在
光緒21年（1895）時，清日雙方簽訂馬關條約，清廷將臺灣與澎湖割讓給日本。日本統治臺灣期間，地方行政區劃有過幾次變動，主要分成三個時期：縣制、廳制及州制。茲就澎湖地區在
日治時期的行政區劃沿革，作一敘述。
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（一）日本入台時期（
1895-
1896）
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日本在領台之初，受到臺灣各地義軍的抵抗，一直要到是年11月18日，在歷時5個月的軍事行動之後，樺山總督才正式回報「全臺平定」。此一時期，澎湖的行政區劃也呈現出旋設旋改的情形。
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一、澎湖列島行政廳（1895.3.23-5.21）：日本政府在馬關條約尚未定案前，於3月23日，派遣海陸軍攻佔澎湖，3月25日我軍戰敗。當日本陸軍步兵大佐比志島義輝率領軍隊登陸澎湖，占領
媽宮城之後，隨即在此地成立「澎湖列島行政廳」以海軍少將田中綱常任廳長一職，採取軍政方式來治理。不過，此一行政區劃僅為暫行之制，日本政府於
1895年5月21日公布總督府條例，規定總督府以下設縣及支廳後，此一行政區劃便重新修正。
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二、澎湖島廳（1895.5.21-1896.3）：日本政府在登陸臺灣本島之前，即於
明治28年（1895）5月21日公布總督府條例，該條例中規定地方行政區劃以縣及支廳為主。總督府於6月28日、7月3日公布相關地方行政法令；原將臺灣及澎湖劃分為三縣一島廳，後於8月時重新調整臺灣及澎湖的行政區劃，將全臺分為一縣二民政支部一島廳。不論是三縣一島廳或一縣二民政支部一島廳時期，澎湖的行政區劃名稱都一直維持為「澎湖島廳」。
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（二）縣制時期（
1896-
1900）
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明治29年（1896）3月，總督府認為臺灣情勢已漸穩定，遂在4月1日重新恢復民政；30
明治29年（1896）臺灣總督府所公布的法令中指出，其將地方行政區劃重新調整為三縣（臺北、臺中、臺南）一島廳（澎湖），每縣並下設支廳。在此時期，澎湖的行政區劃名稱依照政策的不同而有所變化，但是行政空間卻沒有改變過，茲將此一時期澎湖的行政區劃名稱變化敘述如下：
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一、澎湖島廳（1896.4-1897.6）：根據
明治29年（1896）總督府所公布的法令，將全臺劃分為三縣一島廳，澎湖地區的行政區域名稱仍然沿襲「澎湖島廳」。
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二、澎湖廳（1897.6.10-1901.11）：在
明治30年（1897）5月，總督府將臺澎地區劃分為六縣（臺北、新竹、臺中、嘉義、臺南、鳳山）三廳（宜蘭、臺東、澎湖），同時在各縣廳之下設置辦務署。同年6月在辦務署的轄區之下增設街、庄或社，以此制度為地方基層行政組織，並設置街、庄或社長以協助地方官員處理轄區事務。
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此一時期的澎湖隨著當時地方行政制度的變化，行政區名稱便改稱為「澎湖廳」。在本廳以下的行政組織名稱，則由原先的澳務署改稱為「辦務署」，計有
媽宮辦務署、
隘門（原大山）辦務署、
大赤崁（原頂山）辦務署、
小池角（原
西嶼）、網垵（原
八罩）辦務署。關於辦務署以下的聚落組織，乃於是年10月將社改稱為鄉，
媽宮則稱為街；然而此時的鄉、街並非一獨立的行政層級。
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明治31年（1898）時，總督府重新調整全臺的行政區劃，從原先的六縣三廳改為三縣三廳。在這次行政組織的調整中，澎湖地區仍然維持廳制不變但裁撤原先的5個辦務署，改以出張所為其下轄的行政組織。因此原先的
媽宮辦務署便改為由澎湖廳直轄，並在
隘門、
大赤崁、
小池角及網垵共設四個出張所。同年12月，原由澎湖廳所直轄的
媽宮地區，重新設置
媽宮出張所，
隘門出張所則改稱為
湖西出張所；至此澎湖廳共下轄五個出張所。在
明治32年（1899）7月時，澎湖下轄的
湖西出張所被併入
媽宮出張所，因此澎湖廳由原先下轄五個出張所又再次縮減為四個。
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（三）廳制時期（
1901-
1919）
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明治34年（1901）11月，總督兒玉源太郎重新調整地方行政區域，將之前的縣及其下轄的辦務署、出張所予以廢除；全臺的行政區域改為二十廳，各廳下轄支廳。當時澎湖廳下轄
大赤崁、
小池角及網垵三個支廳，原先
媽宮出張所的轄區則改由澎湖廳直轄。
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明治42年（1909）10月，佐久間左馬太總督再次調整地方行政制度，將原先的二十廳改為十二廳。總督府按照各廳的區域大小、治理的難易輕重等原則，將各廳分為三個等級，當時的澎湖廳是被列為第三等廳。在此次地方制度改革中，在各廳之下仍然維持支廳的層級。在各支廳之下則規劃成各區，各區並設區長，藉此輔助廳長施政。
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在此次的地方行政制度改革中，澎湖地區仍然維持廳制，其下轄
大赤崁、
小池角及網垵三個支廳；一共管轄十三區、一街七十九鄉。在
大正2年（1913）時裁撤
大赤崁支廳，
大正4年（1915）再裁撤
小池角支廳，至此時澎湖廳以下則僅剩1個網垵支廳。
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（四）郡制時期（
1920-
1926）
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大正9年（1920）田健治郎總督於9月重新修訂地方行政區域，將原先的十二廳改為五州（臺北、新竹、臺中、臺南、高雄）二廳（臺東、花蓮港）。在這次新的地方制度中，廢除各支廳，在州以下則設置郡及市；郡下則設街庄。
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澎湖地區在此次的地方行政制度調整之中，從原先的直屬於總督府的第一級行政，轉而被降格為隸屬於高雄州的第二級行政。此時的澎湖廳就變成高雄州澎湖郡，其下則設一街（
馬公街）四庄（
湖西庄、
白沙庄、
西嶼庄、
望安庄）。
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日本政府在治臺之初為了行政上的便利，在官方文書上多沿襲舊有的地名。然而在此次行政區域的調整中，將舊有的地名配合行政區域一併調整。就澎湖地區而言，原先的
媽宮則改為
馬公，同時其所調整街庄轄區及名稱，延續到戰後初期澎湖的地方行政區劃。
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（五）廳制時期（
1926-
1945）
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大正15年（1926）總督府有鑑於澎湖的行政機關與當時的
馬公要塞司令部關係密切，也為了因應澎湖的發展與當地民眾的要求，於是在該年7月，將原先隸屬於高雄州的澎湖郡提升其行政層級，獨立成澎湖廳，下轄
馬公支廳及
望安支廳，街庄行政區劃則未變動。
昭和19年（1944），最後一任澎湖知事
大田政作將原先隸屬於
望安庄的
大嶼劃歸成新的行政區，增設
大嶼庄。
昭和20年（1945）8月15日，日本宣布投降時，澎湖廳一共下轄二支廳（
馬公、
望安）、一街（
馬公街）及五庄（
湖西庄、
白沙庄、
西嶼庄、
望安庄、
大嶼庄）。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷四）｜政事志》
知識建檔｜2017-10-31。知識更新｜2019-09-24
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