從歷史資料來看，澎湖的村里自治體系與村廟的管理體系似乎存在一種互相滲透的關係。一方面清政府建立的保甲制度，在澎湖的村里中變成村廟轄域之下責任區的分劃，另一方面村里的自治與公約依賴主神在冥冥中的監督，方得以受到村民的尊重與履行。源自行政區劃的澳甲制度，在宗教及社會、經濟等層面發揮甚大的影響力，此一現象是澎湖研究者難以忽略的，陳憲明及林文鎮即簡明地指出：
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澎湖自清代到日治初期的行政區都有澳、鄉（社）、甲等階層系統，所謂的「鄉」或「社」，相當於現在的村，一個澳包含好幾個鄉，鄉內鄉民再自己區分成幾個甲（或稱甲頭），像內垵甚至還多到八個甲。每一個鄉都有一座公廟來做為鄉民的信仰及社區認同的中心。鄉內的共同事務都委由「鄉老」（又稱為「老大」）來共同處理，「老大」由鄉（社）內各甲頭一定歲數（大多是50歲）以上的男人輪流擔任。共同處理的重要事情有廟產的維護、神明的祭祀事宜、無人島紫菜的採集與管理（如
鳥嶼、赤崁等）、沿岸漁場使用權的分配，以及島民糾紛的調解等，居民很少有異議。
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相關細節請參閱｜甲頭與鄉老、村廟經濟功能與村廟社會功能等三項資訊。
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