萬曆37年（1609），荷蘭東印度公司於日本平戶設立商館，更加需求取得鄰近中國的貿易據點。
萬曆41年（1613），平戶商館館長布魯瓦（HendrickBrouwer）即曾建議占領臺灣，以作為對中國貿易的轉運站。至
萬曆47年（1619），又於巴達維亞（Batavia，今印尼雅加達）設立總督府，以為東亞貿易的行政中心。由於荷蘭與英國聯合對付葡萄牙與西班牙，致使在菲律賓的西班牙人，也考慮占領臺灣，以保護其貿易路線。荷蘭由擄獲的西班牙船隻得知其意圖，乃決定先發制人。
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當時的巴達維亞總督顧恩（JanPieterszoonCoen），考量拓展貿易據點與打擊敵對國家的貿易，實為一體兩面之事，乃考慮先攻取澳門；如果無法達成，澎湖或臺灣也是良好的地點。澳門為葡萄牙的據點，已是行之有年的貿易口岸；而澎湖與臺灣，則可以阻絕西班牙人由馬尼拉到中國的貿易路線。
天啟2年5月16日（
1622年6月24日），雷爾生（CornelisReyersen）率艦隊攻擊澳門，然而被葡萄牙人擊敗，雷爾生只好再轉向澎湖。
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相較而言，荷蘭人對於臺灣較為陌生，似乎較屬意澎湖。總督顧恩即認為，儘管中國人說臺灣有良港、土地肥沃，但如占領澎湖，可以阻斷敵人貿易，同時可以年年派人去臺灣巡邏，以防止敵人取得臺灣。雷爾生於6月4日（7月11日）抵達澎湖
馬公港，居民見狀紛紛躲避。荷蘭人先觀察澎湖的實際狀況，並於隔天派兵尋找適合構築城堡的地點。同月6日（7月13日），荷人在表明無惡意之後，與澎湖的居民接觸。在地的頭人告訴荷蘭人，希望荷蘭人能離開澎湖，告知臺灣適合其停留，並願意提供嚮導。荷人數度至大員（今臺南一帶）探尋適合停泊的港口，實際測量水深，並於6月18日（8月1日）舉行評議會，認為水淺，大船不便停泊，決定還是在澎湖構築城堡。荷蘭人選擇
風櫃尾蛇頭山為築堡地點，最初似由士兵建築，完成3個稜堡。至次年，因颱風豪雨導致城牆損壞，荷蘭人乃強擄福建沿海漁民一千多人，用以修補毀壞的城牆。
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7月1日（8月7日），雷爾生派商人梅德特（HansvanMeldert）領船3艘前往漳州，向中國告知荷蘭人的來意，並希望中國停止與葡萄牙、西班牙的貿易。浯嶼守備王夢熊接見梅德特，告知此事非其權責，希望荷人離開漳州等待高層的回應。荷蘭人在澎湖等待的期間，即曾討論是否要以武逼商。8月27日（10月1日），王夢熊帶領4艘船，以及經營馬尼拉貿易的黃商來到澎湖。王夢熊轉交福建巡撫商周祚的信函，信中拒絕荷人貿易的要求，並令其離開澎湖。王夢熊勸荷人先離開澎湖，否則絕無貿易之可能。然而，荷人在無巴達維亞城總督的命令下，無法自行作主，並認為是中國官員的拖延伎倆，致使雙方無交集。
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荷人於9月14日（10月18日），自澎湖派船出發，劫掠漳州沿海，尤以廈門為烈。此即為商周祚奏稱的：「紅夷自六月入我彭湖，專人求市，辭尚恭順。及見所請不允，突駕五舟犯我六敖⋯⋯又登岸攻古浪嶼，燒洋商黃金房屋船隻。」7111月20日（12月22日），中國官方遞信至澎湖，告知荷方，只要離開澎湖到臺灣或中國領土以外的地方，即可與荷方貿易，否則將以武力解決問題。由於中國方面積極備戰，同時似也顯露轉圜餘地，荷方乃派出梅德特至廈門談判。11月26日（12月28日），梅德特回到澎湖，另有洪玉宇帶著中國官方之書信與之隨行，重申離開澎湖即可貿易。
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於是，雷爾生前往廈門，於12月10日（
1623年1月10日）與廈門的官員會商，表示自己無撤離澎湖的決定權，並要求與巡撫商周祚會談。官員或許出於避罪的自保心態，要求雷爾生向商周祚承諾毀城撤離，即使只是拆毀部分也可以，等商周祚相信荷人之後，可以再修築、開啟貿易。
天啟3年1月12日（
1623年2月11日），雷爾生再至福州與商周祚談判，商周祚於奏則中稱：「今計止遵舊例，給發前引原販彼地舊商，仍往咬吧市販，不許在我內地另開互市之名，諭令速離彭湖，揚帆歸國。如彼必以候信為辭，亦須退出海外別港以候。但不係我汛守之地，聽其擇便拋泊。」意即要求荷人先回巴達維亞，再由中方發照給商民前往貿易。不過，在荷方的記載，則以商周祚允諾讓其停留於澎湖，直到找到中國領地以外的地點，並提供嚮導。雙方雖對退出澎湖達成初步共識，但對如何退出，似有不同見解。談判的隔天，商周祚派出千總陳士瑛與洋商黃合興前往巴達維亞談判。另一方面，雷爾生與商周祚接觸之後，也派人前往臺灣勘查。2月4日（3月4日），派人駐紮大員（今臺南沿海），準備試行貿易。
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商周祚對於其下屬官員的兩面說詞，未見瞭解，仍寄望於以貿易來誘使荷人退出澎湖，以「然此紅夷所恃巨艦大砲，便於水而不便於陸，又其志不過貪漢財物耳，即要挾無所得，漸有悔心。諸將懼禍者，復以互市餌之。俾拆城遠徙。故弭耳聽命，實未嘗一大創之也。」等到發現荷蘭人修補城牆，沒有撤離澎湖的跡象，商周祚乃奏報：「紅夷久據彭湖，臣行南路副總兵張嘉策節次禁諭。所約拆城徙舟及不許動內地一草一木者，今皆背之。」實際上，荷蘭在達成協議之後，認為中國人違反約定，仍前往馬尼拉貿易，即以中方船隻違反約定為由，劫掠中國船隻。中荷雙方似乎又回到事件的原點，由於商周祚驅荷無功，明廷乃改以右副都御史南居益取代，並以謝隆儀為新任總兵官。
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南居益對於荷蘭的態度強硬，於廣東、福建沿海備戰。
天啟3年7月18日（
1623年8月13日），澎湖評議會決定由雷爾生率4艘船，赴漳州探知虛實，並送回70、80名中國俘虜，希望中方能有善意回應。雷爾生與謝隆儀多次書信往來，謝隆儀表示，荷人所說的商周祚推翻協議，乃是翻譯人員蒙蔽所致，因此，荷方應該釋放所拘捕的中國人，才能表明解決問題的誠意。雷爾生則表示，澎湖的城堡如無巴達維亞方面的命令，不可能放棄，並認為中方沒有遵守等待荷方找到理想港口的約定。對於被捕的中國人，仍認為是破壞約定才會予以拘捕，但願意釋放部分人以示誠意。總之，謝隆儀強調釋放中國人、離開澎湖為雙方互市的基礎，並堅持此一底限；而雷爾生則著眼於先前與商周祚的約定，即中方開市並禁航馬尼拉，認為即使商周祚被騙，責任也應由中方負責。雙方各自表明立場，在缺乏互信的情形下，難以達成共識。
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天啟3年8月19日（
1623年9月13日），澎湖評議會決定對中國動武，並決定由高文律（Francx）將軍率艦攻擊漳州，以阻止中國人與其敵對的國家貿易。高文律於10月2日（10月25日）自澎湖出發，由於考慮兵力不足，仍致信給廈門官員，希望能和平談判。中國官員假裝與荷方簽訂協議，再誘騙荷人上岸接受款待，荷人提防之，要求同等人數的人質上荷船，始肯上岸赴宴。然中國官員在席間下毒，而生擒高文律等52人，並攻擊燒毀1艘荷船。80由於荷蘭兵力不足，雷爾生並未立刻報復中國，至
天啟3年12月1日（
1624年1月20日），才再派3船199人前往漳州，此時留駐澎湖只剩下3艘船、280人。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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