澎湖歷史有明確記載成為海盜巢穴，應該是1553年（嘉靖32）泉州知府童漢臣命令麾下率義兵攻擊，當時盤踞澎湖海盜聞訊遂離去，巡撫王忬（1507-1560）巡察得知嘉獎其功勞。隔年亦有漳州海盜陳老軼事。陳老何許人也？史冊沒有明載，不過「老」字在閩南的意思為尊稱，因此他姓「陳」名字不一定是「老」。嘉靖年間月港未開港之前，漳州海商不少前去日本貿易，他們被官府指為「通倭」，原因是在日本期間都認識大海盜王直（？-1559）。當時月港有所謂海盜「二十四將」，陳老可能就是其中之一。下一位踞澎海盜是曾一本，他與王直亦有密切往來，也被指為「勾倭」。曾一本（？-1569），福建漳州詔安人，劫掠海域大多在廣東潮州、雷州、瓊州一帶。曾氏在澎湖活動情況並不清楚，史載僅隻字片語而已。或稱他在嘉靖、隆慶（1522-1572）嘯聚澎湖，官兵大舉討平之。不過再下一位海盜林道乾，他的事蹟就流傳於澎湖、臺灣與東南亞。
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林道乾，廣東潮州澄海人，生卒年不詳，官方記載林道乾與曾一本有聯絡，各樹黨援互擁幫眾，皆與另位一位福建詔安大海盜吳平倚為犄角。1563年（嘉靖42）林道乾騷擾東南沿海，左都督俞大猷（1503-
1579）發兵征之，官軍追至澎湖，林道乾率眾逃往臺灣。俞大猷偵察到林道乾潛逃之地，港道迂迴、水淺舟膠，遂不敢進逼，留下偏師駐防澎湖，而這支軍隊有時巡哨至鹿耳門。明太祖洪武年間之後，澎湖就沒有駐軍，之後的駐軍即是1563年（嘉靖42）。林道乾知道臺灣非久居之地，竄逃至安平二鯤鯓（臺南市安平區），趁官軍不備逃往占城（越南中部）。由於林道乾率眾逃逸，駐澎明軍也從撤防回到福建。
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林道乾竄逃至臺灣，有一說不是躲藏於二鯤鯓，而是打鼓山（高雄市鼓山區）。再者為怕被明軍一網打盡，當時林道乾分散部眾於倒風內海大圭璧（大龜肉／大奎壁／臺南市鹽水區）、魍港內海劈破甕（諸羅地）。林道乾一開始也不是逃至占城，即先亡命渤泥（文萊），再返回廣東潮州。
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林道乾之後踞澎大海盜是林鳳，廣東潮州饒平人。1568年（隆慶2）為患廣東海域。
1573（萬曆元）林鳳船隊攻擊廣東澄海，之後假意前往廣州，但返棹進入福建海域。林鳳船隊抵達觔竹洋與烽火寨（福建省霞浦縣烽火島）跟水師相遇，林鳳重創官軍後南下逃至澎湖，躲避福建總兵胡守仁（1531-
1592）追擊（明實錄記載胡守仁，一說俞大猷追擊為誤）。林鳳抵澎是在5、6月間，離開澎湖為10月。可是胡氏得知軍情，即刻率兵趕往澎湖，林鳳率眾竄航至廣東潮州。
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1574年6月（
萬曆2年5月）林鳳第二次來澎湖，官軍在追剿過程中截獲2艘林鳳哨船，得知林鳳船隊米糧不夠，不欲在澎湖久留。林鳳船隊從澎湖逃往魍港（嘉義縣布袋鎮），不料7月官軍尾隨來到新港，計畫與原住民聯手緝捕。林鳳聞訊離開魍港，第三次來到澎湖，最後決定率領40、50艘船隻襲擊菲律賓。
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西班牙人對於林鳳曾有記載，官軍第三次至澎追剿林鳳是潮州把總王望高。當時王望高率領130艘戰船追剿林鳳，林鳳藏匿在大山官港（Touzancao／
大山嶼澳／澎湖），最後決定偷襲菲律賓的西班牙人。雖然在王望高追擊下，林鳳不支敗走，但麾下仍有62艘船隻，搭載約5,000名部眾。
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1574年（萬曆2）海盜林鳳，襲擊西班牙人在菲律賓統治中心馬尼拉。由於1571年西班牙人才初佔呂宋，統治根基並不穩固，往後的11個月西班牙人險些支持不住。幸好從墨西哥來的西班牙援軍及時趕到，加上明朝政府派出追剿海盜林鳳的官軍，雙方在林鳳最後的根據地彭加絲蘭（Pangasinan）合圍。明軍仍由潮州把總王望高率領。
1575年（萬曆3）3至6月，以及
1575年（萬曆3）8月王望高二次抵達彭加絲蘭，只是林鳳已經在7月從此處突圍逃逸，此後不知所蹤。東洋航路途經澎湖，想必利用航道的明朝水師，一定會停留在澎湖補給休息。林道乾與林鳳總共四次來犯，明軍肯定知道澎湖海防重要。此時的澎湖不僅「屏障」閩南而已，它可以駐防戰船控制航路，積極性把臺灣海峽納為勢力範圍。
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為何陳老、曾一本、林道乾、林鳳前後佔據澎湖，明廷都沒有想到要在此地常駐軍隊？追剿曾一本時，福建巡撫塗澤民說的最明白，他認為曾一本遁逃澎湖是下策，因為「澎湖死地、水米難濟、僅官兵數月之憂而已」。事實上月港從九龍江出海後，有三處海防重鎮—金門、廈門、浯嶼，分別設置金門所、中左所、浯嶼水寨。1489年（弘治2）以前浯嶼水寨官兵遷往廈門，可是仍稱「浯嶼水寨」。由於浯嶼沒有軍隊駐防，該小島一度淪為海盜巢穴。嘉靖末年明廷為防堵海盜偷襲，諭令浯嶼水寨、
銅山水寨（東山島）抽調出部分水師，於春冬汛期前往泉漳外海巡弋。1570年（隆慶4）明廷將這支「臨時組合」水師，以固定編制方式成軍，命名為「浯銅游兵」。汛期時浯銅游兵戰船進駐金門料羅，聽候將領機動調度出海執勤，收汛後就駛回原駐地廈門中左所。1563年（嘉靖42）林道乾竄逃澎湖、臺灣，以及
1573年（萬曆元）林鳳第一次竄逃澎湖、臺灣，在後面窮追不捨與暫駐澎湖應是「浯銅游兵」。可是
1576年（萬曆4）福建主體海防「五寨三游」成形—福寧州烽火門水寨、福州府小埕水寨、興化府南日水寨、泉州府浯嶼水寨、漳州府
銅山水寨、
海壇游兵、浯銅游兵、玄鐘游兵（福建省漳州市詔安縣梅嶺鎮）。當時澎湖應不應該駐防軍隊，遂成為看法兩極的問題。
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1592年（萬曆20）日本入侵朝鮮，議者謂不宜坐棄澎湖，於是設把總1員，並以16艘戰船戍守，隸屬福建南路參將與泉南遊擊，再下令浯（浯嶼水寨）、銅（
銅山／東山島）二寨時相策應。澎湖汛地北起北山（
白沙島），南盡八鬬澳（
八罩島／
望安）。北山
龍門港（
良文港／
湖西鄉龍門村）、
丁字門（
西嶼鄉小門村海域）、
西嶼頭為最要衝戰略地點。第二緊要地方是娘宮前、蒔（嵵）上澳。明軍春汛以
清明前10日為期（春分後15日），駐紮澎湖3個月就返回福建；冬汛以霜降前10日為期，駐紮澎湖2個月就返回福建廈門。爾後以澎湖孤懸海表，討論是否需要勞師動眾戍兵。當時派往澎湖巡弋戰船20艘、兵額853名、歲餉7,230兩。不過春冬汛畢，不代表整個澎湖都無駐軍。前述險要之地（最要衝）仍有少數兵船哨守，命名曰「小防」。
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這次駐澎水師中以戰船型制最值得注意，因為明軍已經與倭寇海盜累積多年實戰經驗，故戰船衍生出許多適合海戰的造型。當時有二種—冬船、鳥船。冬船又名海滄船，有時也稱4號福船；鳥船又名開浪船，有時也稱5號福船（圖2-6）。海滄船設大蓬1扇、小蓬1扇、大櫓2根、舵2門，最大特點是吃水7、8尺（2.17至2.48公尺），淺水海域仍可進退，風小亦可行動。開浪船船艏尖頭，船身7丈5尺（23.32公尺），豎立2支長桅，一桅長4丈7尺（14.61公尺），另一桅1丈8尺（5.59公尺）。
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最需要注意是海滄船，由於海滄船在海上航行迴轉相當迅速，明軍通常用於裝載熕銃。隆慶年間（1567-1572）廣西總兵俞大猷征剿海盜曾一本（？-1569），就大量建造海滄船作為追擊之用。「熕銃」又名「發熕銃」，源自葡萄牙文Falcão，指的是前膛加農炮。這種火炮炮身修長，炮壁自炮尾到炮口逐漸變細，符合火藥燃燒時膛壓高到低的原理。炮身中部沒有銃耳，配合炮車可以調整射角。「熕銃」裝載在戰船，重量多在300至500斤，且多用銅鑄。若是用生鐵鑄成，重量可達5,000斤。
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1597年（萬曆25）福建海防改制成「五寨八游」—福寧州烽火門水寨、福州府小埕水寨、興化府南日水寨、泉州府浯嶼水寨、漳州府
銅山水寨、嵛山游兵、臺山游兵、礵山游兵、
海壇游兵、湄州游兵、浯銅游兵、
南澳游兵（玄鐘游兵改制）、澎湖游兵。
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1598年（萬曆26）明廷認為駐澎兵力過於單薄，不足以應付倭寇海盜來襲，故又大舉增兵，變成把總2名、戰船40艘、1,600餘名。此外還要求
海壇游兵、南日水寨、浯嶼水寨、浯銅游兵、
銅山水寨、
南澳游兵，皆於春冬汛期時抽調1名哨官，率領兵船3艘，總共18艘戰船巡弋澎湖壯大聲勢。
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此時福建有一人物嶄露頭角—武舉出身的沈有容（1557-
1628）。沈氏，安徽宣城人，早年軍旅戰功都在直隸、蒙古、滿洲建立。
1597年（萬曆25）福建巡撫金學曾力邀參與福建海防，擔任
海壇游兵把總一職。
1599年（萬曆27）沈有容改調浯銅游兵把總，甫上任就有耳目一新措施。例如：打破陋規拒絕下屬餽贈禮金。萬曆時期福建海防官弁接受下屬餽贈已成慣例，這使得將領貪瀆習以為常，沈氏此舉不但以身作則，還捐出薪俸打造新器械、新櫓楫，用來增加水師戰力。明末有識之士認為，當時海防最大問題不是器械不精，也非技不如人，完全是官兵苟且偷安、遇事推諉。沈氏被重用於閩海，很快就會發現一時得人。
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萬曆日本入侵朝鮮之役（
1592-
1598）結束，明與日本關係稍有緩和。閩海局勢不若以往緊張，澎湖裁軍的討論浮出檯面。
1600年（萬曆28）澎湖駐軍裁減一半，又恢復成戰船20艘、兵額853名、歲餉7,230兩。前來巡弋的援軍，只剩下浯嶼水寨、浯銅游兵、
銅山水寨派出總共6艘戰船而已。
1601年（萬曆29）駐澎水師再裁減，變成戰船13艘、兵額500餘人。此時發生一件倭亂，考驗澎湖游兵軍事反應能力。同年春夏之間有一股百人倭寇入侵
海壇、小埕，南日水寨水師膽怯不敢出擊以避其鋒，此刻遠在澎湖500名官兵聲息不通，孤懸得不到支援，處境十分危險。福建總兵朱文達請求巡海道王在晉，讓澎湖游兵全數撤回福建。但是王在晉堅決反對，理由是澎湖游兵雖孤懸一隅，但據險可守，倭寇若要強攻未必得逞。加上倭寇主要目標是閩粵沿海港市，他判斷不會進攻澎湖。果然這群倭寇進犯廣東，並在前往澎湖時，突然被澎湖游兵突擊全軍覆沒。事後王在晉承認澎湖之勝有「運氣」成分，然而認為澎湖撤軍茲事體大，必須要巡撫定奪才能決定。
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1602年12月（
萬曆30年11月）福建巡撫朱運昌密札浯銅游兵把總沈有容，諭令率部開赴東番（臺灣）征剿倭寇。
1603年1月（
萬曆30年12月）沈有容率領21艘戰船出發，循東洋航路航向東番（臺灣），最後抵達大員（臺南市安平區）。之後倭寇發現明軍戰船群起圍攻，雙方激戰明軍大獲全勝，過程中隨軍將領陳第（1541-
1617）撰寫《東番記》，成為歷史上最早對臺灣原住民，以及可考地名的記錄。這就是荷蘭人第一次來到澎湖前，澎湖的軍事佈防。
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文字引用｜增修澎湖縣志（軍事志）
知識建檔｜2026-07-30
