由於
明治28年（1895）霍亂的流行，導致多人死亡，因此澎湖島廳便把改善澎湖衛生環境做為施政重點。翌年
（1896）7月8日即公告「清潔法執行相關取締」（澎湖島廳令甲第一號），規定「城內道路各戶住居地先及大小路又或海岸棧橋等，每日掃除；此外，每個月三次五日大掃除。違者處於五日以上十日以下之拘留，又或五拾錢以上壹圓九拾五錢以下之罰鍰」對於島內外傳染病的通報作業亦積極進行，例如
明治35年（1902）3月18日澎湖廳告示：「清國廣東發生虎列拉病（按：即霍亂），支那人多罹此病，而歐人已斃死三名，其香港亦有二名感染」（澎湖廳告示第十號）。同年4月19日更以廳令曉諭：「凡開醫業者（公醫開業者同此）或醫生診斷如有吐瀉病患者，又或檢出吐瀉病患者死體之時，務須火速稟報該患者並患者死體所在地之警察官署或警察官吏為要，倘有違犯者，處以五拾錢以上一圓九拾五錢以下罰金」（澎湖廳令第二號）。8月16日澎湖廳長
小林三郎亦發表「虎列剌病豫防注意攝生心得」（澎湖廳告諭第一號），
明治36年（1903）12月7日「埋火葬約束章程」（澎湖廳令第十號）中更規定8種傳染病死者不准殮置。
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然而防疫仍有漏洞，
明治38年（1905）中從臺灣本島傳入熱帶性病菌，自8月起至11月的4個月間，在19個聚落出現8,962人患病，並造成963人死亡，直到
明治42年（1909）才漸次撲滅。
明治38年（1905）瘧疾爆發以來，澎湖廳已分別於
明治39年（1906）4月5日至20日、10月20日至31日以及
明治40年（1907）4月21日至5月5日實施定期大掃除，並公告「清潔法施行方法」。至
明治40年9月25日以廳令發布「大清潔法施行規則」，第一條明文規定大清潔法每年定春秋二季施行之，其日期及地域等俟臨時指定。
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大正4年（1915）前後瘧疾又見流行，於是實施以患者治療為本位的防遏方法。早在
大正2年（1913）日本當局為防遏瘧疾之肆虐，已發布了「瘧疾防遏規則」，利用保甲制度，強制性展開克服瘧疾運動。就是把瘧疾猖獗的地方，指定為防遏地區，對該區住民予以強制驗血，發現原蟲保有者，即強制服藥。此外，強迫住民使用蚊帳、疏水、清潔等項工作。惟
大正9年（1920）澎湖廢除此一防遏法，由於過去廳內瘧疾病菌都是由於外出謀生者在臺灣被感染帶回病菌而發生，故上述防遏法廢止後，即再度發生，因此不得不從
昭和3年（1928）8月起，先在
望安庄大嶼實施防遏法；由於同年9月上旬
湖西庄管內部分地區及
馬公街東衛瘧疾猖獗，因此流用部分
大嶼防遏經費，極力實施防遏法於
湖西庄湖西村、
湖東村、
南寮村、
林投村4村落；
昭和4年（1929）再擴及
馬公街東衛。每月舉行一次定期檢查，對帶菌者立即命令服藥。此外，吩咐保甲內的人力，整理積水、水窪、溪流，並獎勵食子魚的飼養，蚊帳、蚊香的使用，極力防遏蚊蟲的繁殖。以
昭和5年（1930）度的防遏成績為例，總人數56,635人中接受驗血者共39,079人，帶菌者100人，只占總驗血人數的0.26%。
昭和7年（1932）10月另設置細菌檢查室，以期早期發現傳染病患者及檢驗出帶菌者。
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大體而言，澎湖自
大正10年（1921）以來，就不曾有惡疫流行。然而，每一年或多或少有傳染病發生。為了預防傳染病發生，澎湖廳當局一面謀求上下水道的完成、醫療的充實，一面力求普及衛生觀念，期能逐漸加以滅絕。
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就上水道來說，
馬公自來水廠於
昭和2年（1927）6月開工，4年
（1929）10月竣工，年底開始給水，惟出水量少，再加上限定在短暫時間內供水；但自
昭和9年（1934）度起，獲得總督府的補助，加設仰賴壓縮空氣的抽水裝置，因此自12月起可以全天供水；此外，在要港部另設自來水道，其水道之績效極佳。就下水道來說，下水道及排水溝的設備，無論在傳染病的預防或道路的保全上，都是緊急要事。
大正10年（1921）馬公街受總督府補助開始施設，往後逐年加強修築。
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就充實醫療來說，位於
馬公街的醫療機關相當完備，然而村落離島的醫療資源就顯得貧乏，因此配置公醫以謀改善。
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此外，腹瀉及腸炎、結核等數種死亡原因之病症與嬰兒死亡率略有改善等因素下，使澎湖死亡數、死亡率皆呈減少趨勢，平均死亡率為24.51%。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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