嶼坪）、
將軍澳鄉、
東吉鄉（含原
東吉、
西吉）、
大嶼鄉，以及
水垵澳的
水垵鄉（含原
水垵、
花嶼）、
花宅鄉。至於劃分的依據，從澎湖廳該年所呈報的〈十一月、十二月中澎湖廳行政事務及管內概況〉記載可知，蓋
東嶼坪與
西嶼坪在網垵鄉南方6海里處，周圍面積僅1里，且不超過2、30戶，因此無法形成一鄉，故依清代舊有的分法，將
東嶼坪及
西嶼坪劃分歸網垵管理；而
花嶼則離
水垵西北13海里之遠，雖然僅不過是1里餘的小島，但離
水垵鄉最近，故仿效清代區劃，將其歸屬
水垵管理；至於
東吉，原屬網垵的管轄，但位其東南12海里之遠，且與
西吉相近，兩地相併可為一鄉，故將
西吉歸屬
東吉管轄。
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（五）網垵出張所時期
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明治31年（1898），兒玉源太郎繼任總督後，採取精簡行政機構。6月16日，依勅第108號修改地方官官制，總督府再次縮編地方行政組織，28日以府令第38號，改革變成三縣三廳，但澎湖地區仍然維持廳制不變。7月1日，裁撤原先的5個辨務署，
媽宮辨務署行政區域改為由澎湖廳直轄，原先的
隘門、
大赤崁、
小池角及網垵辨務署，則改以出張所為其行政組織，
望安地區的行政區劃改制成網垵出張所。基層行政管理上，
明治32年（1899）澎湖廳鑑於全廳鄉長員額數過多，故於第二季行政概況報告時，提出擴大各鄉管轄區與縮減鄉長編制之建議。在經評估過後，澎湖廳於12月23日以廳令第10號規定，頒佈進行街、鄉重新的調整合併與改稱，將原來數個鄉合併為一個「區」，全澎湖共分為22區，但仍保留各聚落原有之鄉名，並於
明治33年（1900）3月1日起開始實施。其中，第19、20、22區為現今
望安鄉的行政區域。
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（六）網垵支廳時期
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明治34年（1901），兒玉源太郎總督再度改革地方行政區域，重新調整行政區劃。依據11月11日所頒佈之勅令第202號〈臺灣總督府地方官官制〉，廢除地方三級制度，除將縣及辨務署等行政區劃層級廢除，重新劃分全臺為20個廳外，各廳轄內再分設若干支廳。澎湖地區雖未改變仍稱「澎湖廳」，然轄下的
大赤崁、
小池角、網垵三出張所，則於14日以廳令第16號，改制為
大赤崁、
小池角、網垵三支廳。55
明治37年（1904），澎湖廳認為街鄉事務的關鍵，在於街鄉長與書記對於事務操作的熟悉程度。由於行政區域劃分過多，每區事務繁雜且經費有限，導致許多書記常在稍悉事務時，卻要求調離街鄉行政工作；至於各區事務所人員，亦在設備不足且不熟悉的情況下，致使街鄉行政工作甚難進步。澎湖廳鑑於
明治32年劃分的行政區，有區域狹小及交通不妥當之問題，故為求街鄉行政事務改善發展，並考量交通便利與民情差異等因，而於6月20日以廳令第11號，進行街、鄉重新調整合併與改稱，並於7月1日開始實施。此次變革除將原來的22個區合併為13個區，以使各區經費較為富裕外，並將範圍較大之區增額為2名書記，以改進地方行政事務。其中，第十二區的涵蓋範圍，即與現今
望安鄉全鄉行政區重疊，管轄區域包含
花宅、
水垵、
花嶼、網垵、
將軍澳、
嶼坪、
東吉、
西吉等聚落，至於區長事務所則設於網垵鄉。
明治38年（1905）11月27日，澎湖廳以廳令第10號，再次對轄內各街鄉長之管轄區域名稱進行調整，以符合各區民情之需，並於隔年元月1日開始實施。其中，鑑於「網垵鄉是網垵支廳及鄉長事務所的所在地，且為區內重要的鄉，因此以鄉名為區名」，而將本鄉原名「第十二區」改稱為「網垵區」。57
大正2年（1913）6月13日與
大正4年（1915）2月27日，在陸續裁撤
大赤崁與
小池角兩支廳併入廳直轄後，澎湖廳轄內僅剩網垵支廳與廳直轄兩行政區而已。
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（七）
望安庄時期
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大正9年（1920）7月，臺灣首任文官總督田健治郎，依勅第218號所公布新修改的地方機關章程，重新調整地方行政區域。8月10日以府令第47號，將臺灣西部的10廳裁撤，合併為臺北、新竹、臺中、臺南、高雄等州，各州之下原有支廳改制為「郡」或「市」等次級行政單位，各郡內又劃分為若干「街」與「庄」行政層級。澎湖廳在此次調整中，從原先直屬於臺灣總督府下的一級行政區，轉而降格為隸屬高雄州下二級行政區的「高雄州澎湖郡」，而原先的網垵支廳亦改制為「
望安庄」，即為本鄉之前身。庄名的改革乃是鑑於治澎初期的日本政府，基於民情與行政上之便利，而多承襲清代原有舊地名，歷經20餘年的統治管理後，官方藉由此次改制，同時調整澎湖地區各街庄之轄區，及修改基層行政區之名稱。
大正15年（1926），臺灣總督府鑑於澎湖的行政機關與當時的
馬公要塞司令部關係密切，亦為因應澎湖的發展與當地民眾的要求，而於該年6月25日以府令第45號，將澎湖郡提升行政層級獨立為澎湖廳，並從7月1日開始實施。同日，以府令第46號訂定
望安庄管轄
望安、
將軍澳、
西吉嶼、
東吉嶼、
嶼坪、
花宅、
水垵、
花嶼、
大嶼等大字（聚落行政區）。7月1日，澎湖廳設置廳衙於
馬公街馬公519番地，並於當天開廳。另以廳令第3號發佈支廳的名稱位置與管轄區域，澎湖廳下轄
馬公支廳及
望安支廳，其中
望安支廳僅管轄
望安庄全部行政區。
昭和19年（1944），最後一任澎湖廳知事
大田政作，依據6月7日的府令第204號及府令第205號，將隸屬於
望安庄的
大嶼析劃成新的行政區，稱為
大嶼庄，並從8月1日實施。
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