明代行政區域

明代承繼元代的地方行政體制，在明初時仍然設置巡檢司於澎湖一地，當時隸屬於福建省泉州府晉江縣。
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因為當時沿海地區有倭寇及海盜的侵擾，因此在明太祖洪武20年（1387）時，曾經實施過遷民墟地的「墟澎」政策。不過「墟澎」政策並未達到如期的效果，因為官方力量的撤離，使得澎湖一地反而成為倭寇、海盜及流民的聚集場所。明萬曆22年（1594），在福建巡撫許孚遠的建議之下，在此地增設澎湖遊兵以資防守。遊兵並非常駐部隊，而是屬於洋面巡防部隊；其軍隊編制為850名，哨船20艘。主要任務為在洋面巡防時，必須專至澎湖汛守。
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當荷蘭人入侵澎湖並且在澎湖築城防衛時，明廷曾多次派兵將其驅逐。在明熹宗天啟2年（1622）時，荷蘭人入侵澎湖，當時的福建巡撫商周祚就曾明確的指出澎湖為明朝的版圖，不容荷蘭人私自在此居留經商。
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天啟4年（1624），福建巡撫南居益派兵驅趕荷蘭人，重新掌握明朝對澎湖的主權。天啟5年（1625），明廷將澎湖規劃成海防要地，不但在澎湖增派兵力，並且建造城池以資防守。澎湖在經此轉變之後，主要的軍事行政體系為設遊擊一員，轄澎湖、衝鋒兩遊兵；中標守備一員、左右翼把總各一員。
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資訊引用｜《續修澎湖縣志（卷四）｜政事志》
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