明治34年（1901）設置「
馬公要港部」，作為日本帝國最南端的港灣，海軍的根據地，須解決軍艦停泊之問題，於是計畫為內港「
馬公港」及外港「澎湖港」進行改良。主要將工程分為兩期進行，第一期清除位於港內中央之暗礁、設置浮標及沿岸整理；第二期清除礁石外，將沿岸淺灘開發，設置艦隊停泊浮標。港口整備工程完成，澎湖港可停泊船隻3萬5千噸20艘、1萬噸20艘，
馬公港可停泊1萬噸5艘、2千噸13艘、500噸4艘。可見澎湖經港口整備工程後，港灣條件之優良，提供日本海軍作為北往南進的重要港埠。
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文字引用｜澎湖縣
歷史建築馬公水道貯水隧道修復及再利用計畫
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1901年（明治34）海軍省決定於澎湖設立
要港部。4月19日，由海軍大臣山本權兵衛報請總理大臣，將
要港部編制送交內閣會議審查，於4月26日，內閣會議通過
馬公要港部設置案。7月2日，明治天皇以勅令第140號規定澎湖島
馬公為「要港」，並訂定其境域，依據當時的〈
要港部條例〉規定，各要港設置
要港部，而其名稱以該要港所在地之地名冠稱，因此稱為「
馬公要港部」，並成為日本帝國最南方的軍事港口。
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在編制方面，
要港部隸屬於鎮守府管轄，其任務為負責要港的防禦守備，以及軍需品的配給和艦船兵器的小規模維修。
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其後
要港部定員與水雷敷設隊為分開計算，在
1905年（明治38）馬公要港部本部人員編制表中可見，在職員上，隨著編制的改變而增加知港事一職。在各職務上，相較於之前的定員，可見大部分的職務均有增加員數，顯示由於前表為最早設置時期的定員。因對此地無實際執行行政業務的經驗，因此最初僅能以假設的方式來決定定員數。後至
1905年（明治38）時，因行政經驗已經充足，所以相對的會增加其定員數。從下表的發展也可看見，
馬公要港部的定員均小幅度的增加中，呈現該機構在隨者機關的健全下，而增加相對應的人員。
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馬公要港部設置後，組織編制依〈
要港部條例〉規定歷經數次修改：如
1905年（明治38），要港因應必要時，設置驅逐隊與潛水艇隊。翌年，修改為必要時設置驅逐隊、艇隊、敷設隊，並附屬潛水艇隊；配置相關機關官、軍醫官、主計官、兵曹長同相當官、准士官下卒等人員。
1909年（明治42），將潛水艇隊修改成水雷母艦與潛水艇隊，增加水雷母艦，惟
馬公要港部並無設置水雷母艦。
1912年（大正元），
要港部設置病室，以為患者診療。
1923年（大正12），頒佈〈
要港部令〉，並規定增設港務部，掌理所管警備區之防禦及警備，兼理軍需品之配品；增設軍需部，掌理關於軍需品之配給事項；增設工作部，掌管艦船及兵器工作之相關事務；另設置病院，掌理關於患者之診療及諸般衛生檢查事項。
1928年（昭和3），
要港部除負責所管警備區的防禦及警備外，再增加負責出師準備等相關事務；並設置經理部長，承海軍大臣之命，監督會計事務。
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而在隸屬關係上，第三海軍區以佐世保鎮守府為中心，然如前述所言，由於內閣給予臺灣總督的委任權力，因此
馬公要港部在隸屬上，與前述的
馬公水雷敷設隊一樣，均是屬於雙重領導，即軍政系統的部分受佐世保鎮守府司令長官的管轄，軍令系統則受臺灣總督的區處，而非一般
要港部，受其所在地之鎮守府指揮。臺灣總督府海軍幕僚在
馬公要港部成立之前，編制最多可達10名，但
要港部設置後，相關人員配額由
馬公要港部取代，所以軍官人數僅剩下2名，此一現象一直到
1919年（大正8）臺灣總督改制為文官體制為止。當時，以另設置臺灣軍司令官來管轄全島陸軍的相關事宜，以
馬公要港部來管轄全島的海軍相關事宜，
要港部司令不再隸屬於臺灣總督及新設的臺灣軍司令部，而是回歸海軍省直接管轄。
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要港部設置水雷敷設隊與水雷艇隊，其任務與職員依水雷團條例之規定，但以司令官代替水雷團長之職權。然而就
馬公要港部而言，初期僅編制水雷敷設隊而已。
1902年（明治35）有小幅度的修改。後至
1913年（大正2）廢除〈水雷團條例〉與〈敷設隊條例〉，將其改編為防備隊，設置防備隊條例。總結其主要之任務，為負責軍港或要港之海面防禦，以及掃海事務。
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表5-6為
馬公要港部司令官職官表，前後共36任。就官銜的比例來看，
馬公要港部司令官為中將（16任）或少將（20任）缺，就比率而言少將者居多。其次，就任職期間來看，明治期主要以中將任此職務者居多，係與日俄戰爭有關，顯示其隨著國家戰略的因素，而影響該職務之派遣。至大正期間，則因國家整體戰略以北進為主，故多以少將任此職務，不過在大正初期曾有以中將任職者，其緣由應與當時為第一次世界大戰，
馬公要港部曾因其地理位置而戒嚴過，因此在武官的任職上，必然是派遣中將駐守此地。昭和期間，在
1938年（昭和13）以前多以少將任此職，係與華盛頓與倫敦兩次裁軍會議相關，導致海軍省長期所提倡的南進論受挫，且因工事建構被裁軍會議所限制，使其重要性降低，故多以少將擔任司令官。昭和期中、後期，由於已經進入戰爭時期，澎湖軍事地位又再次受到重視，因此必然派遣大員駐守，所以此時皆為中將任
馬公要港部司令官。
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另外，就經歷而言，從首任司令官上村正之丞開始，就呈現所謂的水雷經驗，即是
馬公要港部司令官多有擔任過水雷隊或水雷團職務的經驗。而最終職務上，有超過一半以上的司令官都是待命或轉為退休，不然就是閒職的將官會議議員，然後退休，不似旅順或舞鶴
要港部的司令官，多是往上升遷而非退休。
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文字引用｜增修澎湖縣志（軍事志）
知識建檔｜2026-06-30。知識更新｜2026-07-31 
