馬公第三漁港規劃於
民國69年（1980），港址在
馬公半島之北灣，緊鄰
馬公第二漁港北堤，面積廣闊，交通便捷，計畫闢建泊地面積約30公頃，容納100噸級以下漁船2,000艘。從
民國70年（1981）動工，前後經過12年的工程，到
民國82年（1993）才全部完工，投資經費8.03億元，浚挖泊地面積33.9公頃，興建碼頭設施3,600公尺（水深3.5至6.0公尺）、魚貨拍賣場及辦公室1,310坪，港區道路、給水、照明等設施一應俱全（胡興華2003：22），逐漸成了
馬公和各離島交通的中心。
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民國77年（1988）馬公第三漁港第二期工程開始進行，翌年航行於澎湖南海海域
望安、
七美的交通船（原停泊於
馬公商港九號碼頭），就移泊第三漁港碼頭西側。縣政府又從
民國79年（1990）起分為3年貸款進行第三漁港海埔新生地（60餘公頃）的開發，包括填土、道路、排水、照明、公園綠地、廣場兼停車場、污水處理等工程，總經費共243,467,000元。
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民國83年（1994），
澎管處租用第三漁港西岸的縣政府土地（永專冷凍廠後面），興建一座南海旅客服務中心，使第三漁港成為名副其實的南海交通船及遊樂船的中心港。
民國90年（2001）改在原址北側的撥用土拖新建一棟二樓的服務中心，舊有建物則由縣政府移撥給縣農會做為農產品展示中心之用；而
公共車船管理處也在岸邊興建了一座活動式的候船售票亭（劉丁乾2005：269）。
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文字引用｜
馬公市村里叢書
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