臺灣地區的考古研究，肇始於
日治時期。相對於臺灣本島而言，澎湖的考古起步雖略為遲緩，但在遺址發掘與研究上，卻獲致豐碩的成果。澎湖的考古調查研究，可概分為三個時期：
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一｜
日治時期的初探
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明治33年（1900）伊能嘉矩曾到澎湖進行田野調查，然而在考古學上卻未見成果。在此之前，小西成章曾在
澎湖本島南寮澳青螺鄉虎頭山（今
湖西鄉青螺村）採集到打製石斧，並將石斧交給伊能嘉矩。伊能嘉矩為此於《東京人類學會雜誌》第259號發表短文，指出「據說是
明治38年（1905）年5月試掘該亞炭時，發現於該層進中部處，其數目僅僅是2件⋯⋯，從形式說，其中一件是半磨製，雖缺失尖端部分，但為扁長形石斧，另一件在發現當時故意加以破壞⋯⋯，而不知原形⋯⋯，不過似乎是大致為同形的石斧⋯⋯，材料都是利用當地特有的
玄武岩」。雖然，當時所知相當有限，卻為澎湖考古研究之肇始，伊能嘉矩於結語中指出「目前雖未能確知使用該石器人類的種族，但現已可肯定澎湖島確有石器時代的遺址了。」
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大正3年（1914），山田金治於
良文港及另外兩處地點，曾採集到3件打製石斧，2件提供給當時的臺灣總督府博物館（即今日國立臺灣博物館）。國分直一前往博物館觀察，對於石斧繪圖描述。該石斧為橄欖石
玄武岩，其風化殘存呈現黑點的狀況，相較於臺灣西南海岸所發掘的
玄武岩石器，風化情況相同；因此，推測兩地使用
玄武岩的時代有緊密關係。昭和15、16年（1940、1941），國分直一兩度來澎湖調查，發現3處遺址：一為
湖西良文港，有繩紋陶片、赤色無紋陶片，以及石斧斷片、磨製石器；二為
白沙中屯村，有無紋陶片；三為
白沙後寮村寮望山北坡，有無紋陶片、獸骨。其中，尤以
良文港遺址的出土最為豐富，此遺址即為澎湖第一個被深入研究的史前遺址。國分直一將挖掘報告（關於澎湖島
良文港之先民遺跡）發表於《南方民族》（6卷4期，
1942年）。然而直到
民國49年（1960），登載於《農林省水產講習所研究報告》的（關於
澎湖本島之先民遺跡遺物）一文，才附有詳細的遺址地圖與標本繪圖。此文為澎湖第一篇詳細的田野調查報告，涵蓋出土石器、繩紋陶器、貝塚等等。因
良文港遺址的研究，國分直一認為澎湖與臺灣西南海岸，在橄欖石
玄武岩或繩紋陶等出土器物，均有相當大的相似性，並且推測兩地在文化上有密切的來往關係，澎湖可能是橄欖石
玄武岩的採集地。
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二｜戰後的持續發掘
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戰後，首先在澎湖進行考古的是
地質學家林朝棨，在
民國41年（1952）即列舉澎湖較大的島嶼均有遺址存在，並且能清楚區分遺址為：繩紋陶或素面陶為主的史前時代與宋代瓷片為主的歷史時代，並在貝塚中發現宋神宗熙寧時期（1068─1077）的錢幣「熙寧通寶」。
民國54年（1965），由宋文薰與林朝棨組織「臺灣大學澎湖研究隊」，隊員包括考古系與
地質系師生。此次調查8個史前貝塚遺址，並整理出遺址的相對年代。發現
澎湖本島的
粗繩紋陶與臺灣的鳳鼻頭遺址的
粗繩紋陶很相似。陶片在貝層中的分布密度相當高，推測這些遺址應為史前人類的居住遺址。此外，附帶調查7個近漢文化的貝塚遺址，宋文薰初步推論，早在南宋時期確有漢人移居澎湖，與曹永和以歷史學所做的考證不謀合而。至
民國63年（1974），宋文薰組織「臺灣大學考古民俗研究隊」，重新調查
民國54年（1965）所調查過的遺址。
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三｜
民國80年代以後的全面研究
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對於澎湖群島史前文化，首先發表全面性調查報告的是中央研究院歷史語言研究所的臧振華。
民國72年至74年間（
1983-
1985），在行政院國家科學委員會與中央研究院歷史語言研究所的支持下，進行「澎湖群島拓殖史的考古研究」計畫。臧振華積極進行研究，發掘工作涵蓋32個島嶼，遺址達91處。臧振華總結遺址的發掘成果，將澎湖的史前時代，區分為
粗繩紋陶、細繩紋陶、素面紅陶等三個文化時期；並且指出，
細繩紋陶文化期在澎湖史前文化之中，分布區域最廣、存在的時間也最長。
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在得到澎湖群島史前文化的分期之後，研究焦點轉換到
七美南港遺址的「石器製造場」。夏威夷大學的人類學家Barry Rolett曾與中央研究院合作，將臺灣西南部採集的
玄武岩石器進行X射線螢光分析，肯定
玄武岩石器並非臺灣西南部所產，而有可能來自於澎湖群島。
民國89年（2000）5月，臧振華與Barry Rolett合作，加上中研院地球科學研究所葉學文等人，推動「澎湖石材礦源研究計畫」，以進一步研究澎湖的史前文化。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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