康熙23年（1684）臺灣納入清朝政府版圖以後，澎湖群島的地方行政層級便從原先直接隸屬於大陸地區的行政區，轉為隸屬於臺灣行政層級中的一環，但仍屬福建省。
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（一）巡檢司時期
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清聖祖將臺灣收歸版圖之後，將臺灣劃歸為福建省管轄，並於該地設一府三縣，澎湖屬於臺灣縣轄下，設巡檢司；另外增設道員及總兵以資防守。管轄的區域則包含澎湖群島全部的自然地理區。
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（二）澎湖廳時期
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澎湖向為臺灣的門戶，不論是稽查海船、監放軍餉及其相關的錢糧倉儲，皆為澎湖巡檢的責任；但因巡檢位輕責重，於
雍正5年（1727）裁撤澎湖巡檢司，改設糧捕海防通判於此地。自此終清一代，澎湖的行政層級從原先附屬於臺灣縣的巡檢司，提升為與縣同級的澎湖廳。澎湖設廳以後，行政層級與轄區便無所更改，迄
光緒11年（1885）臺灣建省之後，原先的臺灣府裁撤，改設臺南府，因此便改稱為臺南府澎湖廳。在武官方面原設副將，建省後設澎湖鎮總兵。清廷曾考量應將澎湖鎮總兵劃歸福建省或臺灣省管轄，後因光緒帝認為「澎湖為由閩赴台要隘，阨紮勁旅，認真操練，方足資緩急。該處地方若由臺灣巡撫管轄控制，自更得宜；並著詳細議奏。」經閩浙總督楊昌濬與臺灣巡撫劉銘傳面商後才決定將澎湖鎮總兵納入臺灣省的管轄。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷四）｜政事志》
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