赤崁地下水庫為全臺灣唯一的1座「地下水庫」，「地下水庫」係採地表下儲水，即興建地表下深數十公尺的連續壁截水牆，攔阻地下水的流失，進而達到將地下水儲存於地下含水層的目的，故有別於常見的在地表興建大壩以攔蓄河川水源的儲水方式。地下水庫的設置有其必備的條件，諸如：設置地點必須年
雨量高、屬沙質
土壤沖積平原或台地、集水區地表有林木茂盛的森林等等。一般而言，年
雨量高且屬砂質
土壤的沖積平原或台地，由於透水性高，入滲
土壤的水量大，地下水資源十分豐沛，森林地區林木茂密，除可增加地表之窪蓄容量外，並可減低地表水流的速度，避免逕流集中與地表沖蝕，增加水分入滲之機會，達到涵養水源的目的，形同一座天然的水庫。依地下水水流方向興建地表下數十公尺深，不足1公尺厚度的連續壁截水牆後，水庫開始發揮攔蓄地下水的功能，經過設置的淺水井、深水井抽水運作後，即可供應民生用水、灌溉用水所需的水源。
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赤崁地下水庫，位於
白沙鄉赤崁盆地之北端近海處，
赤崁盆地之地型呈扁U型狀，地下水庫之建造係利用盆地之U型開口處，興建深距地面約25公尺、長825公尺、寬0.55公尺之截水牆，截水牆為皂土結構，截留地下水使之不流入海洋，並防止海水之滲透污染水庫地下水源。集水面積為2.14平方公里，範圍包括煙墩山、
後寮、
上瓦硐、
小赤崁、
赤崁之稜線為界。水庫集水區有
203號縣道貫穿。蓄水量含水層總體積約為65萬9,000立方公尺。地下水庫於
民國74年（1985）7月24日動工，至75年
（1986）8月底竣工，
民國76年（1987）11月正式啟用。啟用以來每日平均抽水量約為3,000立方尺（3,000CMD）。其中1,200立方尺（1,200CMD）供應農田灌溉，其餘送至
白沙海水淡化廠、成功海水淡化廠處理後，分別供應
白沙、
馬公地區飲用水之用。
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由於澎湖地區年
雨量平均僅960公釐，年蒸發量卻高達1800公釐以上，且無森林區域可言，故無豐沛
雨量及森林可以蓄涵、挹注地下水的功能，嚴格說來並不具備設置地下水庫的條件，因此
赤崁地下水庫啟用後，短短4年的時間，亦即自
民國80年（1991）起，就陸續發現有水質鹽化的現象。臺灣
自來水公司為了解並改善水質鹽化的問題，曾聘請學術機構進行調查，發現水質盬化的主要原因係超抽地下水，擾動地下水層中淡水與海水間的平衡，導致截水牆附近數口深水井遭海水滲透，淡水水質鹽化。學術機構建議應透過水位監測井，監測、控制水位，並避免超抽地下水，俾紓緩水質鹽化問題，延長水庫使用壽命。
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資訊來源｜重修
白沙鄉志
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