日人鑑於初領臺時，士兵患疫甚或病死者為數眾多，因此在軍政結束後，致力於醫療衛生設施的建置，先是在各地設立醫院，後再開辦醫學教育。在衛生行政的建置方面，除在總督府設置衛生課做為中央衛生行政機關，還成立「中央衛生會」以及「臺灣地方病及傳染病調查委員會」。前者為衛生事務評定機關，後者專責全臺灣的衛生調查，並將調查結果作成報告書，做為政府建置衛生設施的參據。日人亦制定醫事管理規章，規定醫療從業人員須領有執照始可開業；然為能普及醫療資源，亦准許限地開業醫於偏遠地區執業。另外，又公布公醫規則，以分派醫師到指定地區從事醫療服務和衛生管理等事務。對於傳染病的防治工作，日人更是積極辦理，除了公布各類傳染病預防令，制定法治傳染病，發布各類傳染病防遏辦法以外，還施行船舶檢疫規則，發布種痘施行標準，以及清潔法。此外，又施行污物掃除規則，公布飲食物暨其他物品取締法，建設自來水管道並重新規劃市場、屠宰場和墓地、焚化場。從衛生行政的建置，醫療管理辦法的制定，疾病防治的確實執行到環境衛生的積極改善，
日治時期，當局不但成功撲滅幾種傳染病疫，對於臺澎地區醫療衛生環境的改善，也有顯著的成績。
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臺灣的衛生行政始於
日治時期，制度上分有中央與地方兩個層級。而地方上的衛生行政事務除有地方行政機關負責辦理外，還有非正式官吏的公醫制度，專責偏僻地區的醫事衛生管理。
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一、行政組織系統
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日治初期，因實行軍政，有關醫事衛生方面事務都由陸軍軍部主管。當時尚未有劃分中央與地方組織，總督府只在各地成立民政部支部作為臨時派出的辦事處。臺灣地方官制的施行是在日人領臺後的第二年（昭和29年、1896）才開始的。地方官制實施後，歷經幾次的改訂，直到
大正9年（1920），全臺分為臺北、新竹、臺中、臺南、高雄5州以及臺東、花蓮港、澎湖3廳後，各地方行政機關的編制才就告底定。各州辦理衛生相關事務的機關為隸屬警察部的衛生課，各廳的衛生行政則是由警務課置衛生係（科或股）掌理。澎湖廳衛生係內置警察醫，後改稱衛生技手（技士），另有衛生吏員、囑託、巡查、雇員等；係長則由警部充任。警察醫主要辦理傳染疾病的預防，兼辦簡單法醫事務，此外，也佐理衛生行政。在警政課衛生係編制外，另有受政府任命的公醫，依廳命分派鄉間各地，負責當地衛生行政及醫事管理。
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二、衛生經費
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日治初期，臺灣地區所有支出都是由日本國庫支應，直到
明治31年（1898），才開始實施地方稅制。
明治35年（1902），臺灣分為3個地方費區，由各地方稅收撥支負擔的衛生經費包括公醫費，傳染病預防費，驅黴費（消毒費），水井、水溝、污水清除費，屠獸（屠宰）檢查費，衛生品檢查費，水道（自來水）費等；地方財源如有不足，傳染病預防費一項，則可由日本國庫補助。然傳染病防疫所需經費極為龐大，日治時曾幾次列入國庫支出項目。為撲滅鼠疫，
明治36年（1903），當局在一般衛生費外，將鼠疫防遏費及相關經費列入日本國庫開支項目，迨
明治41年（1908），鼠疫撲滅時才停止。翌年，日本國庫又將傳染病地方費及地方病，傳染病調查費列入開支項目，迄
大正5年（1916）才廢止，另置衛生調查費項目；該項目於
大正10年（1921）時，又含括保健調查費。
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臺灣地方費區因地方制度改變，於
大正9年（1920）廢止，各州、廳、市、街、庄等新地方團體成立，經濟上亦各為獨立主體。各地歲計在地方稅開支部份都列有衛生相關經費，日本國庫則補助各州1/3的傳染病及瘧疾防遏費。3而各州市街庄開支，經常門項目有公醫費、傳染病預防費、瘧疾防治費、傳染病院費、撤水費、清掃費、屎尿處分費、自來水費、污物掃除費和其他衛生諸費；臨時門則有傳染病預防費、瘧疾防遏費、和其他衛生諸費等項目。
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除了有來自國庫及地方稅收的財源外，
日治時期另有一特殊衛生經費來源，即公共衛生費財團（基金）。其設置肇始於臺灣總督府在計畫建設自來水和改良下水道時，面臨經費困難，為籌措資金，於是採取民政長官後藤新平的建議，將諸項公共性質的事業，如食品市場、屠宰場及渡船等，劃歸市街庄公共經營；以徵收來的租用費設置公共衛生費財團，作為各臨時衛生設施的補助經費。為增加事業資金，當局曾二度擴大衛生費區，在
明治38年（1905）將原街庄小費區擴大以支廳為單位，
明治41年（1908）再改單位為廳制。另又借款，除為補助臨時污物掃除費及傳染病預防費的開支，主要用於諸項改良建設，包括市場改建，以及屠宰場、水溝、公共鑿井、簡易自來水、水井、墓地、火葬場、避病舍（隔離病房）和貧民住宅的改築。公共衛生費財團之後因地方制度改正，於
大正9年（1920）廢止，該項經費的設置對於臺灣公共衛生相關的基礎建設有不小的助益。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志｜衛生志》
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