明代承繼
元代的地方行政體制，在明初時仍然設置
巡檢司於澎湖一地，當時隸屬於福建省泉州府晉江縣。
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因為當時沿海地區有倭寇及海盜的侵擾，因此在明太祖洪武20年（1387）時，曾經實施過遷民墟地的「墟澎」政策。不過「墟澎」政策並未達到如期的效果，因為官方力量的撤離，使得澎湖一地反而成為倭寇、海盜及流民的聚集場所。明
萬曆22年（1594），在福建巡撫許孚遠的建議之下，在此地增設澎湖遊兵以資防守。遊兵並非常駐部隊，而是屬於洋面巡防部隊；其軍隊編制為850名，哨船20艘。主要任務為在洋面巡防時，必須專至澎湖汛守。
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當
荷蘭人入侵澎湖並且在
澎湖築城防衛時，明廷曾多次派兵將其驅逐。在明熹宗
天啟2年（1622）時，
荷蘭人入侵澎湖，當時的福建巡撫商周祚就曾明確的指出澎湖為
明朝的版圖，不容荷蘭人私自在此居留經商。
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天啟4年（1624），福建巡撫南居益派兵驅趕荷蘭人，重新掌握
明朝對澎湖的主權。
天啟5年（1625），明廷將澎湖規劃成海防要地，不但在澎湖增派兵力，並且建造城池以資防守。澎湖在經此轉變之後，主要的軍事行政體系為設遊擊一員，轄澎湖、衝鋒兩遊兵；中標守備一員、左右翼把總各一員。
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文字引用｜續修澎湖縣志（卷四）政事志
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明朝建立政權後，承襲
元代舊制而於洪武2年（1369）設澎湖
巡檢司，隸屬於福建省泉州府晉江縣。然因澎湖距離福建甚近，朝廷恐有不法之徒的躲藏，加上明太祖採取消極的海外政策，而行貿易統制的朝貢制度，並在沿海要衝設置衛所，頒令禁海以避免勾引倭寇和激起海盜。洪武20年（1387）在國防安全的考量下，執行廢司墟地的基本國策，放棄管理澎湖行政區域的權力。除將原本成防澎湖的兵力撒回福建，並把澎湖大族遷徙到今日福建蚶江地區。
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預防性思考的墟澎政策，隨著國家勢力的撤離，導致澎湖進入無政府狀態。然而交通與經濟上的地位，使得海賊、倭寇與歐洲殖民國等各股勢力，逐漸介入該地。從洪武朝至嘉靖42年（1563）俞大猷追林道乾到澎湖之間，海盜窟成為澎湖的代名詞，造成
明代中葉國防上的隱憂，
明朝政府基於國防安全的考量下改變態度，以派兵征討並短暫駐兵該地成防的方式來處理威脅。
萬曆20年（1592）因為密報倭人將犯雞籠，使得明軍再度到澎湖成守，之後到
天啟4年（1624）間，澎湖的成防馑止於大、小汛而已，倭人與荷人趁汛兵撒時入據。
天啟4年荷人移居臺灣，
明朝重新掌握澎湖的主權後，雖以增兵和築城的方式來守備澎湖，以減少國家來自東南海域的壓力，但皆屬於軍事治理方面，就行政區域而言並無任何進展。
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文字引用｜
湖西鄉志（上冊）
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明太祖朱元璋建國後，於洪武2年（1369）承襲
元代舊制，陸續於各地恢復設置
巡檢司，澎湖亦設置「彭湖
巡檢司」，隸屬於福建省泉州府晉江縣。但明太祖無意海上擴張，而採取官營的海外貿易政策（經濟統制的朝貢制度），禁止沿海歷來興盛的私人貿易，並針對海盜與倭寇的猖獗，採沿海要衝設置衛所的防禦性手段，來防止海上外敵的入侵。同時鑑於人民下海通商或捕撈，可能有通夷勾寇之嫌，而頒令禁海，使漁船亦不得擅自出海而影響臺灣海峽兩側居民的往來。洪武20年（1387），更基於防倭禁賊的國防安全考量下，施行「徙福建海洋孤山斷嶼之民，居沿海新城，官給田耕種」的墟地政策，澎湖等島嶼距離福建甚近，朝廷恐有不法之徒據島躲藏，故頒令徙民至福建內陸，避免外島之民勾引倭寇和激起海盜。澎湖
巡檢司即在此廢司墟地徙民的基本國策下，放棄政府管理澎湖行政區域的權力，除將原本戍防澎湖的兵力撤回福建，並把澎湖大族遷徙到今日福建蚶江地區。澎湖區域的國防安全，則僅定期派遣水師巡弋附近海域，行政上並未實際的設衙置吏來管轄澎湖。
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預防性思考的墟澎政策，隨著國家勢力的撤離，導致澎湖如同無政府狀態，但官方仍堅持擁有澎湖地區的主權。海賊、倭寇與歐洲殖民國等各股勢力，卻因交通與經濟等因素，而陸續來到澎湖，成為實質上的土地統治者，故從洪武朝至萬曆朝，「盜賊淵藪」或「海寇窟穴」成為澎湖的代名詞。
萬曆25年（1597）到
天啟4年（1624）間，
明朝政府雖基於國家擁有澎湖主權與國防安全的考量下，曾派兵征討外敵「倭寇」與「紅毛番」，並設置彭湖遊兵半年駐紮（冬、春季）戍防該地來處理威脅。然從曹學佺於天啟年間對實際海防執行的檢討中，可知當時對於
望安地區僅採取短暫的巡邏方式來防禦管理，即：「東椗、
八罩、姑婆、沙仔、馬芝、香爐諸嶼……僅僅輪遣遠哨輕舟探邏而止」。
天啟4年荷人移居臺灣後，
明朝政府重新掌握澎湖主權，並以增兵和築城的方式來守備澎湖，但皆屬軍事治理而非民政官員的派駐。明亡之前，中央政府疲於面對流寇與滿清的入侵，地方軍隊則貪瀆不法，導致澎湖成為明軍、海商（盜）、荷人的勢力交錯區。明亡後，則由福建籍盜、商與大員荷人縱橫澎湖，具有中國與臺灣或巴達維亞（今雅加達）至日本之間的轉運站功能，亦是荷蘭船隻避風和整修的陸上基地。雖然大員與澎湖往來頻繁，但17世紀前期控制澎湖的仍是鄭芝龍與鄭成功父子等漢人，荷人因此對澎湖南方海域的
望安島嶼（
八罩本島），在地圖上紀錄為「海盜的島」，呈現本鄉對於荷蘭人而言所代表的意義。
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文字引用｜望安鄉志（上冊）
知識建檔｜2017-11-11。知識更新｜2026-08-07 
