1896年（明治29）3月，屬臨時編制的
佐世保水雷隊臨時敷設部裁撤，改成專責的水雷敷設隊，稱為「佐世保水雷團
馬公水雷敷設隊」，隸屬佐世保鎮守府管轄，屬日本第三海軍區的範圍。
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該機構在隸屬上，呈現雙重領導之現象。由於臺灣總督府統治初期地方反抗勢力不斷，因此內閣給予臺灣總督軍事委任權。同時，臺灣總督府條例也規定，臺灣總督管轄臺灣島與
澎湖群島，統帥管轄區域內的陸、海軍。所以導致
馬公水雷敷設隊在隸屬上，軍政教育與人事方面，是受佐世保鎮守府司令長官的指揮，至於出兵作戰則受臺灣總督的指揮。
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首任的
馬公水雷敷設隊司令，係由原本水雷隊臨時敷設部司令的荒木亮一少佐轉任，其於
1896年（明治29）5月14日上呈臺灣總督府，告知水雷敷設隊事務辦理交接已經完成。
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馬公水雷敷設隊的總員額雖比臨時敷設部多11名，但軍士官的組成並無太大差異。但如與同屬佐世保水雷團轄下的佐世保、長崎兩支水雷敷設隊相比，
馬公水雷敷設隊的人數則遠多於只有65名軍士官兵的佐世保和長崎水雷敷設隊，且兩隊皆僅有主要幹部和水兵與機關兵，而無其他相關後勤事務的兵員。究其因，應與
馬公地處團本部（佐世保）極遠之處，因此相關機構組成才會如此齊全。
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1897年（明治30）11月，海軍省再調整
馬公水雷敷設隊總員數至134名，且主要幹部也與之前的編制有較大的不同，如司令從原來的少佐銜缺提升為中佐銜缺；3名大尉分隊長也提升1名為少佐銜缺；並增加中（少）軍醫、中（少）主計、兵曹長（上等兵曹）各1名。至於在士官兵方面，大幅提昇水兵與機關兵的編制額度，前者從33人增為50人，增加幅度為51.5％；後者從23人增為33人，增加幅度為43.47％。之後，編制定員的架構大致均屬微調。
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至於部隊的實際員額情形，目前各月現狀報告保存於日本防衛省防衛研究所戰史研究中心史料閱覽室，但保存的史料僅從
1897年（明治30）4月開始，直至
1907年（明治40）12月。從相關史料中可知，
馬公水雷敷設隊大部分的月份都非滿編，但大都在個位數左右。
1898年（明治31）1、2月是缺員最多的月份，係因
1897年（明治30）底大幅增加水兵與機關兵的員額，但是在澎湖服役的軍人，皆非臺灣人民與本地人，而是要從日本國內所屬海軍區中等待徵募的員額到達，並且還要等待運送兵員的船班，因此導致一時無法補齊兵員。然而該年正處美西戰爭爆發之際，因此缺員狀況後續幾個月就已快速的補充。
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表5-3為佐世保水雷團
馬公水雷敷設隊司令職官表，前後共有5任。就籍貫而言，都是現今關西以南的縣市。就任前的經歷多是從各水雷團轉調而來，首任的荒木還是原本的
佐世保水雷隊臨時敷設部司令，從
1895年（明治28）8月接替遠藤增藏以來，即在負責
馬公港的防禦，因此改設為
馬公水雷敷設隊時，其即續留原地擔任首任司令。至於離職之後的出處，對照前後任的職務，通常是互調的狀況，而任期也大多是一年多左右。
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文字引用｜增修澎湖縣志（軍事志）
知識建檔｜2026-07-31 
