明朝末年在流寇以及滿州人的入侵之下，致使政府無暇顧及澎湖，此時的澎湖可以說是幾乎重新成為荷蘭的屬地。明
永曆15年（1661）時，鄭成功決意進攻臺灣，以作為反清復明的根據地。是年2月（農曆）鄭成功率兵駐紮於金門，且命鎮守於澎湖的遊擊洪暄為軍隊的前導；3月時由料羅灣出兵，經澎湖前往臺灣。當鄭成功攻克臺灣之後，即仿明制將臺灣規劃成一府二縣；澎湖在此時僅派駐軍隊，並未規劃成單獨的行政區。
永曆18年（1664）時，鄭經在洪旭的建議之下，在澎湖設立營壘，同時有鑑於澎湖地位的重要，增設安撫司加以治理。
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文字引用｜續修澎湖縣志（卷四）政事志
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明末流寇與滿清的入侵下，致使中國政府無暇顧及澎湖，名義上屬於大明帝國行政區域的澎湖，實質上卻成荷蘭人的屬地。雖然
永曆15年（1661），鄭成功因採納部下意見，決議以臺灣為反清復明的根據地，而於該年農曆3月出兵料羅灣，經澎湖前往臺灣。但在攻克臺灣後，除規劃臺灣本島為臺灣府、天興州與萬年州外，對於澎湖則慬派駐軍隊實行軍治，卻未規劃成單獨的行政區。直至
永曆18年（1664），鄭經在洪旭的建議下，在澎湖設立營壘，並鑑於澎湖地位的重要而增設澎湖安撫司，以管轄整個澎湖行政區。至此澎湖與臺灣從原本互不相隸屬的獨自空間，藉由行政區域的連結，而產生互為一體的政治實體脈絡，澎湖從此併入與臺灣共同形成行政區域，但此時仍是對等的行政層級。
康熙22年（1683），因施琅率軍於澎湖一役擊敗劉國軒，導致鄭克壞在馮錫範等人的建議下投降清廷，結束澎湖安撫司在澎湖的統治。
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文字引用｜
湖西鄉志（上冊）
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鄭成功起兵於福建，遙奉桂王為正朔，矢志抵抗清軍。
永曆5年（順治8年，1651）以後，鄭成功控有包含澎湖在內的東南沿海區域為其根據地。
永曆13年（順治16年，1659）7月，金陵之役失敗後，鄭氏控制區域縮小至僅剩金、廈兩地，處境岌岌可危。翌年，雖擊退來犯的清將達素，然面臨捲土重來的清軍、籌糧不易與家眷安全顧慮等因素考量下，決定攻克臺灣，以為反清復明的根本之地，進而生聚教訓以免後顧之憂。22
永曆15年（順治18年，1661），鄭軍從料羅灣出發，3月24日（4月22日）抵達澎湖，27日（4月25日）前往臺灣，雖在
東吉嶼海面遇風而返澎，但仍於4月初至大員。5月，改
赤崁地方為東都明京，並規劃全臺為臺灣府，下轄天興與萬年兩縣。當時澎湖為臺、廈間的中繼補給站，軍事戰略地位極為明顯，雖無明確史料記載當時澎湖是否設官治理，但從鄭氏寓兵於民的政策，以及澎湖為其門戶與保障的軍事地位，可以推論澎湖區域應採軍治，而未規劃成單獨的行政區。
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永曆16年（康熙元年，1662）鄭成功逝世，其子鄭經尚在廈門，在渡臺平定內亂後，鄭經改制行政區劃，「改東都為東寧，二縣為二州，設安撫司三：南、北路，澎湖各一」，由於鄭氏治臺實以軍事體制的「招討大將軍」為其名義發號施令，故設置澎湖安撫司來管轄整個澎湖行政區，採寓兵於農的軍事社會結構來管理澎湖先民。
永曆18年（
康熙3年，1664），金、廈等處被清兵所破，鄭軍喪失中國沿海據點，僅剩臺、澎兩地，澎湖變成鄭氏在抗清戰爭中的最前哨。至此澎湖與臺灣從原本互不相隸屬的獨自空間，藉由行政區域的連結，產生互為一體的政治實體脈絡，澎湖從此併入臺灣與其共同組成行政區域，不過此時仍是對等的行政層級。至於最基層的聚落，雖因史料欠缺而無法得知，然從成功平台過程中，曾有「時吊（調）集各澳長追取接給」之舉動，顯示當時澎湖各聚落採行「鄉治」，由各澳自行管理，
望安地區亦是如此。
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文字引用｜望安鄉志（上冊）
知識建檔｜2017-11-11。知識更新｜2026-08-07
