菜園漁港位在
馬公南灣北側（
菜園里南岸），
民國71年（1982）縣政府利用離島計劃經費辦理新建防波堤兼碼頭118公尺，砌石路堤318公尺；
民國72年到73年再興建東、西、南防波堤兼碼頭約277.5公尺。
民國74年（1985）新建西防波堤兼碼頭35公尺、砌石堤209公尺，及浚挖泊地。
民國77年到84年再投資約4,200,000元，整修道路、拋放消波塊、加封堤面、修建護岸、曳船道，及填築新生地0.7公頃等改善工程。
民國89年到90年則進行港區設施粉刷工作，包括堤面、階梯及岸壁等，現在有水深1公尺的南碼頭102公尺、水深1.5公尺的東碼頭78.5公尺、水深2.5公尺的西、北碼頭196公尺，合計376.5公尺，泊地約0.9公頃。港灣設施比
前寮、
石泉完善，可以供較大漁船避風，但是冷凍、加冰、加油等仍然都靠
馬公補給（行政院農業委員會漁業署2003：38）。
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文字引用｜
馬公市各里人文鄉土叢書。
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