舊名、別名｜港仔
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港子村原名港仔，名稱由來起源於本村離海不遠處的海中有一處很深的海溝名叫萬丈港，因此先民將附近的聚落取名港仔。
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本村先民自福建泉州、漳州、金門等地遷入定居。據《
澎湖紀略》記載可知，本村在
清領時期屬鎮海澳管轄，稱為
港仔社。
日治時期稱為鎮海澳港仔鄉，隸屬頂山澳務署管轄，之後行政區域屢有變動。戰後曾與
鎮海村合併，民國35年（1946）依村里設置的規定，脫離
鎮海村，獨立設村稱
港子村迄今。本村於民國63年（1974）實施社區建設，由政府及該村旅外人士共同出資建設，當地居民通力合作，使村容煥然一新。居民均半農半漁，因地理環境較差，旅居臺灣本島發展的居民為數不少。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷二）｜地理志》
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