扶鸞是善堂最重要的活動，因此善堂的組織也是以分擔扶鸞的任務為主。扶鸞的工具昔稱「木筆沙盤」，即是以一呈Y字形的桃枝，在其尾端加綴一小截柳枝為筆頭，扶鸞時意識進入恍惚狀態的正鸞手以右手扶桃枝之左杈，意識清醒的副鸞手則以左手扶右杈，助正鸞手穩定木筆；神靈降壇時木筆即能在神案上之沙盤寫字，以傳神意。惟近年大多數
鸞堂都改用帆布為乩盤，以免除須不斷拂去沙上文字之勞。
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正鸞為鸞壇的靈魂，心須選擇品德端正，體格強壯者，教育程度之高低則未限制，為取信信徒，在可能的狀況下，甚至故意選擇不識字者充任。獲選之人必須具有堅定的信心，強烈的學習興趣，才能學成。但有人雖具有上述條件仍不能學成，信徒咸認為這是與神無緣之故，但大多認為「元靈」比較弱，八字較輕者易訓練成功，而元靈強、八字硬，或命中帶魁罡者不易訓練成功。正鸞手人選通常由堂主推荐，立誓受訓成功後，願終身為神效勞。正鸞手須經過前輩鸞手的訓練，訓練過程須歷七七四十九天，由本廟主神「上稟金闕」，頒發開訓日期，並指定「教鸞童子」（傳說「南天」有一「教鸞團」）。隨即安置教鸞童子神位，開始訓練，受訓期間要持齋吃素，但並不閉關，白天照常工作，晚間不得回家，必須前往寺廟內學習靜坐、唸咒、讀經，務必清心寡慾，清除濁氣，上天的神靈才會降臨，快者一週，神靈就會投其身，慢者半年才會投身。訓練時先教導其他堂生誦唸降神咒，受訓者在咒語聲中慢慢有所感應，最初階段身體及手持之乩筆僅有微弱的晃動，以後依訓練的進展，乩筆之動作逐漸加大，又進步至乩筆開始在乩盤上繞圈，再逐漸能夠書寫完整的字、句；期間訓練者依狀況密授其修練心法，以至於成。原則上訓練半年不成功，則予放棄。否則會神經失常。正鸞若不守堂規（例如破戒飲酒），會遭神罰，在扶鸞時以桃枝柳筆自擊頭部。
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新鸞手訓練成功後，從此可以脫離「師父」，自行在乩壇中宣示神諭。擁有鸞手的善堂，可以透過鸞手乩筆著造善書，宣揚其宗教理念及推展其信仰。同時亦可開壇接受信徒的求問，為信徒解決疑難雜症。鸞手在臨壇時亦是由其他堂生在旁誦唸降神咒，神明才能附身，使其進入恍惚狀態，開始透過乩筆的書寫，傳達神明的旨意。
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澎湖的信徒對於正鸞生之要求較嚴，咸認正鸞必須進入無意識狀態，神靈才會投入其身，傳達神明的旨意。如正鸞意識維持清醒，在出乩文時難免加入己意，假傳神旨，偽言惑眾。故以信徒在正鸞背後，口中默念請示事項，而正鸞能飛鸞正確示覆信徒所請示之迷津者，視為真正的神明替身。加入善堂的婦女一律都稱信女，僅能參加聚會，並無特別的職務負擔；加入善堂的男性稱為堂生，僅有男性的成員能在扶鸞時有專司的職務。堂生的職務分配除正鸞手之外，大都配合其人之專長，通常識字者可充唱鸞、錄鸞等職，不識字者可充副鸞、請鸞等，口才良好者可充宣講，依適才適性原則擬派適當職務，然後「稟報」神明核派，據說神明所指示的也大都能符合個人之興趣專長。
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善堂的組織隨著時代的不同而有若干變更，例如澎湖成立最早的
一新社樂善堂，創堂時因司全廳性的宣講工作，故組織甚為龐大，設董事兼堂主、知客生、正鸞生、幫鸞生、副鸞生、唱鸞生、錄鸞生、迎禮生、行禮生、謄錄生、請鸞生、效用生、督講生、司講生、宣講生、助講生等十六個職位。現今該堂已不再做全縣性的宣講工作，組織縮小，僅設堂主、副堂主、正鸞生、副鸞生、唱鸞生、錄鸞生、請鸞生、司香進茶生、效勞生、宣講生等十個職位而已。
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民國58年（1969）成立之三官殿自新社三善堂則設正堂主、副堂主、總理堂務、督理堂務、監理堂務、副監理堂務、副總董事、協理堂務、佐理堂務、正鸞生、副鸞生、總校正生、督唱錄生、唱鸞生、錄鸞生、謄錄生、司香進茶生、司香迎送生、效勞生、宣講生等二十種職位。
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基本上除領導全堂的堂主及正鸞手與副鸞手外，扶鸞時必須有唱鸞生在鸞手之側，高聲唸出鸞手所書之乩字，錄鸞生則聞聲下筆，將神意逐字錄下，其餘的職位則可依各堂之善信人數自由增減。全澎湖最興旺的善堂
馬公南甲海靈殿兼善堂目前已經摒棄傳統的善堂組織型態，而另立新規。該堂的組織是以「七子」為核心，及堂主、副堂主，以及內堂、外堂、普善、總務、企畫主務各一人，七子再指定十二部、三團、三會之召集人；十二部是鸞務部、濟世部、司禮部、祭典部、宏道部、慈善部、堂籍部、庶務部、出納部、會計部、編審部、交誼部；三團是文康團、誦經團、服務團；三會是堂務研究會、集鸞聯盟會、訪道勵善會。
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從上列組織可得知兩種現象：其一，澎湖善堂的組織，舊有者由於機能縮小，由繁而簡，而新設者由簡而繁，其原因可能係入堂者日眾，而且參與意願較前為高，為了堂務發展及滿足成員的參與意願，乃盡量分派適當職務，以維繫其向心力。其二，組織隨實際需要而適當調整，
一新社樂善堂成立時，必須派人到澎湖各地宣講，乃有督講生、宣講生、助講生等之設置，其後不再做是項工作，已裁去督講生、助講生等。自新社僅在堂內對信徒宣講，所以自始即僅設宣講生。
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文字來源｜續修澎湖縣志（宗教志）
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