康熙23年（1684）臺灣納入清朝政府版圖以後，
澎湖群島的地方行政層級便從原先直接隸屬於大陸地區的行政區，轉為隸屬於臺灣行政層級中的一環，但仍屬福建省。
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（一）巡檢司時期
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清聖祖將臺灣收歸版圖之後，將臺灣劃歸為福建省管轄，並於該地設一府三縣，澎湖屬於臺灣縣轄下，設巡檢司；另外增設道員及總兵以資防守。管轄的區域則包含
澎湖群島全部的自然地理區。
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（二）澎湖廳時期
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澎湖向為臺灣的門戶，不論是稽查海船、監放軍餉及其相關的錢糧倉儲，皆為澎湖巡檢的責任；但因巡檢位輕責重，於
雍正5年（1727）裁撤澎湖巡檢司，改設糧捕海防通判於此地。自此終清一代，澎湖的行政層級從原先附屬於臺灣縣的巡檢司，提升為與縣同級的澎湖廳。澎湖設廳以後，行政層級與轄區便無所更改，迄
光緒11年（1885）臺灣建省之後，原先的臺灣府裁撤，改設臺南府，因此便改稱為臺南府澎湖廳。在武官方面原設副將，建省後設澎湖鎮總兵。清廷曾考量應將澎湖鎮總兵劃歸福建省或臺灣省管轄，後因光緒帝認為「澎湖為由閩赴台要隘，阨紮勁旅，認真操練，方足資緩急。該處地方若由臺灣巡撫管轄控制，自更得宜；並著詳細議奏。」經閩浙總督楊昌濬與臺灣巡撫劉銘傳面商後才決定將澎湖鎮總兵納入臺灣省的管轄。
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文字引用｜續修澎湖縣志（卷四）政事志
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歷經
康熙23年（1684）棄臺與保臺的討論後，清朝決定將臺澎地區納入中國政府的版圖中。在行政區上，台灣地區設置臺灣府，隸屬於福建省管轄，並下轄諸羅縣、臺灣縣和鳳山縣等行政區，澎湖地區則承襲明朝的作法仍在此地設置「臺灣縣澎湖巡檢司」。但不同於
明鄭時期的對等地位，清代澎湖行政區域不僅納入臺灣的行政區域中，更轉為隸屬於臺灣行政層級中的一環，屬於臺灣縣管轄下的附屬層級。根據台澎最早方志《臺灣府志》之記載，清治初期的巡檢司衙門設於本鄉
紅羅村，
康熙33年（1694）之前則已遷至
暗澳（東文里 西文里）（今
馬公市西文里）。
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康熙60年（1721）臺灣發生朱一貴事件，導致澎湖的軍事地位相對比臺灣本島還重，因此於事件平息後，有地方官提出將武職中臺灣鎮總兵移澎的主張。雖然在總兵藍廷珍與其幕僚藍鼎元〈論臺鎮不可移澎書〉的強力反對下而作罷，但部分官員已重新思考文職上的從九品巡檢司，是否能擔當做好穩定臺灣監控站的角色。此一議題經地方官員討論後，至
雍正4年（1726）做出決議，時任福建與浙江行政區的最高首長閩浙總督高其倬，認為巡檢司並無法擔此重任，所以必須賦予澎湖官員更大的權力，因此於該年農曆11月18日（12月21日）上奏〈浙閩總督高其倬懇請移駐道員改設通判摺〉，奏摺中明言：
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竊查福建形勢，臺灣最為緊要，而廈門、澎湖係其咽喉鎖鑰之處。⋯澎湖地方既駐一協之兵，又為過臺必經之要地，亦甚有關係。⋯澎湖又僅有一巡檢微員，而與副將對掌文武之任，司監放糧餉、稽查偷匪，愈覺輕微，均難資彈壓辦理之益。⋯臣愚昧之見，⋯澎湖之地，臣請添設臺灣府通判一員駐紮管理，而將巡檢裁去，似於監放、巡查諸務有益。除臣另行繕疏具題請旨外，謹將情節繕摺奏聞（硃批：措置甚屬妥協，具題到日有旨）。
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據此清朝於
雍正5年2月17日（
1727年3月9日），從閩浙總督高其倬之請，添設臺灣府通判一員駐紮澎湖，並裁澎湖巡檢一員，設置「臺灣府澎湖糧捕海防廳」，將以前需由臺灣知縣負責的事務，如錢糧等事項交由澎湖自行處理，並管轄整個
澎湖群島的行政區域，以達到足以「彈壓海疆」的效果。
光緒11年（1885）臺灣建省後，裁撒原本的臺灣府改設臺南府，
澎湖群島的行政區劃也隨著轉移，改稱為「臺南府澎湖廳」。
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至於在基層的地方聚落行政管理上，無論是初期的巡檢司或是雍正以後的糧捕廳，均為清代
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「官治」在澎湖地方行政管理機構的最基層單位，在其之下則為「鄉治」的地方自治單位，官方基本上是由其所指定的代理人或民間團體施行地方自治。官治之下的鄉治次級單位稱為「澳」，初期分為東
西衛、
林投、奎璧、
鼎灣、
瓦硐、
赤崁、
鎮海、
西嶼、網垵等澳，各澳中再包含若干的社。
雍正5年（1727）時，鑑於轄下人口繁衍，而將澎湖廳原有之9個次級單位「澳」，再析分出
嵵裡、
通梁、
吉貝（吉貝嶼 吉貝村）與
水垵等4澳，總計當時澎湖共分13澳75社的行政區劃。
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此一鄉治的澳社制度一直持續沿用至清末，但在行政區劃名稱卻有些改變，雖然清末的《
澎湖廳志》（
光緒19年刊行）對各聚落仍稱為社，但從
光緒12年（1886）的契約文書（文書第24號）及《臺灣地興總圖．澎湖廳圖》的記載中，可知清代晚期本地聚落不僅稱為某某社，亦有稱為「某某鄉」，鄉與社同時成為澎湖聚落的稱謂。另外，在各社名的書寫稱謂上也有所改變，如清初稱之的「
奎璧港」聚落，到清中葉以後逐漸普遍改為「
南寮」聚落，不論是官方志書的證據，從《
澎湖續編》開始就有稱之，《
澎湖廳志》更是直接將其澳社納入澳社名稱，7或是契約文書與
北寮村許姓族譜等私人記載，皆是如此；而原本在乾隆中葉稱為
上鼎灣、
下鼎灣、
鼎灣頭的聚落，在道光至咸豐間，聚落名也改稱成
西寮社、
鼎灣社與
中寮社。
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文字引用｜湖西鄉志（上冊）
知識建檔｜2017-11-11。知識更新｜2026-05-30 
