民國34年（1945）8月15日，日本裕仁天皇正式宣布日本無條件投降，臺澎地區重新成為中華民國的行政版圖。當時中央政府設置臺灣行政長官公署治理臺澎地區，行政長官則為陳儀。
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行政長官公署在接管地方行政初期，乃由各州廳接管委員會兼辦。澎湖地區在接管委員會接收之初，在地方行政區劃上仍維持
日治時期的舊制。12月行政長官公署先後於6日及11日公布「臺灣省省轄市組織暫行規程」及「臺灣省縣政府組織規程」，將原先的五州三廳區劃成為八縣九省轄市。縣以下的行政區劃則根據「臺灣省縣政府組織規程」第12條，將原有的郡或支廳之區域改稱為「區」，街庄則改稱為鄉、鎮，鄉鎮之下則設置村里。
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在這樣的調整之中，原先的澎湖廳及其下轄的
馬公、
望安兩支廳，便改稱為澎湖縣及
馬公、
望安兩區。
民國35年（1946），行政長官公署裁撤當時的
馬公、
望安兩區，使澎湖縣以下即為鄉鎮。
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澎湖縣目前為止共轄有
一市五鄉，村里部分共有三十四個里、六十三村。
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